BAP1
BRCA1関連タンパク質-1（ユビキチンカルボキシ末端加水分解酵素）は、ヒトではBAP1遺伝子によってコードされる脱ユビキチン化酵素です。 BAP1は80.4コードkDaの核局在BAP1にその与えるユビキチンカルボキシル末端加水分解酵素（UCH）ドメインを有するタンパク質をdeubiquitinaseの活性。最近の研究では、BAP1とそのミバエホモログであるカリプソが高度に保存された転写のポリコームグループタンパク質（PcG）のメンバーであることが示されています 細胞の運命決定、幹細胞の多能性、およびその他の発生過程を調節する遺伝子の長期サイレンシングに必要なリプレッサー。 BAP1 識別子
エイリアス
BAP1、HUCEP-13、UCHL2、hucep-6、BRCA1関連タンパク質1
外部ID
OMIM：603089 MGI：1206586 HomoloGene：3421 GeneCards：BAP1
遺伝子の位置（ヒト） Chr。 3番染色体（ヒト）
バンド 3p21.1 始める
52，401，008 bp
終わり
52，410，008 bp
遺伝子の位置（マウス） Chr。 14番染色体（マウス）
バンド
14 | 14 B
始める
31，251，450 bp
終わり
31，259，944 bp
RNA発現パターン
その他の参照発現データ
遺伝子オントロジー
分子機能
• ペプチダーゼ活性• ヒドロラーゼ活性• クロマチン結合• システイン型ペプチダーゼ活性• チオール依存性脱ユビキチン酵素• GO：0001948タンパク質結合
細胞成分
• 細胞質• PR-DUB複合体• 細胞内解剖学的構造• 核• 核質• 細胞質ゾル
生物学的プロセス
• ユビキチン依存性タンパク質異化プロセス• 細胞周期の調節• 細胞集団増殖の負の調節• タンパク質分解• 細胞増殖の調節• 細胞タンパク質修飾プロセス• モノユビキチン化タンパク質脱ユビキチン化• ミトコンドリアを標的とするタンパク質の正の調節• タンパク質K48関連脱ユビキチン化• モノユビキチン化ヒストンH2A脱ユビキチン化• 無機物質への応答• タンパク質脱ユビキチン化• 炎症反応の調節• マクロファージホメオスタシス• 炎症反応に関与する細胞産生の調節• クロマチン組織化
出典：Amigo / QuickGO
オーソログ
種族
人間
ねずみ Entrez8314 104416 Ensembl ENSG00000163930 ENSMUSG00000021901 UniProt Q92560 Q99PU7
RefSeq（mRNA）NM_004656 NM_027088
RefSeq（タンパク質）NP_004647 NP_081364
場所（UCSC）
Chr 3：52.4 – 52.41 Mb
Chr 14：31.25 – 31.26 Mb
PubMed検索
ウィキデータ
人間の表示/
マウスの表示/
コンテンツ
1 命名法
2 遺伝子3 構造 4 関数
5 病気における役割
5.1 がんの体細胞変異 5.2 BAP1腫瘍素因症候群
6 免疫化学
7 相互作用
8 モデル生物
9 参考文献
10 外部リンク
11 参考文献
命名法
BAP1は次のようにも知られています。
UniProt名：ユビキチンカルボキシル末端加水分解酵素BAP1
ユビキチンカルボキシル末端加水分解酵素like-2（UCHL2）
ヒト脳タンパク質6（hucep 6）
ヒト脳タンパク質-13（hucep-13）
遺伝子
ヒトでは、BAP1は染色体3の短腕（3p21.31-p21.2）にあるBAP1遺伝子によってコードされています。
構造
ヒトBAP1は729アミノ酸の長さで、3つのドメインが
ユビキチン化された基質からユビキチンを除去するユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼ（UCH）N末端触媒ドメイン：システイン91、アラニン95、およびグリシン178残基を含む活性部位を有する残基1〜240 。
残基356-385に宿主細胞因子C1 結合ドメインを含むユニークなリンカー領域。
C末端ドメイン：残基598から729、含むUCH37残基675から693及び2つのにおける様ドメイン（ULD）核局在配列の残基656から661と717から722です。
関数
