Apache Taverna

Apache_Taverna

Apache Tavernaは、ワークフローを設計および実行するためのオープンソースソフトウェアツールです。当初はmyGridプロジェクトによってTaverna Workbenchという名前で作成されていましたが、現在はApacheインキュベーターの下にあるプロジェクトです。タベルナは、ユーザーが含む多くの異なるソフトウェア・コンポーネント、統合することができますWSDL SOAPやREST Webサービスなどで提供されるものとして、国立バイオテクノロジー情報センター、欧州バイオインフォマティクス研究所が、日本のDNAデータバンク（DDBJ）、SoapLab、BioMOBYとEMBOSS。利用可能なサービスのセットは有限ではなく、ユーザーは新しいサービスの説明をTavernaWorkbenchにインポートできます。 Apache Taverna タベルナワークベンチ
開発者
Apache Software Foundation（myGrid for 2.x）
安定リリース
3.1 / 2016年7月1日 ; 5年前  （2016-07-01）
リポジトリ
git-wip-us .apache .org / repos / asf / incubator-taverna-commandline .git
で書かれている Java オペレーティング・システム
Linux、Mac OS X、Microsoft Windows
タイプ
科学ワークフローシステム
ライセンス
Apacheライセンス2.0（LGPL for 2.x）
Webサイト
taverna .incubator .apache .org
Taverna Workbenchは、科学的なワークフローのためのデスクトップオーサリング環境と制定エンジンを提供します。Tavernaワークフローエンジンは、Java API、コマンドラインツール、またはサーバーとして個別に利用することもできます。
Tavernaは、バイオインフォマティクス、 ケモインフォマティクス、 医学、天文学、 社会科学、音楽、デジタル保存など、多くの分野のユーザーによって使用されています。
Tavernaワークフローで使用するサービスの一部は、BioCatalogue（Life Science Webサービスの公開された集中管理されたレジストリ）から見つけることができます。Tavernaのワークフローは、科学者向けのmyExperiment ソーシャルWebサイトを通じて他の人と共有することもできます。 BioCatalogueとmyExperimentは、myGridコンソーシアムからの別の2つの製品です。
Tavernaは、学術および商業の両方で、世界中の350を超える組織で使用されています。2011年の時点で、さまざまなバージョンでTavernaが80，000回以上ダウンロードされています。

コンテンツ
1 機能
2 オープンソースコミュニティ
3 外部リンク
4 参考文献

機能
タベルナワークフローは、一般的な呼び出すことができSOAP / WSDLまたはREST Webサービスを、そしてより具体的なSADI、BioMart、BioMobyとSoapLabウェブサービス。また、R統計サービス、ローカルJavaコード、ローカルおよびリモートマシン上の外部ツール（ssh経由）の呼び出し、XPathおよびその他のテキスト操作の実行、スプレッドシートのインポート、サブワークフローの組み込みも可能です。
Tavernaのワークベンチは、ワークフローの実行を監視し、検査する能力含ま起源として、ワークフローの実行の詳細を露出する、生成されたデータのをW3C PROV -O RDFの、出所グラフ構造内研究オブジェクトバンドル 入力、出力、中間値、および実行されたワークフロー定義を含むZIPファイル。この形式を合わせてTavernaProvと呼びます。
Tavernaには、ワークフローから呼び出すためにBioCatalogueで説明されているサービスを検索する機能が含まれています。ただし、サービスは、WSDL Webサービス記述から追加したり、REST URIパターンとして入力したりできるため、ワークフローに含めるためにBioCatalogue内に記述する必要はありません。
Tavernaには、myExperimentでワークフローを検索する機能も含まれています。Taverna Workbenchは、myExperimentで検出されたワークフローをダウンロード、変更、実行できます。また、myExperimentの社会的側面を使用して他の人と共有するために、作成されたワークフローをアップロードすることもできます。
Tavernaワークフローは、TavernaWorkbench内で実行する必要はありません。ワークフローは、次の方法でも実行できます。
コマンドライン実行ツール
Tavernaワークフローを他のマシン、計算グリッド、クラウド、Webページおよびポータルから実行できるようにするリモート実行サーバー
オンラインワークフローデザイナー兼制定者OnlineHPC
Tavernaは、データのパイプライン化とストリーミングを可能にします。これは、ワークフローのダウンストリームのサービスは、データリスト全体がアップストリームのサービスと反復から利用可能になるのを待たずに、最初のデータ項目が受信されるとすぐに開始できることを意味します。Tavernaワークフローは制御駆動型ではなく、主にデータ駆動型であるため、Tavernaサービスは可能な場合は並行して実行されます。

  Taverna Workbench2.1
スプラッシュ画面

オープンソースコミュニティ
Tavernaは2003年以来オープンソースプロジェクトであり、複数の学術機関や業界機関からの貢献者がいます。2014年10月、Tavernaは独立したApacheインキュベータープロジェクトになり、名前をApache Taverna（インキュベーション）に変更しました。このプロジェクトは、Apacheのタベルナ3.xのを開発しているから変更されたライセンスLGPL 2.1にはApacheライセンス2.0。

