C-ImmSim
C-ImmSimはのC言語「バージョン」として、1995年に、始まっIMMSIM、免疫系シミュレータ、1991年に戻って書かれたプログラムAPL2天体物理学者フィル・Eによって（APL2は、IBM Corp.の登録商標です） 。Seidenは、免疫学者のFranco Celadaと協力して、Celada-Seidenモデルを実装します。移植は主にフィリッポ・カスティリオーネによって行われ、他の少数の人々の助けを借りてさらに開発されました。
コンテンツ
1 Celada-Seidenモデル
2 寄稿者
3 関連プロジェクト
4 参考文献
5 外部リンク
Celada-Seidenモデル
Celada-精電のモデルは、適応免疫の体液性およびメゾスコピックレベルでの遺伝的抗原に対する細胞応答を構成するメカニズムの論理的な説明です。
Celada – Seidenモデルの計算上の対応物は、IMMSIMコードです。
Celada-SeidenモデルとC-ImmSimは、単一のプログラム内のモデルのコレクションとして最もよく表示されます。実際、オンまたはオフにできる特定の機能を実現するさまざまなコンポーネントが現在の段階では、C-ImmSimは、今日の免疫学的知識の主要な「コアファクト」を組み込んでいます。
特定の要素の多様性、
MHC制限、
抗原親和性によるクローン選択、
T細胞の胸腺教育、抗原処理および提示（細胞質ゾルおよびエンドサイトーシス経路の両方が実施され、
細胞間協力、
骨髄によって作られた細胞の恒常性、
抗体の超変異、
細胞性および体液性応答および記憶の成熟。
その上、抗原は細菌、ウイルスまたはアレルゲンまたは腫瘍細胞を表すことができます。
Celada-Seidenモデルは高度に複雑であるため、抗体の超変異、胚中心反応（GCR）、免疫化、胸腺選択、ウイルス感染、過敏症など、さまざまな免疫学的現象をシミュレートするのに適しています。
C-ImmSimの最初のリリース以来、コードは何度も変更されてきました。実際のバージョンには、元のCelada-Seidenモデルにはなかった機能が含まれています。
C-ImmSimは最近、HIV-1感染をシミュレートするようにカスタマイズされました。さらに、一般的な固形腫瘍に対する免疫療法をシミュレートできます。これらの機能はすべてコードに含まれており、コンパイル時にオンとオフを切り替えることができます。ただし、現在のユーザーガイドでは、標準的な免疫系の反応の説明を扱っており、HIV-1と癌の特徴については何も示し
C-ImmSimの最新バージョンでは、SARS-CoV-2感染のシミュレーションが可能です。
寄稿者
特に最初の検証段階では、Seidenの助けを借りて移植が可能でした。Massimo Bernaschiは、「ベータ」リリースとして開始されたC-ImmSimの開発に貢献しました。メモリ使用量とI / Oの最適化のほとんどは、特に並列バージョンの開発に関係するBernaschiのおかげで可能になりました。他の数人は、今後数年間でコードのさらなる開発に貢献しました。
関連プロジェクト
F. CastiglioneによるIMMSIMのC言語での最初の移植から（ある程度）由来するCelada – Seidenモデルのトラックで開発された他の計算モデルがそれらは、S。Kleinsteinによって開発されたIMMSIM ++、R。Puzoneによって開発されたIMMSIM-C、J。Textorによって開発されたLimmsim、およびPappalardoによって開発されたSimTriplexです。
IMMSIM ++、http： //www.cs.princeton.edu/immsim/software.html
IMMSIM-C、http：//www.immsim.org/
LImmSim、http： //johannes-textor.name/limmsim.html SimTriplex C-ImmSimは一連の出版物で部分的に説明されていますが、C-ImmSimのマニュアルとしても機能するIMMSIMコードの他の参照が利用可能であるため、また、通常の論文でのC-ImmSimの完全な説明。
IMMSIMは、著者の考えでは、実際の実験室でのinvivoおよびinvivo実験と同様の実験を実行するためのコンピューター化されたシステムを開発するというアイデアに基づいて構築されました。生物学者が免疫系がどのように機能するかについての理論と仮説をテストするのを助けるために開発され維持されたツール。彼らはそれを「マチナで」または「インシリコで」実験と呼んだ。IMMSIMは、生物学/免疫学コースの学生に免疫メカニズムを試して細胞の基本的な概念を把握する方法を提供するために、これらの種類のツールの教育的可能性に目を向けて部分的に開発されました/または免疫応答における分子相互作用。
この目的のために、IMMSIM ++はMicrosoftWindows®用に開発され、Celada-Seidenモデルのさまざまな（すべてではない）機能を探索する機会を提供します。ただし、実行可能ファイルのみが使用可能であるため、そのコードはテスト/開発用に開かれ
LImmSimはGNUGPLの下で利用可能です。
SimTriplexは、同じモデルのカスタマイズされたバージョンであり、C-ImmSimのバージョン6から派生しています。癌の免疫予防をシミュレートするために開発されました。
参考文献
^ Kar、T。; ナルサリア、U。; Basak、S。; デブ、D。; Castiglione、F。; ミューラー、D。; Srivastava、A。「SARS-CoV-2に対するマルチエピトープワクチンの候補」。ScientificReports。ネイチャーリサーチ。10（10895）。土井：10.1038 / s41598-020-67749-1。