ショウジョウバエとヒトの両方で、BAP1はポリコーム抑制脱ユビキチン酵素（PR-DUB）複合体の触媒サブユニットとして機能し、プロモーターに結合したヌクレオソーム内のユビキチン化ヒストンH2Aの量を調節することによってホメオボックス遺伝子を制御します。ハエおよびヒトにおける、PR-DUB複合体がBAP1との相互作用を介して形成されているASXL1（ASXでミバエ） BAP1はまた、例えば、クロマチン変調および転写調節に関与する他の因子と会合することが示されています宿主細胞因子C1、 に結合するためのアダプターとして作用するE2Fのために転写因子クロマチン中-modifying複合体を細胞周期の進行。
病気における役割
癌では、BAP1は腫瘍抑制因子と転移抑制因子の両方として機能することができます。
がんの体細胞変異
BAP1の体細胞変異は、少数の乳がんおよび肺がん細胞株で同定されましたが、BAP1は、脱ユビキチン酵素（UCH）ドメインと核局在配列がBAP1に必要な培養細胞で腫瘍抑制因子として作用することが最初に示されました。細胞増殖を抑制します。
2010年には、J・ウィリアム・ハーバーや同僚がで画期的な論文公表科学、彼らが使用されている、exomeシーケンシングの47％にBAP1の変異を不活性化する患者の腫瘍サンプルのを特定しブドウ膜メラノーマを。彼らはまた、生殖細胞系のBAP1変異を最初に示したものであり、BAP1変異は転移と強く関連していた。これらの突然変異には、遺伝子全体にわたる複数のナンセンス突然変異およびスプライス部位突然変異が含まれていた。ミスセンス変異はUCHおよびULDドメイン内でのみ見られ、BAP1触媒機能の要件をさらにサポートしています。この研究はまた、ブドウ膜黒色腫患者の1人の生殖細胞変異を特定し、転移抑制剤であることに加えて、BAP1が特定の人々をより攻撃的なブドウ膜黒色腫腫瘍にかかりやすくする可能性があることを示唆しています。
BAP1変異は、黒色腫に見られるのと同様の変異を伴う侵攻性中皮腫で同定されています。
腫瘍抑制遺伝子BAP1の変異は、淡明細胞型腎細胞癌（CCRCC）の症例の約15％で発生します。シーケンシングの取り組みは、BAP1変異明細胞腎細胞癌の患者でより悪い結果を示しました。
BAP1腫瘍素因症候群
2つの研究では、ゲノム配列決定を個別に使用して、中皮腫および色素細胞性皮膚腫瘍の遺伝的素因を持つ家族のBAP1の生殖細胞変異を特定しました。非定型色素細胞性病変はスピッツ母斑に似ており、「非定型スピッツ母斑」（AST）として特徴付けられています。それらは独特の組織学を持ち、BRAFとBAP1の両方の変異を示しますが。さらなる研究により、他のがんに関連する生殖細胞系BAP1変異が特定されている。これらの研究は、BAP1の生殖細胞変異がBAP1をより多くの癌に結びつける腫瘍素因症候群を引き起こすことを示唆している。
免疫化学
BAP1の免疫組織化学は、非転移性淡明細胞型腎細胞癌（CCRCC）患者の腫瘍学的転帰不良および臨床病理学的特徴の悪化を予測するための予後バイオマーカーです。針生検で免疫組織化学を使用したBAP1評価は、術前のリスク層別化と治療計画のガイドに役立つ可能性が
相互作用
BAP1は相互作用することが示されています AHCYL2 NAPC7 NKRD17 SXL1 SXL2 RCA1 BX1
CBX3 IF4EBP3 OXK1 OXK2 AT1 CFC1 IST2H2AC SPA2 PO4 PO5 DM1B GT PM1G SME3 RBBP7 UBE2O
モデル生物
モデル生物は、BAP1機能の研究に使用されています。Bap1 tm1a（EUCOMM）Hmguと呼ばれる条件付きノックアウトマウスラインがウェルカムトラストサンガーインスティテュートで生成されました。オスとメスの動物は、欠失の影響を決定するために標準化された表現型スクリーニングを受けた。 実行された追加のスクリーニング：-詳細な免疫学的表現型 -詳細な骨および軟骨の表現型
Bap1ノックアウトマウスの表現型
特性
表現型
で利用可能なすべてのデータ。
末梢血白血球6週間
普通
インスリン
普通
血液学6週間
普通
P14でのホモ接合性生存率
異常な
劣性致死性研究
異常な 体重 普通
神経学的評価 普通 握力 普通
異形学
普通
