C11orf16
遺伝子C11orf16、11番染色体のオープンリーディングフレーム16は、C11orf16遺伝子によってコードされるヒトのタンパク質です。 7つのエクソンがあり、サイズは467アミノ酸です。 C11orf16 識別子
エイリアス
C11orf16、11番染色体オープンリーディングフレーム16
外部ID
MGI：1928824 HomoloGene：49631 GeneCards：C11orf16
遺伝子の位置（ヒト） Chr。 11番染色体（ヒト）
バンド 11p15.4 始める
8，920，076 bp
終わり
8，933，006 bp
遺伝子の位置（マウス） Chr。 7番染色体（マウス）
バンド
7 | 7 E3
始める
109，712，181 bp
終わり
109，723，850 bp
RNA発現パターン Bgee トップ表現
リンパ節
脊髄 後頭葉 唾液腺
視床下核
その他の参照発現データ BioGPS その他の参照発現データ
オーソログ
種族
人間
ねずみEntrez56673 57355 Ensembl ENSG00000176029 ENSMUSG00000031022 UniProt Q9NQ32 Q9JJR6
RefSeq（mRNA）NM_020643 NM_001040700 NM_020609
RefSeq（タンパク質）NP_065694 NP_001035790
場所（UCSC）
Chr 11：8.92 – 8.93 Mb
Chr 7：109.71 – 109.72 Mb
PubMed検索
ウィキデータ
人間の表示/
マウスの表示/編集
コンテンツ
1 遺伝子
1.1 位置 1.2 ジーン近隣 1.3 表現
1.3.1 人間
1.3.2 マウスの脳
1.4 転写因子 2 mRNA 2.1 アイソフォーム
3 相同性
3.1 パラログ 3.2 オーソログ 3.3 保全
4 タンパク質
4.1 分子量 4.2 ドメインとモチーフ 4.3 二次構造 4.4 翻訳後修飾 4.5 細胞内局在予測因子 4.6 タンパク質相互作用
5 臨床的な意義
5.1 疾病協会
6 参考文献
7 外部リンク
8 参考文献
遺伝子編集
位置
遺伝子C11orf16は、11番染色体（p15.4）にあり、8，920，076bpで始まり、8，933，006bpで終わります。
ジーン近隣
遺伝子ASCL3とAKIP1は、11番染色体上のC11orf16の隣接遺伝子です。
表現
人間
この遺伝子は、体組織全体で高い発現を示しサンプル内のパーセンタイルランクは、膵臓、卵巣、および虫垂で高くなっています。
NCBIGEOプロファイルから抽出された人体部位でのC11orf16の発現
マウスの脳
この遺伝子はマウスの脳では有意に高い発現を示していませんが、中脳、等皮質、嗅覚領域、および延髄で最も発現しています。
転写因子
より高いマトリックス類似性を有するいくつかの転写因子は、クルッペル様ジンクフィンガータンパク質219、ジンクフィンガータンパク質263、ZKSCAN12（KRABおよびSCANドメイン12を有するジンクフィンガータンパク質）、絨毛膜特異的転写因子GCMa、およびRas応答性エレメント結合タンパク質である。 1.
mRNA
アイソフォーム
予測されるC11orf16転写変異体X1は2386bpの長さで、NCBIアクセッション番号はXM_017018013.1です。
相同性
パラログ
NCBI BLASTを介して、C11orf16遺伝子のパラログは見つかりませんでした。
オーソログ
説明
一般名
NCBIアクセッションID
クエリカバー E値 身元
分岐日（MYA）
ホモサピエンス
人間NP_065694.2 100％ 0 100％
該当なし
ポンゴアベリイ
スマトラオランウータンPNJ24628 84％ 0 95％ 15.2
ヨザル
ナンシーマのヨザルXP_012312127.1 88％ 0 84％ 42.6
チンチララニゲラ
チンチラXP_013367496.1 97％ 0 68％ 88 Equus przewalskii
モウコノウマの馬XP_008512245.1 98％ 0 73％ 94
Cervus elaphus hippelaphus
中央ヨーロッパのアカシカOWK17675.1 99％ 0 67％ 94 Hipposideros armiger
素晴らしい丸葉コウモリXP_019511755.1 99％ 0 65％ 94 Neomonachus schauinslandi
ハワイモンクアザラシXP_021541375.1 99％ 0 66％ 94
ヨウスコウカワイカ
ヨウスコウカワイカXP_007459933.1 98％ 0 68％ 94 Myotis brandtii
ブラントのコウモリXP_005874017.1 98％ 1e-174 67％ 94
アオウミガメ
アオウミガメXP_007057171.1 83％ 1e-57 37％ 320
Balearica regulorum gibbericeps
ホオジロカンムリXP_010311948.1 70％ 6e-5 40％
320
