B-box_zinc_finger
分子生物学では、Bボックス型ジンクフィンガードメインは、長さが約40アミノ酸残基の短いタンパク質ドメインです。Bボックスジンクフィンガーは2つのグループに分けることができ、タイプ1と2のBボックスドメインはコンセンサス配列と7〜8個の亜鉛結合残基の間隔が異なります。いくつかのタンパク質には、タイプ1とタイプ2の両方のBボックスが含まれており、これら2つのドメイン間のある程度の協調性が示唆されています。 zf-B_box xnf7 Bボックス、発生タンパク質の構造
識別子
シンボルf-B_box Pfam F00643 InterPro PR000315 PROSITE DOC50015 SCOP2
1fre / SCOPe / SUPFAMCDD d00021
利用可能なタンパク質構造：
Pfam
構造/ ECOD PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsum 構造の概要
コンテンツ
1 発生
2 同族体
3 参考文献
4 外部リンク
5 も参照してください
発生
Bボックスドメインは、さまざまな生物の1500を超えるタンパク質に含まれています。それらは、N末端のRINGフィンガー（元々はAボックスと呼ばれていました）とそれに続く1〜2個のBボックスドメインとコイルドコイルドメイン（リングのRBCCとも呼ばれます）で構成されるTRIM（三者モチーフ）タンパク質に見られます。 Bボックス、コイルドコイル）。TRIMタンパク質にはタイプ2のBボックスドメインが含まれており、タイプ1のBボックスが含まれている場合もRINGまたはコイルドコイルドメインを含まないタンパク質では、Bボックスドメインは主にタイプ2です。多くのタイプ2Bボックスタンパク質がユビキチン化に関与しています。Bボックスジンクフィンガードメインを含むタンパク質には、転写因子、リボヌクレオタンパク質、およびプロトオンコタンパク質が含まれます。たとえば、MID1、MID2、TRIM9、TNL、TRIM36、TRIM63、TRIFIC、NCL1、およびCONSTANSのようなタンパク質。
微小管関連E3リガーゼMID1（EC）には、1型Bボックスジンクフィンガードメインが含まれています。MID1は、具体的にはα-4に結合するターン動員触媒のサブユニットホスファターゼ2A（PP2Ac）を。この複合体は、プロテアソームを介した分解のためのPP2Acのターゲティングに必要です。MID1 Bボックスは、2つの亜鉛イオンを調整し、ZZ、PHD、RING、FYVEジンクフィンガーと同様のベータ/ベータ/アルファクロスブレース構造を採用しています。
同族体
ドメインの原核生物ホモログは、いくつかの細菌系統およびメタン生成古細菌に存在し、ロンボイド様セリンペプチダーゼやZn依存性メタロペプチダーゼなどのペプチダーゼドメインへの融合を示すことがよく他のバージョンは通常、膜貫通ヘリックスを含み、DNAJ、FHA、SH3、WD40、テトラトリコペプチドリピートなどのドメインへの融合を示す場合も一緒にこれらの関連は、膜関連タンパク質のタンパク質分解プロセシング、フォールディングまたは安定性におけるBボックスジンクフィンガードメインの原核生物ホモログの役割を示唆している。ドメインのアーキテクチャ構文は、AN1ジンクフィンガーおよびLIMドメインの原核生物ホモログに見られるものと非常によく似ています。
参考文献
^ ショートKM、コックスTC。「RBCC / TRIMスーパーファミリーの細分類は、微小管結合に必要な新しいモチーフを明らかにします」。J.Biol。化学。281（13）：8970–80。土井：10.1074 /jbc.M512755200。PMID 16434393。
^ Massiah MA、Matts JA、Short KM、Simmons BN、Singireddy S、Yi Z、Cox TC。「MID1B-box2CHC（D / C）C（2）H（2）亜鉛結合ドメインの溶液構造：進化的に保存されたRINGフォールドへの洞察」。J.Mol。Biol。369（1）：1–10。土井：10.1016 /j.jmb.2007.03.017。PMID 17428496。 ^ Massiah MA、Simmons BN、Short KM、Cox TC。「ヒトMID1のRBCC / TRIM B-box1ドメインの溶液構造：RINGを備えたB-box」。J.Mol。Biol。358（2）：532–45。土井：10.1016 /j.jmb.2006.02.009。PMID 16529770。 ^ Burroughs AM、Iyer LM、Aravind L。「原核生物における薬指および他の二核ト音記号ドメインの機能的多様化およびユビキチンシステムの初期進化」。モル。Biosyst。7（1）：2261–77。土井：10.1039 / C1MB05061C。PMC 5938088。PMID 21547297。
外部リンク
CO-様ファミリー、DBBファミリーでPlantTFDB：植物転写因子データベース
も参照してください
ジンクフィンガー
には、パブリックドメインのPfamと
InterProからのテキストが組み込まれています ： IPR000315