間接熱量測定
普通
ブドウ糖負荷試験
普通
聴性脳幹反応
普通 DEXA 普通
X線撮影
普通
目の形態
普通
臨床化学
普通
血液学16週間
普通
末梢血白血球16週間
普通
心臓の重量
普通
サルモネラ感染症
普通
細胞傷害性T細胞機能
普通
脾臓免疫表現型検査
普通
腸間膜リンパ節免疫表現型検査
普通
骨髄免疫表現型検査
普通
表皮免疫組成
普通
インフルエンザチャレンジ
普通
鞭虫チャレンジ
普通
参考文献
^ GRCh38：Ensemblリリース89：ENSG00000163930 – Ensembl、2017年5月
^ GRCm38：Ensemblリリース89：ENSMUSG00000021901 – Ensembl、2017年5月
^ 「HumanPubMedリファレンス：」。米国国立バイオテクノロジー情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウスPubMedリファレンス：」。米国国立バイオテクノロジー情報センター、米国国立医学図書館。
^ Jensen DE、Proctor M、Marquis ST、Gardner HP、Ha SI、Chodosh LA、Ishov AM、Tommerup N、Vissing H、Sekido Y、Minna J、Borodovsky A、Schultz DC、Wilkinson KD、Maul GG、 Barlev N、Berger SL、Prendergast GC、Rauscher FJ（1998年3月）。「BAP1：BRCA1 RINGフィンガーに結合し、BRCA1を介した細胞増殖抑制を増強する新規ユビキチン加水分解酵素」。オンコジーン。16（9）：1097–112。土井：10.1038 /sj.onc.1201861。PMID 9528852。
^ 「Entrez遺伝子：BAP1 BRCA1関連タンパク質-1（ユビキチンカルボキシ末端加水分解酵素）」。
^ GaytándeAyalaAlonsoA、GutiérrezL、Fritsch C、Papp B、Beuchle D、MüllerJ。「遺伝学的スクリーニングにより、ショウジョウバエの新規ポリコームグループ遺伝子が特定されます」。遺伝学。176（4）：2099–108。土井：10.1534 /genetics.107.075739。PMC 1950617。PMID 17717194。
^ Scheuermann JC、de Ayala Alonso AG、Oktaba K、Ly-Hartig N、McGinty RK、Fraterman S、Wilm M、Muir TW、MüllerJ。「ポリコーム抑制複合体PR-DUBのヒストンH2A脱ユビキチン酵素活性」。自然。465（7295）：243–7。Bibcode：2010Natur.465..243S。土井：10.1038 / nature08966。PMC 3182123。PMID 20436459。
^ u Sowa ME、Bennett EJ、Gygi SP、Harper JW。「ヒト脱ユビキチン化酵素相互作用の風景を定義する」。セル。138（2）：389–403。土井：10.1016 /j.cell.2009.04.042。PMC 2716422。PMID 19615732。
^ Machida YJ、Machida Y、Vashisht AA、Wohlschlegel JA、Dutta A。「脱ユビキチン化酵素BAP1はHCF-1との相互作用を介して細胞増殖を調節します」。Journal of BiologicalChemistry。284（49）：34179–88。土井：10.1074 /jbc.M109.046755。PMC 2797188。PMID 19815555。
^ Misaghi S、Ottosen S、Izrael-Tomasevic A、Arnott D、Lamkanfi M、Lee J、Liu J、O’Rourke K、Dixit VM、Wilson AC。「C末端ユビキチン加水分解酵素BRCA1関連タンパク質1と細胞周期調節因子宿主細胞因子1との関連」。分子生物学および細胞生物学。29（8）：2181–92。土井：10.1128 /MCB.01517-08。PMC 2663315。PMID 19188440。