保全
遺伝子C11orf16は、哺乳類、鳥類、爬虫類を含む多くの動物種で保存されています。
マルチプルアラインメントは、遺伝子C11orf16の保存を示しています
タンパク質編集
分子量
C11orf16によってコードされるタンパク質の予測分子量は51キロダルトンです。
ドメインとモチーフ
CHD5様タンパク質、チロシンキナーゼリン酸化部位、プロテインキナーゼCリン酸化部位、N-ミリストイル化部位、カゼインキナーゼIIリン酸化部位、およびcGMP依存性プロテインキナーゼリン酸化部位を含むいくつかのタンパク質ドメインおよびモチーフが見出された。写真はモチーフの位置を示しています。
C11orf16の予測されるモチーフは、対応するアミノ酸の色で示されています
二次構造
このタンパク質は、21.2％のアルファヘリックス、15.2％の伸長鎖、および63％のランダムコイルで構成されていると予測されています。
タンパク質C11orf16の二次構造
翻訳後修飾
膜貫通ヘリックス、潜在的なGPI修飾部位、またはTMタンパク質は見つかりませんでした。予測されるSUMO化部位は7つあり、複数のリン酸化部位があり、それらのほとんどはunspであり、9つのグリコシル化部位が
タンパク質C11orf16の翻訳後修飾
細胞内局在予測因子
タンパク質は47.8％の確率で核に局在すると予測されています。26.1％の確率でミトコンドリア。
タンパク質相互作用
タンパク質C1orf105（染色体1オープンリーディングフレーム105）、PWWP2A、およびSMYD1（1を含むSETおよびMYNDドメイン）がC11orf16と相互作用していることがわかりました。
臨床的な意義編集
疾病協会
C11orf16遺伝子によってコードされるタンパク質も、腫瘍抑制因子p53結合タンパク質と19.61％の配列同一性があると予測されており、この遺伝子が腫瘍抑制プロセスに関与している可能性があることを示唆しています。
参考文献
^ GRCh38：Ensemblリリース89：ENSG00000176029 – Ensembl、2017年5月 ^ GRCm38：Ensemblリリース89：ENSMUSG00000031022 – Ensembl、2017年5月 ^ 「HumanPubMedリファレンス：」。国立バイオテクノロジー情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウスPubMedリファレンス：」。国立バイオテクノロジー情報センター、米国国立医学図書館。
^ Amid C、Bahr A、Mujica A、Sampson N、Bikar SE、Winterpacht A、Zabel B、Hankeln T、Schmidt ER。「比較ゲノム配列決定により、ヒト7番染色体（遺伝子ST5を含む）とマウス7番染色体上の保存されたシンテニー領域の驚くほど類似した構造が明らかになりました。」Cytogenet CellGenet。93（3–4）：284–90。土井：10.1159 / 000056999。PMID 11528127。S2CID 27611036。 ^ 「Entrez遺伝子：C11orf16染色体11オープンリーディングフレーム16」。
^ 「Genomatix」。
^ 「NCBIヌクレオチド」。
^ 「Expasy」。
^ 「シグマ抗体」。
^ 「モチーフスキャン」。
^ 「TMHMM」。
^ 「SUMOplot」。
^ 「NetPhos」。
^ 「YingOYang」。
^ 「プロッター」。
^ 「PSORTII」。
^ 「文字列」。
^ 「SWISS-MODEL」。
外部リンク
UCSC GenomeBrowserのヒトC11orf16ゲノム位置とC11orf16遺伝子詳細ページ。
上のC11orf16情報GeneCards
参考文献
木村K、若松A、鈴木Y他 （2006）。「転写調節の多様化：ヒト遺伝子の推定上の代替プロモーターの大規模な同定と特性評価」。GenomeRes。16（1）：55–65。土井：10.1101 /gr.4039406。PMC 1356129。PMID 16344560。
Rual JF、Venkatesan K、Hao T、他 （2005）。「ヒトタンパク質間相互作用ネットワークのプロテオームスケールマップに向けて」。自然。437（7062）：1173–8。土井：10.1038 / nature04209。PMID 16189514。S2CID 4427026。
Bonaldo MF、Lennon G、Soares MB（1997）。「正規化と減算：遺伝子発見を容易にする2つのアプローチ」。GenomeRes。6（9）：791–806。土井：10.1101 /gr.6.9.791。PMID 8889548。
丸山K、菅野S（1994）。「オリゴキャッピング：真核生物のmRNAのキャップ構造をオリゴリボヌクレオチドに置き換える簡単な方法」。遺伝子。138（1–2）：171–4。土井：10.1016 / 0378-1119（94）90802-8。PMID 8125298。”