ラピン、ニコラス; ルンド、オレ; Bernaschi、Massimo; カスティリオーネ、フィリッポ（2010-04-16）。「計算免疫学とバイオインフォマティクスの出会い：免疫系のシミュレーションにおける分子間結合のための予測ツールの使用」。PLOSONE。公立科学図書館（PLoS）。5（4）：e9862。Bibcode：2010PLoSO … 5.9862R。土井：10.1371 /journal.pone.0009862。ISSN 1932から6203まで。PMC 2855701。PMID 20419125。
F.パパラルド、M。ペニシ、F。カスティリオーネ、S。モッタ。ワクチンプロトコルの最適化：インシリコ体験。バイオテクノロジーの進歩。28：82–93（2010）。doi：10.1016 / j.biotechadv.2009.10.001
P. Paci、R。Carello、M。Bernaschi、G。D’Offizi、F。Castiglione 治療中断後のHIV-1感染の免疫制御：即時対延期抗レトロウイルス療法。BMC感染症。9：172（2009）。doi：10.1186 / 1471-2334-9-172
D.サントーニ、M。ペディチーニ、F。カスティリオーネ。過敏反応のエージェントベースモデルでTH1 / 2分化をシミュレートするための調節遺伝子ネットワークの実装。バイオインフォマティクス、24（11）：1374–1380（2008）。doi：10.1093 / bioinformatics / btn135
F. Castiglione、F。Pappalardo、M。Bernaschi、S。Motta 遺伝的アルゴリズムとHIV感染のエージェントベースモデルによるHAARTの最適化。バイオインフォマティクス、23（24）：3350–3355（2007）doi：10.1093 / bioinformatics / btm408
F. Castiglione、KA Duca、A。Jarrah、R。Laubenbacher、K。Luzuriaga、D。Hochberg、DAThorley-Lawson。C-ImmSimによるエプスタインバーウイルス感染のシミュレーション。バイオインフォマティクス、23：1371–1377（2007）doi：10.1093 / bioinformatics / btm044
F. Pappalardo、P.-L。ロリーニ、F。カスティリオーネ、S。モッタ。癌免疫予防ワクチンのモデリングとシミュレーション。バイオインフォマティクス、2005年6月15日; 21（12）：2891–7。doi：10.1093 / bioinformatics / bti426
F. Castiglione、F。Toschi、M。Bernaschi、S。Succi、R。Benedetti、B。Falini、A。Liso 腫瘍抗原に対する免疫応答の計算モデリング：ワクチン接種への影響。J Theo Biol、237（4）：390-400（2005）
カスティリオーネ、フィリッポ; ポッチャ、ファブリツィオ; D’Offizi、Gianpiero; Bernaschi、Massimo（2004）。「突然変異、フィットネス、ウイルスの多様性、およびHIV1型感染の計算モデルにおける疾患進行の予測マーカー」。エイズ研究とヒトレトロウイルス。Mary Ann Liebert Inc. 20（12）：1314–1323。土井：10.1089 /aid.2004.20.1314。ISSN 0889から2229まで。PMID 15650424。
F. Castiglione、V。Sleitser、Z。Agur 免疫系の細胞オートマトンモデルにおける化学療法に対する過敏症の分析、Cancer Modeling and Simulation、Preziosi L.（ed。）、Chapman＆Hall / CRC Press（UK）、ロンドン、2003年6月26日、333〜365ページ。
Bernaschi、M; Castiglione、F（2002）。「HIV感染中の免疫認識からの脱出変異体の選択」。免疫学および細胞生物学。ワイリー。80（3）：307–313。土井：10.1046 /j.1440-1711.2002.01082.x。ISSN 0818から9641まで。PMID 12067418。S2CID 43177412。
Bernaschi、M。; Castiglione、F。（2001）。「免疫システムシミュレータの設計と実装」。生物学と医学のコンピューター。エルゼビアBV。31（5）：303–331。土井：10.1016 / s0010-4825（01）00011-7。ISSN 0010から4825まで。PMID 11535199。
Succi、S。; Castiglione、F。; Bernaschi、M。（1997-12-01）。「免疫システム応答における集合的ダイナミクス」。物理的レビューレター。アメリカ物理学会（APS）。79（22）：4493–4496。Bibcode：1997PhRvL..79.4493S。土井：10.1103 /physrevlett.79.4493。ISSN 0031から9007まで。
Castiglione、F。; Bernaschi、M。; Succi、S。（1997）。「分散並列コンピューターでの免疫応答のシミュレーション」。現代物理学Cの国際ジャーナル。World Scientific Pub Co Pte Lt. 08（3）：527–545。Bibcode：1997IJMPC … 8..527C。土井：10.1142 / s0129183197000424。ISSN 0129から1831まで。
Kar、T。; ナルサリア、U。; Basak、S。; デブ、D。; Castiglione、F。; ミューラー、D。; Srivastava、A。「SARS-CoV-2に対するマルチエピトープワクチンの候補」。ScientificReports。ネイチャーリサーチ。10（10895）。土井：10.1038 / s41598-020-67749-1。
外部リンク
「フィリッポカスティリオーネ」。iac.rm.cnr.it 。
「フロントページ| NYUランゴーン医療センターの理論免疫学」。immsimteam.med.nyu.edu 。
http://www.cs.princeton.edu/immsim/software.html