Avida
あるAvidaはある人工生命研究するソフトウェアプラットフォーム進化生物学の自己複製と進化する コンピュータプログラム（デジタル生物）。Avidaは、ミシガン州立大学にあるCharlesOfriaのデジタルエボリューションラボによって活発に開発されています。Avidaの最初のバージョンは、1993年にカリフォルニア工科大学のOfria、Chris Adami、C。TitusBrownによって設計され、それ以来、Ofriaによって何度も完全に再設計されています。このソフトウェアは元々、Tierraシステムに触発されました。
アビダ
Avida2.6のタブ
原作者
チャールズ・オフリア、クリス・アダミ
開発者
チャールズオフリア
安定リリース
2.14.0 / 2014年2月6日 ; 7年前 （2014-02-06）
で書かれている
C ++、Objective-C
オペレーティング・システム
Microsoft Windows 7以降、macOS10.8以降 タイプ 人工生命
ライセンス LGPL コンテンツ
1 設計原則
2 研究での使用
3 教育での使用
4 も参照してください
5 参考文献
6 外部リンク
6.1 Avidaを特集した科学出版物
設計原則
Tierraは、コンピュータリソース、特にプロセッサ（CPU）時間とメインメモリへのアクセスをめぐって競合するコンピュータプログラムを導入することにより、進化的なシステムをシミュレートしました。この点では、コア戦争に似ていましたが、シミュレーションで実行されているプログラムがそれ自体を変更し、それによって進化することができたという点で異なりました。ティエラのプログラムは人工生命体でした。
Tierraとは異なり、Avidaはすべてのデジタル生物に独自の保護されたメモリ領域を割り当て、個別の仮想CPUで実行します。デフォルトでは、他のデジタル生物は、読み取りでも書き込みでも、このメモリスペースにアクセスできず、自分のメモリスペースにないコードを実行できません。
2つ目の大きな違いは、さまざまな生物の仮想CPUがさまざまな速度で実行できることです。たとえば、ある生物が同じ時間間隔で別の生物の2倍の命令を実行します。仮想CPUの実行速度は、いくつかの要因によって決まりますが、最も重要なのは、生物が実行するタスクによって決まります。つまり、ボーナスとして追加のCPU速度を獲得するために生物が実行できる論理計算です。
研究での使用
アダミとOfriaは、他の人と共同で、デジタルの進化の研究を行うためにあるAvidaを使用している、と科学雑誌ネイチャーとサイエンスは、その論文の4を公開しています。
2003年の論文「複雑な機能の進化的起源」では、より単純なビット単位の演算から数学的な等価 演算の進化について説明しています。
教育での使用 Avida-ED 原作者
ジェフ・クルーン
開発者
ダイアン・J・ブラックウッド
安定リリース
3/2021年10月10日 ; 14日前 （2021-10-10）
で書かれている
C ++、JavaScript タイプ 人工生命
ライセンス GPL Webサイト
メイン：avida-ed .msu .edu、ミラー：avida-ed-mirror1 .beacon-center .org
Avida-EDプロジェクト（Avida-ED）は、高校および学部レベルでの進化教育指導での使用に適した簡素化されたグラフィカルユーザーインターフェイス内でAvidaソフトウェアプラットフォームを使用し、無料で利用できるソフトウェア、ドキュメント、チュートリアル、レッスンプランを提供します。およびその他の教材。 Avida-EDソフトウェアは、ブラウザーでWebアプリケーションとして実行され、ユーザーインターフェイスはJavaScriptで実装され、AvidaはEmscriptenを使用してJavaScriptにコンパイルされるため、教室で一般的に使用されるデバイスと広く互換性がこのアプローチは、学生の進化の理解を向上させるのに効果的であることが示されています。 Avida-EDプロジェクトは、2017 International Society for Artificial Life Education and OutreachAwardを受賞しました。
も参照してください
人工生命
デジタル生物
デジタル生物シミュレーター
ダーウィンボット
ティエラ
コンウェイのライフゲーム
ナノポンド
Aevol
参考文献
「ダーウィンのテスト」、Discover Magazine、2005年2月。
^ 「AvidaDigitalLifePlatformのダウンロード」。sourceforge.net 。2021-03-27を取得。
^ Lenski、RE ; オフリア、C。; ペノック、RT ; アダミ、C。（2003）。「複雑な機能の進化の起源」（PDF）。自然。423（6936）：139–144。Bibcode：2003Natur.423..139L。土井：10.1038 / nature01568。PMID 12736677。S2CID 4401833。
