C11orf98
C11orf98は、タンパク質をコードするある遺伝子の染色体11、機能未知のヒトで。それ以外の場合はc11orf48 として知られています。この遺伝子は、62，662，817-62，665，210の染色体遺伝子座にまたがっています。4つのエクソンがDNAの2，394塩基対にまたがり、646塩基対の長さのmRNAを生成します。 C11orf98 識別子
エイリアス
C11orf98、C11orf48、11番染色体オープンリーディングフレーム98
外部ID
MGI：1913526 HomoloGene：84408 GeneCards：C11orf98
遺伝子の位置（ヒト） Chr。 11番染色体（ヒト）
バンド 11q12.3 始める
62，662，817 bp
終わり
62，665，210 bp
遺伝子の位置（マウス） Chr。 19番染色体（マウス）
バンド
19 | 19 A
始める
8，888，853 bp
終わり
8，890，881 bp
RNA発現パターン Bgee トップ表現
睾丸
筋肉組織 黒質 胃体
前頭前皮質
胸腺
その他の参照発現データ BioGPS 該当なし
オーソログ
種族
人間
ねずみEntrez102288414 66276 Ensembl ENSG00000278615 ENSMUSG00000071653 UniProt E9PRG8 Q9D937
RefSeq（mRNA）NM_001286086 NM_025463
RefSeq（タンパク質）NP_001273015 NP_079739
場所（UCSC）
Chr 11：62.66 – 62.67 Mb
19番染色体：8.89 – 8.89 Mb
PubMed検索
ウィキデータ
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コンテンツ
1 遺伝子
1.1 表現
1.1.1 規制
2 タンパク質
2.1 ドメイン 2.2 構造 2.3 翻訳後修飾 2.4 相互作用
3 相同性と進化
3.1 オーソログ 3.2 進化率 3.3 系統樹
4 臨床的な意義
5 参考文献
遺伝子編集
表現
この遺伝子は、平均的な遺伝子の4.4倍という非常に高いレベルで発現しています。c11orf98タンパク質は、さまざまな組織で発現しています。RNA-seq datは、この遺伝子が虫垂、リンパ節、胸腺で最も高く発現していることを示しました。
PSORT IIによる分析では、C11orf98遺伝子産物は核に82.6％の信頼性で局在していると結論付けられました。この核局在化は、C11orf98タンパク質が核内の遺伝子の発現と調節に関連する機能を持っている可能性があることを示唆しています。
規制
いくつかの異なる転写因子がc11orf98遺伝子の発現を調節すると予測されています。これらの転写因子は、名前と説明も提供するGenomatixを使用して遺伝子で見つかったDNA配列に基づいて予測されました。
＃ 名前 TFの説明
1 V $ ZIC3.03 小脳のジンクフィンガータンパク質（Zic3）
2 V $ SPZ1.01 精子形成性Zip1転写因子
3 V $ YB1.01 Yボックス結合タンパク質1は、ssDNAの結合を優先します
4 V $ PAX5 PAX5ペアドメインタンパク質
5 V $ TCF21.02 転写因子21
6 V $ GFI1B.02 成長因子非依存性1ジンクフィンガータンパク質Gfi-1B
7 V $ SPI1.02 SPI-1プロトオンコジーン; 造血転写因子PU.1
8 V $ ZKSCAN3.01 KRABおよびSCANドメインを備えたジンクフィンガー3
9 V $ EGR2.03 初期成長反応2
10 V $ ZNF300.01 KRAB含有ジンクフィンガータンパク質300
11 V $ AP4.03 エンハンサー結合タンパク質4の活性化
12 V $ AML2.01 RUNX3（Runt関連転写因子3）、AML2（急性骨髄性白血病2）
13 V $ WHN.01 毛髪の角質化と胸腺上皮の分化に関与するウィングドヘリックスタンパク質
14 O $ DINR.01 ショウジョウバエのイニシエーターモチーフ
15 V $ ZTRE.03 ZTREモチーフの5 ‘ハーフサイト
16 V $ ZNF35.01 ヒトジンクフィンガータンパク質ZNF35
17 V $ SP1.02 刺激タンパク質1、遍在するジンクフィンガー転写因子
18 V $ DMP1.02 サイクリンD結合myb様転写因子
19 V $ ETV1.02 Etsバリアント1
20 V $ WT1.02 ウィルムス腫瘍抑制剤
タンパク質
c11orf98遺伝子は123個のであるタンパク質をコードするアミノ酸長を【選択は、タンパク質の分子量を予測14.2であるkDaの 。基底等電点は11.53であると決定されました。タンパク質の細胞内局在は核内にあると予測された 。
ドメイン
c11orf98タンパク質には、アミノ酸1〜98にまたがる未知の機能領域（DUF5564）が含まれています。タンパク質内には、アミノ酸1〜21と32〜123にまたがる2つの無秩序な領域もあります。C11orf98には、4つの二部核局在化シグナル（NLS_BP）が含まれています。これは、核輸送によって細胞核にインポートするためにタンパク質が「タグ付け」されることを示します。NLS_BP配列は通常、正に帯電したアルギニンで構成されており、これはアルギニンに富む領域（ARG_RICH）も説明します。
構造
c11orf98タンパク質の二次構造は、複数のアルファヘリックスとベータシートを持っていると予測されました。三次構造は、AlphaFoldを使用して予測されました。
アルファフォールドはc11orf98タンパク質の三次構造を予測しました
翻訳後修飾