^ Yu H、Mashtalir N、Daou S、Hammond-Martel I、Ross J、Sui G、Hart GW、Rauscher FJ、Drobetsky E、Milot E、Shi Y、Affar el B。「ユビキチンカルボキシル加水分解酵素BAP1はYY1およびHCF-1と三元複合体を形成し、遺伝子発現の重要な調節因子です」。分子生物学および細胞生物学。30（21）：5071–85。土井：10.1128 /MCB.00396-10。PMC 2953049。PMID 20805357。
^ Ventii KH、Devi NS、Friedrich KL、Chernova TA、Tighiouart M、Van Meir EG、Wilkinson KD。「BRCA1関連タンパク質-1は、脱ユビキチン化活性と核局在化を必要とする腫瘍抑制因子です」。がん研究。68（17）：6953–62。土井：10.1158 /0008-5472.CAN-08-0365。PMC 2736608。PMID 18757409。
^ Harbour JW、Onken MD、Roberson ED、Duan S、Cao L、Worley LA、Council ML、Matatall KA、Helms C、Bowcock AM。「転移性ブドウ膜黒色腫におけるBAP1の頻繁な突然変異」。科学。330（6009）：1410–3。Bibcode：2010Sci … 330.1410H。土井：10.1126 /science.1194472。PMC 3087380。PMID 21051595。
^ Bott M、Brevet M、Taylor BS、Shimizu S、Ito T、Wang L、Creaney J、Lake RA、Zakowski MF、Reva B、Sander C、Delsite R、Powell S、Zhou Q、Shen R、Olshen A、Rusch V、Ladanyi M。「核脱ユビキチン酵素BAP1は一般に、悪性胸膜中皮腫における体細胞変異と3p21.1の喪失によって不活化されます」。ネイチャージェネティクス。43（7）：668–72。土井：10.1038 /ng.855。PMC 4643098。PMID 21642991。
^ Peña-LlopisS、Vega-Rubín-de-CelisS、Liao A、Leng N、Pavía-JiménezA、Wang S、Yamasaki T、Zhrebker L、Sivanand S、Spence P、Kinch L、Hambuch T、Jain S、 Lotan Y、Margulis V、Sagalowsky AI、Summerour PB、Kabbani W、Wong SW、Grisin N、Laurent M、Xie XJ、Haudenschild CD、Ross MT、Bentley DR、Kapur P、Brugarolas J。「BAP1の喪失は新しいクラスの腎細胞癌を定義します」。ネイチャージェネティクス。44（7）：751–9。土井：10.1038 /ng.2323。PMC 3788680。PMID 22683710。
^ Testa JR、Cheung M、Pei J、Below JE、Tan Y、Sementino E、Cox NJ、Dogan AU、Pass HI、Trusa S、Hesdorffer M、Nasu M、Powers A、Rivera Z、Comertpay S、Tanji M、Gaudino G、ヤンH、カーボンM。「生殖細胞系BAP1変異は悪性中皮腫の素因となる」。ネイチャージェネティクス。43（10）：1022–5。土井：10.1038 /ng.912。PMC 3184199。PMID 21874000。
^ Wiesner T、Obenauf AC、Murali R、Fried I、Griewank KG、Ulz P、Windpassinger C、Wackernagel W、Loy S、Wolf I、Viale A、Lash AE、Pirun M、Socci ND、RüttenA、Palmedo G、Abramson D、Offit K、Ott A、Becker JC、Cerroni L、Kutzner H、Bastian BC、Speicher MR。「BAP1の生殖細胞変異はメラノサイト腫瘍の素因となる」。ネイチャージェネティクス。43（10）：1018–21。土井：10.1038 /ng.910。PMC 3328403。PMID 21874003。