^ 「Avida-EDユーザーインターフェース」。github.com 。2021-10-11を取得。
^ スミス、ジェームズJ。; ジョンソン、ウェンディR。; ラーク、エイミーM。; ミード、ルイーズS。; Wiser、Michael J。; ペノック、ロバートT.（2016）。「学部生物学のためのAvida-EDデジタル進化カリキュラム」。進化：教育とアウトリーチ。9（1）。土井：10.1186 / s12052-016-0060-0。ISSN 1936から6426まで。 ^ 匿名「オンラインツールは進化教育をスピードアップします」。ScienceDaily 。
^ テイラー、ティム; Auerbach、Joshua E。; ボンガード、ジョシュ; クルーン、ジェフ; ヒッキンボサム、サイモン; チャールズ・オフリア; 岡美月; リシ、セバスチャン; スタンリー、ケネスO。; ヨシンスキー、ジェイソン（2016）。「WebALの成人式：Web上の人工生命の最初の21年間のレビュー」。人工生命。22（3）：364–407。土井：10.1162 / ARTL_a_00211。hdl：2241/00154082。ISSN 1064から5462まで。 ^ ペノック、ロバートT。; スミス、ジェームスJ。; ミード、ルイーズS。; リッチモンド、ゲイル; ラーク、エイミー（2018）。「デジタル進化の経験と学生の科学的理解と進化の受容との関係を探る」。アメリカの生物学の教師。80（2）：74–86。土井：10.1525 /abt.2018.80.2.74。ISSN 0002から7685まで。 ^ Abi Abdallah、Delbert S。; Fonner、Christopher W。; ラックス、ニールC。; Babeji、Matthew R。; パレ、ファティマタA.（2020）。「進化と自然淘汰を教えるためのAvida-EDデジタル生物の使用の評価」。アメリカの生物学の教師。82（2）：114–119。土井：10.1525 /abt.2020.82.2.114。ISSN 0002から7685まで。 ^ ペノック、ロバートT。; リッチモンド、ゲイル; ラーク、エイミー（2014）。「教室での進化のモデリング」。アメリカの生物学の教師。76（7）：450–454。土井：10.1525 /abt.2014.76.7.6。ISSN 0002から7685まで。 ^ テイラー、ティム「2017ISALアワード：受賞者-人工生命」。人工生命。
外部リンク
Avidaソフトウェア-GitHub
Avida-EDプロジェクト-ロバートT.ペノック
Avida開発者のサイト
MSUDevolabのWebサイト
Avidaを特集した科学出版物
C. Adami and CT Brown（1994）、2D Artificial Life Systems Avidaの進化的学習、R。Brooks、P。Maes（編）、Proc。人工生命IV、MIT Press、マサチューセッツ州ケンブリッジ、p。377-381。arXiv：adap-org / 9405003
RE Lenski、C。Ofria、TC Collier、C。Adami（1999）。デジタル生物におけるゲノムの複雑さ、堅牢性、および遺伝的相互作用。Nature 400： 661-664。
CO Wilke、JL Wang、C。Ofria、RE Lenski、およびC. Adami（2001）。高い突然変異率でのデジタル生物の進化は、最もフラットな生き残りにつながります。Nature 412： 331-333。
RE Lenski、C。Ofria、RT Pennock、およびC. Adami（2003）。複雑な機能の進化の起源。Nature 423： 139-145。
SS Chow、CO Wilke、C。Ofria、RE Lenski、およびC. Adami（2004）。デジタル生物における資源競争からの適応放散。科学 305： 84-86。
J. Clune、D。Misevic、C。Ofria、RE Lenski、SF Elena、およびR.Sanjuán。自然淘汰は、険しい適応度の景観での長期的な適応のために突然変異率を最適化することに失敗します。PLoSの計算生物学4（9）：2008 DOI：10.1371 / journal.pcbi.1000187
Clune J、Goldsby HJ、Ofria C、およびPennock RT（2011）正確な利他主義ターゲティングのための選択的圧力：包括的適応度理論のテストが難しい側面のデジタル進化からの証拠。王立協会紀要。pdf（アーカイブ）
ベンジャミンE.ベックマン、フィリップK.マッキンリー、チャールズオフリア（2007）。デジタル生物における適応睡眠反応の進化。ECAL 2007 pdf