C13orf38
C13orf38は、13番目の染色体に見られるオープンリーディングフレーム番号38のタンパク質です。139アミノ酸の長さです。タンパク質は、CCDC169-SOHLH2およびCCDC169のいくつかのエイリアスを通過します。このタンパク質は、ヒトの精巣で過剰発現していることがわかっています。現時点では、タンパク質の正確な機能が何であるかは不明です。ヒトCCDC169遺伝子には753ヌクレオチドが含まれています。C13orfには、未知の機能DUF4600のドメインが含まれています。これはヌクレオチド間隔1-79の間で保存されます。このタンパク質には139個のアミノ酸が含まれています。
タンパク質C13orf38の予測される三次構造
コンテンツ
1 エイリアス
2 タンパク質調節
3 遺伝子発現
3.1 組織発現 3.2 抗体
4 同族体とパラログ
4.1 遺伝的分化
5 相互作用するタンパク質
6 実験データ
7 参考文献
エイリアス
既知のエイリアスはCCDC169およびCCDC169-SOHLH2です。SOHLHは、卵形成および精子形成における疑わしい役割を指します。CCDCは、タンパク質を含むコイルコイルドメインであるタンパク質のドメインの構造を指します。アイソフォーム：C13orf38には、aからeまでの7つのアイソフォームが最も一般的なアイソフォームはアイソフォームbです。CCDC169アイソフォームb遺伝子はC13orf38タンパク質をコードします。アイソフォームbは最も一般的なアイソフォームです。
タンパク質調節
タンパク質が核内に保持されているという証拠がタンパク質のアミノ酸配列には、ロイシンに富む核外輸送シグナルがいくつか転写後に核内に保持される可能性を高める。
遺伝子発現編集
組織発現
C13orf38はヒトの精巣で過剰発現しています。骨髄、脳、血管組織での発現データは非常に弱いです。脳腫瘍、肺腫瘍、胚細胞腫瘍など、いくつかの種類の腫瘍で発現します。白血病細胞でも発現します。
抗体
ポリクローナル抗体が利用可能です。抗体は、Bioss抗体によって販売されているウサギの宿主に由来します。分子量は25kDaです。
同族体とパラログ
同族体は主に霊長目で発見されました。最も分岐している同族体は、6億8600万年前に人間よりも前に存在するフッドサンゴです。
ヒトゲノムの配列決定を通じて発見された2つの低同一性パラログと2つの仮想タンパク質パラログが
遺伝的分化
4億3200万年前にゼブラフィッシュから分岐します。最も分岐した種は、6億8600万年前のフードコーラルStylophorapistillataでしょう。
相互作用するタンパク質
タンパク質
注釈
スコア AGPAT1 1-アシル-sn-グリセロール-3-リン酸アシルトランスフェラーゼアルファ; グリセロール骨格のsn-2位置にアシル部分を組み込むことにより、リゾホスファチジン酸（LPA）をホスファチジン酸に変換します。1-アシルグリセロール-3-リン酸O-アシルトランスフェラーゼ0.471 BAIAP3
BAI1関連タンパク質3; を含むC2ドメイン0.708 CLMP
CXADRのような膜タンパク質; 細胞間接着に関与している可能性が脂肪細胞の分化と肥満の発症に役割を果たす可能性が通常の小腸の発達に必要です。I-setドメインを含む0.526 GABRQ
ガンマアミノ酪酸受容体サブユニットシータ; 脊椎動物の脳の主要な抑制性神経伝達物質であるGABAは、GABA /ベンゾジアゼピン受容体に結合し、統合されたクロライドチャネルを開くことによってニューロンの抑制を仲介します。ガンマアミノ酪酸A型受容体サブユニット0.695 KCNK12
カリウムチャネルサブファミリーKメンバー12; カリウムチャネルサブユニットの可能性が異種システムではチャネルアクティビティは観察されません。機能チャネルを形成するために別のタンパク質と結合する必要がある場合があります（類似性による）。カリウム2細孔ドメインチャネルサブファミリーK0.677 NEMF
核外輸送メディエーター因子NEMF; プロテアソーム分解のための不完全に合成された新生鎖のユビキチン化と抽出を仲介するリボソーム関連複合体であるリボソーム品質管理複合体（RQC）の成分。NEMFは、露出した新生鎖結合tRNA部分を認識することにより、失速した60Sサブユニットの選択的認識を担っています。NEMFは、LTN1を複合体に安定して関連付けるために重要です。核外輸送において間接的に役割を果たす可能性がある0.572 TRIM68
E3ユビキチンタンパク質リガーゼTRIM68; ユビキチンE3リガーゼとして機能します。ユビキチンリガーゼ活性に応じて、アンドロゲン受容体（AR）のコアクチベーターとして機能します。薬指タンパク質0.559 VAV3
グアニンヌクレオチド交換因子VAV3; GTP結合タンパク質RhoA、RhoG、および程度は低いがRac1の交換因子。それらのGTPアーゼのヌクレオチドフリー状態に物理的に結合します。血管新生において重要な役割を果たします。リン酸化EPHA2によるその動員は、EFNA1によって誘導されるRAC1 GTPaseの活性化と血管内皮細胞の遊走および集合に重要です（類似性による）。少なくとも一部の細胞型では、インテグリンを介したシグナル伝達に重要である可能性が破骨細胞では、SYKチロシンキナーゼとともに、インテグリンα-v/β-1（ITAGV-ITGB1）を介したシグナル伝達に必要であり、0.522 WBSCR17
ポリペプチドN-アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ17; O-結合型オリゴ糖生合成の初期反応、N-アセチル-D-ガラクトサミン残基のタンパク質受容体上のセリンまたはスレオニン残基への転移を触媒する可能性があります0.685 ZNF562
ジンクフィンガータンパク質562; 転写調節に関与している可能性がジンクフィンガーC2H2タイプ
0.658
実験データ
Cdcc169は、さまざまな組織発現実験で使用されています。組織発現の中間範囲での遺伝子発現が遺伝子の機能に強力な手がかりを与えることができることを示すために、さまざまな組織で1つの研究が行われました。この研究は、12の代表的な正常なヒト組織における62，839のプローブセットのセットをカバーして分析しました。 0はハウスキーピング遺伝子を表し、1は組織特異的遺伝子を表します。CCDC 169は、ハウスキーピング遺伝子型の発現がないことがわかりました。それは組織特異的であり、前立腺に現れました。
35の異なる組織タイプを表す115のヒト組織サンプルにおける遺伝子発現の体系的な調査。この研究では、約26，000の異なるヒト遺伝子を表すcDNAマイクロアレイを使用しました。この研究には、精巣で強い陽性発現を示したCcdc169が含まれていました。この研究の目標は、病変組織を特定し、組織特異的発現を示す遺伝子を調べるのに役立つベースラインを見つけることと、それらを臓器の病変組織や損傷組織を検出するためのマーカーとして使用する方法を見つけることでした。抗がん療法に使用できます。
参考文献
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