ArrayTrack
ArrayTrackは、主にマイクロアレイデータの管理、分析、および解釈に使用される多目的バイオインフォマティクスツールです。ArrayTrackは、2001年に米国食品医薬品局の社内フィルターアレイ研究をサポートするために開発され、2003年にマイクロアレイの統合研究ツールとして一般に無料で提供されました。それ以来、ArrayTrackの平均ユーザー数は約5，000人です。 1年当たり。国立毒性学研究センターによって定期的に更新されています。 ArrayTrack 開発者
米国食品医薬品局
安定リリース
3.5.0 / 2010年3月3日 ; 11年前 （2010-03-03）
オペレーティング・システム
Linux、Mac OS X、Windows
プラットホーム Java タイプ
バイオインフォマティクスのデータ管理、分析、および解釈
Webサイト
コンテンツ
1 特徴
2 アクセシビリティ
3 参考文献
4 外部リンク
特徴
ArrayTrackは、Study Database、Tools、Librariesの3つの主要コンポーネントで構成されており、それぞれ主にデータ管理、分析、解釈を処理します。これらの各コンポーネントには、他の2つから直接アクセスできます。たとえば、分析ツールは、研究データベースに保存されている実験データで直接使用でき、結果から発見された重要な遺伝子をライブラリで照会して、追加の注釈や関連タンパク質を表示できます。 、経路、遺伝子オントロジー用語など
研究データベース：研究データベースには、生データと注釈データの両方を含む、ユーザーがインポートした実験データが含まれています。主にマイクロアレイデータの管理に使用されますが、プロテオミクスおよびメタボロミクスデータもサポートします。インポートされたデータは、最初は所有者に非公開ですが、他のユーザーが利用できるようにすることができます。研究データベースには、ArrayTrackのデータ分析結果から直接作成できる重要な遺伝子リストも保存されています。
ツール： ArrayTrackでは、次のようなさまざまな分析および視覚化ツールを利用できます。T-Test、ANOVA、SAM-Testなどの統計分析ツール。階層的クラスタリング分析や主成分分析などの教師なしパターン発見ツール。K最近傍法や線形判別分析などのモデル予測ツール。ArrayTrackのツールはインポートされたデータに対応するように設計されていますが、外部データとも互換性が
ライブラリ： ArrayTrackは、動的なスプレッドシート形式で表示可能な特定の注釈データを格納するライブラリのコレクションをホストします。遺伝子、タンパク質、経路、遺伝子オントロジー用語、化合物、SNP、QTL、チップタイプなどに固有のライブラリが各ライブラリは、複数入力の検索、並べ替え、フィルタリング、コピー貼り付け、およびエクスポートをサポートしています。ライブラリは、保存されている遺伝子リスト、分析結果、およびその他のライブラリの目的の内容を直接照会できます。ライブラリ内の特定のエントリは、元のデータソースを含む、多くの一般的なパブリックナレッジベースの同等のエントリにリンクできます。
ArrayTrackは、経路分析ツールGeneGoMetaCoreやIngenuityPathway Analysisなど、他のさまざまなバイオインフォマティクスソフトウェアと直接統合されています。
アクセシビリティ
ArrayTrackは一般に無料で利用でき、オンラインでアクセスできます。これは、FDAがホストするOracleデータベースに接続するJavaベースのインターフェースを使用してクライアントのコンピューターで実行されます。Javaベースのアプリケーションとして、ArrayTrackはWindows、Mac、およびLinuxマシンと互換性が
参考文献
^ トン、ウェイダ; Cao、Xiaoxi; ハリス、スティーブン; サン、ホンメイ; ファング、ホン; フスコー、ジェームズ; ハリス、アンジェラ; ホン、フイシャオ; etal。（2003）。「ArrayTrack—米国食品医薬品局国立毒性学研究センターでの毒物学研究のサポート」。環境衛生の展望。111（15）：1819–26。土井：10.1289 /ehp.6497。PMC 1241745。PMID 14630514。
^ 牙、ホン; ハリス、スティーブンC。; 蘇、鎮江; チェン、ミンジュン; Qian、Feng; 市、レミング; パーキンス、ロジャー; トン、ウェイダ（2009）。「ArrayTrack：FDAおよびパブリックゲノムツール」。タンパク質ネットワークと経路分析。分子生物学の方法。563。NS。379. doi：10.1007 / 978-1-60761-175-2_20。ISBN 978-1-60761-174-5。
^ 「米国食品医薬品局は「オミクス」研究とゲノミクスデータのレビューにGeneGoのメタコアを使用します」（PDF）。
^ 「薬理ゲノミクス提出のレビューで創意工夫経路分析を使用する米国食品医薬品局」（PDF）。
外部リンク
ArrayTrackメインページ