C10orf35


C10orf35

10番染色体のオープンリーディングフレーム35(c10orf35)は、ヒトではタンパク質結合 膜貫通タンパク質をコードする遺伝子です。このタンパク質には、タンパク質ファミリーpfam15378に属する未知の機能4605(DUF4605)のドメインが含まれています。この遺伝子は遺伝子座10q22.1に位置しています。
青い強調表示された線は、10番染色体上のc10orf35遺伝子の位置を示しています。

コンテンツ
1 一般的な特性
2 プロパティと構造
3 相同性
3.1 パラログ 3.2 オーソログ
4 臨床的な意義
5 表現
6 転写調節
7 タンパク質相互作用
8 参考文献

一般的な特性
c10orf35タンパク質の物理的特性を分析したところ、分子量は13.2 kdalと予測され、等電点は11.5と予測されました。 DUF4605の特性も分析され、分子量は6.0kdalであると予測されました。等電点は6.9と予測され、これは完全なタンパク質よりも著しく塩基性が低くなっています。

プロパティと構造
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  この画像は、主要な二次構造の特徴、保存された領域、および翻訳後修飾部位の予測画像を提供します。
このタンパク質には、MSAによって発見されたアミノ酸1と19の間に高度に保存された領域が含まれています。 DUF4605はアミノ酸62と92の間に位置します。 c10orf35タンパク質の二次構造は、アミノ酸3と5の間のβシート 61との間のαヘリックスからなると予測されました。72、および92と112の間の膜貫通α-ヘリックス。位置62のセリンはリン酸化されてホスホセリン基を形成することができる。

相同性

パラログ
目的のタンパク質は、c4orf32に見られる同様のパラロガスドメインを持ち、哺乳類、鳥類、ごく少数の爬虫類、および1つの両生類で保存されています。

オーソログ
c10orf35によってコードされるタンパク質には、主に哺乳類、爬虫類、少数の両生類、1匹の魚、1匹の無脊椎動物に見られる多くのオルソログが代表的なオルソログ間のマルチプルアラインメントに基づいて、DUF4605と2番目の高度に保存された領域が確認されました。

臨床的な意義
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表現
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  この画像は、さまざまなヒト組織におけるc10orf35タンパク質の発現を示しています。
c10orf35タンパク質は、脳、脊髄、および男性の生殖器官で75パーセンタイルを超えて発現しています。男性の生殖器系内では、RNAは精巣と前立腺内に見られ、タンパク質は精巣上体で発現しています。脳では、RNAは大脳皮質に見られますが、タンパク質は脳全体に遍在的に発現しています。

転写調節
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タンパク質相互作用
c10orf35タンパク質は、以下に示すように、AffinityCapture-MSによって他の7つのタンパク質と相互作用することが実験的に示されています。
相互作用するタンパク質記号 意味
ATP1B3 ATPase、Na + / K +輸送、ベータ3ポリペプチド
CD3E CD3e分子、イプシロン(CD3-TCR複合体)
GABRE ガンマアミノ酪酸(GABA)A受容体、イプシロン
HTR3C 5-ヒドロキシトリプタミン(セロトニン)受容体3C、イオノトロピック
LPAR1 リゾホスファチジン酸受容体1
SGCD サルコグリカン、デルタ(35kDaジストロフィン関連糖タンパク質)
ZACN 亜鉛活性化リガンド依存性イオンチャネル

参考文献
^ “”c10orf35″”。国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)Gene。
^ 「SOSUI」。膜タンパク質の分類と二次構造予測。
^ 「保存されたタンパク質ドメインファミリーDUF4605」。国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)の構造。
^ “”Compute pI / Mw””。ExPASyバイオインフォマティクス研究ポータル。
^ “”CLUSTALWアラインメントツール””。サンディエゴスーパーコンピューターセンター(SDSC)。
^ 「タンパク質の二次構造予測サーバー」。JPred 。
^ “”c10orf35″”。UniProt 。
^ “”c4orf32″”。国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)Gene 。
^ 「c4orf32について照会された標準ヌクレオチドBLASTN」。国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)Basic Local Alignment Searth Tool(BLAST)。
^ 「c10orf35について照会された標準ヌクレオチドBLAST」。国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)の基本的なローカルアラインメント検索ツール(BLAST)。
^ 「GDS3834の遺伝子発現オムニバス(GEO)プロファイル」。国立バイオテクノロジー情報センター(NCBI)。
^ 「遺伝子発現オムニバス(GEO)プロファイル」。国立バイオテクノロジー情報センター。
^ “c10orf35″。ヒトタンパク質アトラス。