^ Heydrich CE、Schneider KA、Rana Q（2015）。「あまり知られていないがん症候群の遺伝カウンセラーへの紹介を検討する時期」。現代の腫瘍学。7（1）：26–32。
^ Abdel-Rahman MH、Pilarski R、Cebulla CM、Massengill JB、Christopher BN、Boru G、Hovland P、Davidorf FH。「生殖細胞系BAP1変異は、ブドウ膜黒色腫、肺腺癌、髄膜腫、およびその他の癌の素因となります」。Journal of MedicalGenetics。48（12）：856–9。土井：10.1136 / jmedgenet-2011-100156。PMC 3825099。PMID 21941004。
^ Kapur P、Christie A、Raman JD、Then MT、Nuhn P、Buchner A、Bastian P、Seitz C、Shariat SF、Bensalah K、Rioux-Leclercq N、Xie XJ、Lotan Y、Margulis V、Brugarolas J。「BAP1免疫組織化学は、淡明細胞型腎細胞癌を伴う多施設コホートの転帰を予測します」。泌尿器科ジャーナル。191（3）：603–10。土井：10.1016 /j.juro.2013.09.041。PMID 24076305。
^ Gerdin AK（2010）。「サンガーマウス遺伝学プログラム：ノックアウトマウスのハイスループット特性評価」。ActaOphthalmologica。88：925–7。土井：10.1111 /j.1755-3768.2010.4142.x。S2CID 85911512。
^ 「国際マウス表現型解析コンソーシアム」。
^ Skarnes WC、Rosen B、West AP、Koutsourakis M、Bushell W、Iyer V、Mujica AO、Thomas M、Harrow J、Cox T、Jackson D、Severin J、Biggs P、Fu J、Nefedov M、de Jong PJ、スチュワートAF、ブラッドリーA。「マウス遺伝子機能のゲノムワイド研究のための条件付きノックアウトリソース」。自然。474（7351）：337–42。土井：10.1038 / nature10163。PMC 3572410。PMID 21677750。
^ ドルギンE。「マウスライブラリがノックアウトに設定されました」。自然。474（7351）：262–3。土井：10.1038 / 474262a。PMID 21677718。
^ Collins FS、Rossant J、Wurst W。「あらゆる理由でマウス」。セル。128（1）：9–13。土井：10.1016 /j.cell.2006.12.018。PMID 17218247。S2CID 18872015。
^ White JK、Gerdin AK、Karp NA、Ryder E、Buljan M、Bussell JN、Salisbury J、Clare S、Ingham NJ、Podrini C、Houghton R、Estabel J、Bottomley JR、Melvin DG、Sunter D、Adams NC、Sanger Institute Mouse Genetics Project、Tannahill D、Logan DW、Macarthur DG、Flint J、Mahajan VB、Tsang SH、Smyth I、Watt FM、Skarnes WC、Dougan G、Adams DJ、Ramirez-Solis R、Bradley A、Steel KP（2013 ）。「ノックアウトマウスのゲノムワイドな世代と体系的な表現型は、多くの遺伝子の新しい役割を明らかにしています」。セル。154（2）：452–64。土井：10.1016 /j.cell.2013.06.022。PMC 3717207。PMID 23870131。