C11orf98タンパク質は、翻訳後に修飾を受けます。c11orf98タンパク質はアミド化部位を持っていると予測されました。これは、活性ペプチド前駆体切断部位として機能します。次に、cAMPおよびcGMP依存性プロテインキナーゼリン酸化部位、ならびにカセインキナーゼIIリン酸化部位およびプロテインキナーゼCリン酸化部位などの他のリン酸化部位が予測された。N-ミリストイル化部位も予測されました。ホスホリル基が部位に付加されるため、リン酸化は重要です。これは、核または細胞質ゾルでのみ発生する可能性がミリストイル化は、膜貫通タンパク質または細胞質ゾルタンパク質を膜に固定するのに役立つミリストイル基（脂肪酸基）が部位に追加されるため、重要です 。12の予測されたo-ベータ-GlcNAcグリコシル化部位がありました。この修飾は、膜タンパク質や分泌タンパク質ではなく、核タンパク質や細胞質タンパク質にのみ見られるため、これは重要です。1つのSUMO化部位が予測されました。Sumoylationは、核-細胞質ゾル輸送、転写調節、アポトーシス、タンパク質の安定性、ストレスへの応答、および細胞周期の進行に関与する翻訳後修飾です。
相互作用
略称 名前 IDの基礎 スコア 説明
6月 C-jun 近接依存性ビオチンの同定 様々 c-Junは、c-Fosと組み合わせて、AP-1初期応答転写因子を形成します
FBL フィブリラリン 近接依存性ビオチンの同定 様々 核小体核内低分子リボ核タンパク質（snRNP）粒子の成分は、プレリボソーム（r）RNAの処理の最初のステップに関与すると考えられています
ESR1 エストロゲン受容体1 タンデムアフィニティ精製 0.35 性ホルモンのエストロゲンによって活性化され、ホルモン結合、DNA結合、および転写の活性化に重要ないくつかのドメインで構成される転写因子です
SCARB2 スカベンジャー受容体クラスBメンバー2 引き下げる 0.35 タンパク質は主にリソソームと呼ばれる細胞構造の膜に見られます。リソソームは、物質を消化してリサイクルする特殊な区画です。
OAS3 2′-5′-オリゴアデニル酸シンテターゼ3 引き下げる 0.35 この酵素はインターフェロンによって誘導され、ATPの2 ‘、5’オリゴマーを触媒します
相同性と進化編集
オーソログ
c11orf98遺伝子には148個のオルソログがあります。最も古いオルソログは無脊椎動物に現れました。他のオルソログは、鳥、爬虫類、両生類、魚、および無脊椎動物で発見されました。
シーケンス＃ C11orf98 属、種 一般名 分類学グループ 発散日（百万年前）
受入番号
クエリカバー シーケンス長（aa） 配列同一性（％） シーケンスの類似性（％）
0 哺乳類 ホモサピエンス 人間 霊長類 0 NP_001273015 100 123 100 100 1 パンパニスカス ボノボ（ピグミーチンパンジー）
霊長類 6.7 XP_008952146.1 100 123 99.2 100 2 ハツカネズミ ハツカネズミ 齧歯目 90 NP_079739.1 100 123 82.93 91.1
3 AVES Dromaius novaehollandiae エミュー 鳥 312 XP_025975290 96 200 35.6 43.4 4 アプテリクスマンテッリ ノースアイランドブラウンキーウィ 鳥 312 XP_013806542 90 155 48.4 61.9
5 爬虫類 カミツキガメ カミツキガメ 爬虫類 312 KAG6938024.1 97 127 62.2 74
6 両生類 Bufo bufo 一般的なカエル 両生類 351.8 XP_040265882.1 98 135 51.5 75 7 ラニトメヤ模倣者 ヤドクガエルを模倣する 両生類 351.8 CAF5124592.1 59 97 51.2 56.6
8 魚 ダニオレリオ ゼブラフィッシュ Actinoptergyii（硬骨魚） 435 XP_009298201.1 65 177 33.7 43.7 9 Perca flavescens イエローパーチ Actinoptergyii（硬骨魚） 435 XP_028427042.1 97 129 58.3 71.2 10 ジンベイザメ ジンベイザメ 軟骨魚類 473 XP_020392632.1 95 125 59.1 73.2 11 ホオジロザメ ホオジロザメ 軟骨魚類 473 XP_041069108.1 95 130 57.6 74.2 12 Callorhinchus milii ゾウギンザメ 軟骨魚類 473 XP_007910732.1 61 134 47.1 63.6
13 無脊椎動物 Styela Clava ホヤの茎 脊索動物 676 XP_039269774.1 91 125 36.8 51.9 14 Branchiostoma belcheri ベルチャーのナメクジウオ 脊索動物 684 XP_019641031.1 93 127 39.9 55.8 15 Priapulus caudatus ペニスワーム Priapulimorphida 797 XP_014677581.1 95 157 28.7 40.7 16 Owenia fusiformis チューブワーム 多毛類 797 CAC9620481.1 92 148 34.2 50 17 ミドリシャミセンガイ シャミセンガイ 腕足動物 797 XP_013399665.1 69 141 35.2 55.6 18 Exaiptasia diaphana イソギンチャク 花虫綱 824 XP_020906605.1 78 110 30.6 52.4 19 Actiniatenebrosa ワラタアネモネ 花虫綱 824 XP_031558418.1 70 113 36.2 57.5 20 Nematostella vectensis スターレットシーアネモネ 花虫綱 824 XP_001639221.1 80 112 34.9 54
フィブリノーゲンおよびシトクロムcと比較したC11orf98の突然変異率。
進化率
c11orf98の相対的な進化速度は、フィブリノーゲンアルファの速度よりも遅いですが、シトクロムcよりは速いです。これは右のグラフに示されています
系統樹
脊椎動物および無脊椎動物のc11orf98オルソログの根のない系統樹
右側は、遺伝子の進化の歴史を示す系統樹です。
臨床的な意義
現在、c11orf98遺伝子はいかなる病気や病状とも関連し
参考文献
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