玉 – 日本語百科事典辞書

BALL

その他の使用法については、BALLを参照してください
BALL（生化学的アルゴリズムライブラリ）はC ++クラス・フレームワークとアルゴリズムとデータ構造のセットのための分子モデリング及び計算構造バイオインフォマティクス、Pythonのこのライブラリへのインタフェース、およびグラフィカル・ユーザ・インターフェースボールに、視聴者分子BALLView。
BALLプロジェクト BALLView 開発者
BALLプロジェクトチーム
安定リリース
1.4.2 / 2013年1月28日 ; 8年前（2013-01-28）
プレビューリリース
1.4.79 / 2014年8月7日 ; 7年前（2014-08-07）
リポジトリ
パッケージ.debian .ORG /ソース/喘鳴/ボール
で書かれている
C ++、Python
オペレーティング・システム
Linux、Unix、macOS、Windows
プラットホーム
IA-32、x86-64 タイプ
ソフトウェアフレームワーク
ライセンス LGPL Webサイト
ball-project .org
BALLは、商用製品から、GNU劣等一般公衆利用許諾契約書（LGPL）の下でライセンス供与される無料のオープンソースソフトウェアに進化しました。BALLViewは、GNU General Public License（GPL）ライセンスの下でライセンスされています。
BALLおよびBALLViewは、オペレーティングシステムLinux、macOS、Solaris、およびWindowsに移植されています。
また、ボールプロジェクトチームによって開発されたBALLViewビューア分子は、使用してBALLのC ++アプリケーションでのQt、およびOpenGLをなどRTFactトレーサリアルタイム線とレンダリングバックエンド。どちらの場合も、BALLViewは、いくつかの異なるモードで3次元および立体視の視覚化を提供し、グラフィカルユーザーインターフェイスを介してBALLライブラリのアルゴリズムを直接適用します。
BALLプロジェクトは、ザールラント大学、マインツ大学、テュービンゲン大学のグループによって開発および保守されています。ライブラリとビューアの両方が教育と研究に使用されます。BALLパッケージがDebianプロジェクトで利用できるようになりました。

コンテンツ
1 主な機能
2 ボールライブラリ
3 Pythonインターフェース 4 BALLView 5 も参照してください
6 参考文献
7 参考文献
8 外部リンク

主な機能

インタラクティブな分子描画と立体配座
分子ファイル形式（PDB、MOL2、MOL、HIN、XYZ、KCF、SD、AC）の読み取りと書き込み
二次データソースの読み取り（例：（DCD、DSN6、GAMESS、JCAMP、SCWRL、TRR））
SMILESおよびSMARTS式からの分子の生成および分子へのマッチング
形状の最適化
ミニマイザーと分子動力学クラス
スコアリングとエネルギー最小化のための力場（MMFF94、AMBER、CHARMM）のサポート
Pythonインターフェースとスクリプト機能
プラグインインフラストラクチャ（3D Space-Navigator）
分子グラフィックス（3D、立体視）
包括的なドキュメント（Wiki、コードスニペット、オンラインクラスドキュメント、バグトラッカー）
包括的な回帰テスト
プレゼンテーションと共同データ交換のためのBALLプロジェクトフォーマット NMR 編集可能なショートカット

ボールライブラリ
BALLは、構造バイオインフォマティクスの開発フレームワークです。BALLをプログラミングツールボックスとして使用すると、アプリケーションの開発時間を大幅に短縮でき、エラーが発生しやすい複雑なアルゴリズムの再実装を回避し、多くの開発者によってテストされたライブラリへの呼び出しに置き換えることで、安定性と正確性を確保できます。
ファイルのインポート/エクスポート
BALLは、PDB、MOL2、MOL、HIN、XYZ、KCF、SD、AC、およびDCD、DSN6、GAMESS、JCAMP、SCWRL、TRRなどのセカンダリデータソースを含む分子ファイル形式をサポートします。分子は、BALLのペプチドビルダーを使用して、またはSMILES式に基づいて作成することもできます。
一般的な構造解析
さらなる準備と構造の検証は、例えば、Kekuliser-、Aromaticity-、Bondorder-、HBond-、およびSecondaryStructureプロセッサによって可能になります。フラグメントライブラリは、タンパク質の水素や結合など、欠落している情報を自動的に推測します。Rotamer Libraryを使用すると、タンパク質の最も可能性の高い側鎖コンフォメーションを決定、割り当て、および切り替えることができます。BALLの変換プロセッサは、有効な3D構造の生成をガイドします。その選択メカニズムにより、簡単な式（SMILES、SMARTS、要素タイプ）で分子の一部を指定できます。この選択は、プロセッサや力場などのすべてのモデリングクラスで使用できます。
分子力学
一般的な力場CHARMM、Amber、およびMMFF94の実装は、BALLの最小化およびシミュレーションクラス（最急降下法、共役勾配法、L-BFGS法、およびシフトL-VMM法）と組み合わせることができます。