外部リンク
ApacheのタベルナでのApacheのインキュベーター
Tavernaホームページ（Apache以前のアーカイブ）

参考文献
^ Belhajjame K、Wolstencroft K、Corcho O、Oinn T、Tanoh F、William A、Goble C（2008）。「Tavernaワークフローシステムでのメタデータ管理」。2008年第8回クラスターコンピューティングとグリッドに関するIEEE国際シンポジウム（CCGRID）。pp。651–656。土井：10.1109 /CCGRID.2008.17。S2CID  9996653。
^ Li P、Castrillo JI、Velarde G、Wassink I、Soiland-Reyes S、Owen S、他 。「Tavernaワークフローでの定量的データの統計分析の実行：マイクロアレイデータから差次的に発現する遺伝子を特定するためにRとmaxdBrowseを使用した例」。BMCバイオインフォマティクス。9：334 DOI：10.1186 / 1471-2105-9-334。PMC 2528018。PMID 18687127。    ^ Oinn T、Addis M、Ferris J、Marvin D、Senger M、Greenwood M、他 。「タベルナ：バイオインフォマティクスワークフローの構成と制定のためのツール」。バイオインフォマティクス。20（17）：3045–54。土井：10.1093 / bioinformatics / bth361。PMID 15201187。   ^ Oinn T、Greenwood M、Addis M、Alpdemir MN、Ferris J、Glover K、他 （2006）。「タベルナ：ライフサイエンスのワークフロー環境を作成するためのレッスン」（PDF）。並行性と計算：実践と経験。18（10）：1067–1100。土井：10.1002 /cpe.993。S2CID 10219281。
  ^ Hull D、Wolstencroft K、Stevens R、Goble C、Pocock MR、Li P、Oinn T。「Taverna：サービスのワークフローを構築および実行するためのツール」。核酸研究。34（Webサーバーの問題）：W729-32。土井：10.1093 / nar / gkl320。PMC 1538887。PMID 16845108。   

  ^ Kawas E、Senger M、Wilkinson MD。「Tavernaワークフロー管理および制定ソフトウェアのBioMoby拡張機能」。BMCバイオインフォマティクス。7：523 DOI：10.1186 / 1471-2105-7-523。PMC 1693925。PMID 17137515。    ^ Sroka J、Kaczor G、Tyszkiewicz J、Kierzek AM。「XQTav：Taverna環境用のXQueryプロセッサ」。バイオインフォマティクス。22（10）：1280–1。土井：10.1093 / bioinformatics / btl101。PMID 16551662。   ^ Wolstencroft K、Haines R、Fellows D、Williams A、Withers D、Owen S、他 。「Tavernaワークフロースイート：デスクトップ、Web、またはクラウドでのWebサービスのワークフローの設計と実行」。核酸研究。41（Webサーバーの問題）：W557-61。土井：10.1093 / nar / gkt328。PMC 3692062。PMID 23640334。    ^ Stevens RD、Robinson AJ、Goble CA（2003）。「myGrid：情報グリッド上のパーソナライズされたバイオインフォマティクス」。バイオインフォマティクス。19補足1：i302-4。土井：10.1093 / bioinformatics / btg1041。PMID 12855473。   ^ Stevens RD、Tipney HJ、Wroe CJ、Oinn TM、Senger M、LordPWなど。。「myGridを使用したウィリアムズ症候群の調査」。バイオインフォマティクス。20補足1：i303-10。土井：10.1093 / bioinformatics / bth944。PMID 15262813。   ^ Truszkowski A、Jayaseelan KV、Neumann S、Willighagen EL、Zielesny A、Steinbeck C。「ケモインフォマティクスオープンワークフロー環境CDK-Tavernaの新開発」。ケモインフォマティクスジャーナル。3：54. DOI：10.1186 / 1758-2946-3-54。PMC 3292505。PMID 22166170。    ^ Hook RN、Romaniello M、UllgrénM、JärveläinenP、Maisala S、Oittinen T、他 （2008）。「ESOReflex：レシピを実行するためのグラフィカルワークフローエンジン」。2007ESO機器校正ワークショップ。ESO天文物理シンポジウムヨーロッパ南天天文台。pp。169–175。土井：10.1007 / 978-3-540-76963-7_23。ISBN  978-3-540-76962-0。
^ Raditsch M、Schlarb S、Møldrup-DalumP、Medjkoune L（2012）。「実験的実行のためのWebコンテンツ実行可能ワークフロー」（PDF）。
^ Goble CA、Bhagat J、Aleksejevs S、Cruickshank D、Michaelides D、NewmanDなど。。「myExperiment：バイオインフォマティクスワークフローを共有するためのリポジトリとソーシャルネットワーク」。核酸研究。38（Webサーバーの問題）：W677-82。土井：10.1093 / nar / gkq429。PMC 2896080。PMID 20501605。    ^ Belhajjame K、Zhao J、Garijo D、Garrido A、Soiland-Reyes S、Alper P、Corcho O（2013）。「ワークフローPROV-TavernaとWingsに基づくコーパス」。EDBT’13に関するEDBT / ICDT2013合同ワークショップの議事録。NS。331. doi：10.1145 /2457317.2457376。ISBN  9781450315999。
^ Soiland-Reyes S、Gamble M、Haines R（2014-11-05）。「リサーチオブジェクトバンドル1.0」（仕様）。researchobject.org。土井：10.5281 /zenodo.12586 。
^ Soiland-Reyes、Stian; アルパー、ピナール; ゴーブル、キャロル「TavernaProvを使用したワークフロー実行の追跡」。zenodo.org。土井：10.5281 /zenodo.51314。
^ 「暗黙の反復」。Taverna2.5ユーザーマニュアル。myGrid。2014-09-09 。
^ Soiland-Reyes S（2010-12-13）。「並列サービスの呼び出し」。タベルナナレッジブログ。Knowledgeblog.org 。
^ Soiland-Reyes S、Sufi S、Seaborne S（2014-09-23）。「タベルナ提案」。インキュベーターウィキ。Apache SoftwareFoundation 。
^ 「Tavernaプロジェクトのインキュベーションステータス」。ApacheIncubator。Apache SoftwareFoundation 。
^ 「ApacheTavernaをダウンロードしてください」。Apache SoftwareFoundation 。
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