^ 「感染および免疫免疫表現型検査（3i）コンソーシアム」。
^ 「OBCDコンソーシアム」。
外部リンク
UCSC GenomeBrowserのヒトBAP1ゲノム位置とBAP1遺伝子詳細ページ。
参考文献
ハーバーJW。「ブドウ膜黒色腫の遺伝学：標的療法のための新たな枠組み」。ピグメントセル＆メラノーマリサーチ。25（2）：171–81。土井：10.1111 /j.1755-148X.2012.00979.x。PMC 4470256。PMID 22268848。
Carbone M、Yang H。「分子経路：中皮腫におけるアスベストおよびエリオン沸石発癌の標的メカニズム」。臨床がん研究。18（3）：598–604。土井：10.1158 /1078-0432.CCR-11-2259。PMC 3291331。PMID 22065079。
Landreville S、Agapova OA、Matatall KA、Kneass ZT、Onken MD、Lee RS、Bowcock AM、Harbour JW。「ヒストンデアセチラーゼ阻害剤は、ブドウ膜黒色腫の成長停止と分化を誘導します」。臨床がん研究。18（2）：408–16。土井：10.1158 /1078-0432.CCR-11-0946。PMC 3261307。PMID 22038994。
ゴールドスタインAM。「生殖細胞系BAP1変異と腫瘍感受性」。ネイチャージェネティクス。43（10）：925–6。土井：10.1038 /ng.956。PMC 4117248。PMID 21956388。
Materin MA、Faries M、Kluger HM（2011）。「ブドウ膜黒色腫における分子交代」。がんの現在の問題。35（4）：211–24。土井：10.1016 /j.currproblcancer.2011.07.004。PMID 21911184。
Zhou ZR、Zhang YH、Liu S、Song AX、Hu HY。「活性部位クロスオーバーループの長さは、ユビキチン鎖に対するユビキチンC末端加水分解酵素の基質特異性を定義します」。生化学ジャーナル。441（1）：143–9。土井：10.1042 / BJ20110699。PMID 21851340。
Eletr ZM、Wilkinson KD。「細胞周期進行の調節におけるBAP1の役割の新たなモデル」。細胞生化学および生物物理学。60（1–2）：3–11。土井：10.1007 / s12013-011-9184-6。PMC 3128820。PMID 21484256。
Patel M、Smyth E、Chapman PB、Wolchok JD、Schwartz GK、Abramson DH、Carvajal RD。「ブドウ膜黒色腫の新たな分子生物学の治療上の意味」。臨床がん研究。17（8）：2087–100。土井：10.1158 /1078-0432.CCR-10-3169。PMID 21444680。
Gieni RS、Ismail IH、Campbell S、Hendzel MJ。「DNA損傷応答におけるポリコームグループタンパク質：放射線耐性と「幹細胞性」との関連」。細胞周期。10（6）：883–94。土井：10.4161 /cc.10.6.14907。PMID 21346409。
Ismail IH、Andrin C、McDonald D、Hendzel MJ。「BMI1を介したヒストンのユビキチン化はDNA二本鎖切断修復を促進します」。細胞生物学ジャーナル。191（1）：45–60。土井：10.1083 /jcb.201003034。PMC 2953429。PMID 20921134。
西川秀樹、呉W、小池A、児島R、五味H、福田M、太田T。「BRCA1関連タンパク質1はBRCA1 / BARD1RINGヘテロダイマー活性を妨害します」。がん研究。69（1）：111–9。土井：10.1158 /0008-5472.CAN-08-3355。PMID 19117993。
Jensen DE、Rauscher FJ（1999年9月）。「BRCA1腫瘍抑制タンパク質の生化学的機能の定義：BRCA1結合タンパク質BAP1の分析」。がんの手紙。143補足1：S13-7。土井：10.1016 / s0304-3835（99）90004-6。PMID 10546591。