Pythonインターフェース
SIPは、BALLライブラリ内の関連するすべてのC ++クラスのPythonクラスを自動的に作成して、同じクラスインターフェイスを可能にするために使用されます。PythonクラスはC ++クラスと同じ名前で、BALLを使用するコードをC ++からPythonに、またはその逆に移植するのに役立ちます。
PythonインターフェイスはビューアアプリケーションBALLViewに完全に統合されているため、Pythonスクリプトによって計算された結果を直接視覚化できます。また、BALLViewはスクリプトインターフェイスから操作でき、定期的なタスクを自動化できます。

BALLView
BALLViewは、BALLのスタンドアロンの分子モデリングおよび視覚化アプリケーションです。また、分子可視化機能を開発するためのフレームワークでも
BALLViewは、原子、結合、表面の標準的な視覚化モデル、および静電ポテンシャルなどのグリッドベースの視覚化を提供します。ライブラリBALLの機能の大部分は、BALLViewにロードされた分子に直接適用できます。BALLViewは、さまざまなステレオモード、スペースナビゲーター、VRPNでサポートされている入力デバイスなど、いくつかの視覚化および入力方法をサポートしています。
CeBIT 2009、BALLViewが顕著分子ビューアにリアルタイムレイトレーシング技術の最初の完全な統合とモデリングツールとして発表されました。

も参照してください

無料のオープンソースソフトウェアポータル
分子グラフィックスシステムのリスト
無料のオープンソースソフトウェアパッケージのリスト
分子動力学モデリングのためのソフトウェアの比較
分子設計ソフトウェア
分子グラフィックス
分子エディタ

参考文献
^ 「Debian-sidのソースパッケージボールの詳細」。
^ 「公式インテルの記者会見で実証したリアルタイムレイトレーシング機能を持つBALLView、」ボールのウェブサイト、3月3日2009年アーカイブで2011年7月25日ウェイバックマシンアクセスさ12/13/10。

参考文献
ヒルデブラント、アンドレアス; デホフ、アンナカタリーナ; Rurainski、Alexander; ベルチュ、アンドレアス; シューマン、マルセル; Toussaint、Nora C; モール、アンドレアス; ストッケル、ダニエル; ニッケル、ステファン; ミューラー、サビーネC; レンホフ、ハンス-ピーター; コールバッハー、オリバー（2010）。「BALL-BiochemicalAlgorithmsLibrary1.3」。BMCバイオインフォマティクス。11：531ff。土井：10.1186 / 1471-2105-11-531。PMC 2984589。PMID 20973958。
コールバッハー、オリバー; レンホフ、ハンスピーター（2000）。「BALL—計算分子生物学における迅速なソフトウェアプロトタイピング」。バイオインフォマティクス。16（9）：815–24。土井：10.1093 / bioinformatics /16.9.815。PMID 11108704。
モール、アンドレアス; ヒルデブラント、アンドレアス; レンホフ、ハンス-ピーター; コールバッハー、オリバー（2005）。「BALLView：分子モデリングの研究と教育のためのツール」。バイオインフォマティクス。22（3）：365–6。土井：10.1093 / bioinformatics / bti818。PMID 16332707。
モール、アンドレアス; ヒルデブラント、アンドレアス; レンホフ、ハンス-ピーター; コールバッハー、オリバー（2006）。「BALLView：オブジェクト指向の分子視覚化およびモデリングフレームワーク」。コンピュータ支援分子設計ジャーナル。19（11）：791–800。土井：10.1007 / s10822-005-9027-x。PMID 16470421。

外部リンク
公式サイト
BALLViewWebページ
コードライブラリ
ギャラリー
チュートリアル”