C14orf80 – 日本語百科事典辞書

C14orf80

特徴のないタンパク質C14orf80は、ヒトでは第14染色体のオープンリーディングフレーム80であるC14orf80遺伝子によってコードされているタンパク質です。

コンテンツ
1 遺伝子
1.1 位置 1.2 バリアント 1.3 表現
2 相同性
2.1 パラログ 2.2 オーソログ 2.3 進化率
3 タンパク質
3.1 一般的なプロパティ 3.2 構成 3.3 二次構造 3.43.4 関数
3.4.1 ドメイン
3.5 翻訳後修飾 3.6 細胞内の位置 3.7 相互作用 3.8 臨床的な意義
4 参考文献
遺伝子編集

位置
C14orf80は、105，489，855bpで始まり105，499，248bpで終わる染色体14（14q32.33）にC14orf80は9，393塩基対の長さで、11個のエクソンが含まれており、選択的スプライシングによってさまざまなmRNAバリアントを形成できます。

バリアント
C14orf80の転写により、19のmRNAスプライスバリアントが生成されます。これらの19の変異体のうち6つだけがタンパク質をコードしないと予測されています。実験的に発見されたmRNA変異体のうち、最も長いものは1，719塩基対であり、426アミノ酸のタンパク質を生成します。

表現
C14orf80は、77種類の組織と100の発生段階で発現することが確認されています。正常組織と比較して、膵臓がんおよび前立腺がん細胞のいくつかの症例でより高いレベルの発現があることも確認されています。

さまざまな組織でのC14orf80の発現

相同性

パラログ
C14orf80のパラログはありません。

オーソログ
NCBIのBLASTプログラムを使用して、C14orf80のオルソログは霊長目から無脊椎動物までの範囲であることがわかりました。以下は、これらのさまざまなオルソログを含む表です。
種族
一般名
受入番号
分岐日
シーケンス長（AA）
シーケンスの類似性
ホモサピエンス
人間NP_001128347 0 mya 426 100％ Chlorocebus sabaeus
ミドリザルXP_007986247 29 mya 424 94％ Ictidomys tridecemlineatus
ジュウサンセンジリス XP_005334680 92.3 mya426 80％
ボスタウルス牛 XP_003585026
94.2 mya419 78％
ドブネズミ
ドブネズミ XP_002726827 92.3 mya420 76％ Zonotrichia albicollis
ノドジロシトウXP_005493655 296 mya 454 53％
スッポン
スッポンXP_006137260 296 mya 404 51％
ネッタイツメガエル
熱帯ツメガエル XP_002935771 371.2 mya437 50％
ダニオレリオ
ゼブラフィッシュ XP_706561 400.1 mya452 41％ Camponotus floridanus
フロリダの大工アリ XP_011255960 782.7 mya 374 38％

進化率
ゆっくりと進化するシトクロムC遺伝子と速く進化するフィブリノーゲン遺伝子と比較すると、遺伝子C14orf80も速く進化しています。

3つの異なる遺伝子が何百万年にもわたってどれほど速く進化したかを示しています。

タンパク質

一般的なプロパティ
特徴のないタンパク質C14orf80は、長さが426アミノ酸で、分子量は47kDaです。その等電点は8.9です。

C14orf80アミノ酸配列

構成

特徴のないタンパク質C14orf80のアミノ酸組成。

二次構造
特徴のないタンパク質C14orf80は、完全にアルファヘリックスで構成されていると予測されています。プログラムSOUSI-signalを使用して、特性化されていないタンパク質C14orf80はシグナルペプチドを含まず、可溶性タンパク質であると予測されました。

関数

ドメイン
特徴のないタンパク質C14orf80には2つの機能ドメインが最初のドメインは不明な機能4509のドメインであり、2番目のドメインは不明な機能4510のドメインです。名前が示すように、これらのドメインの機能はまだ不明です。
DUF4509はアミノ酸45からアミノ酸228に位置しています。この未知の機能のドメインには、保存されたWLL配列モチーフが
DUF4510はアミノ酸263からアミノ酸425に位置しています。この未知の機能のドメインには、LEAとWMDの2つの保存された配列モチーフが

翻訳後修飾
特徴のないタンパク質C14orf80は、翻訳後修飾のための糖化およびリン酸化部位を持っていると予測されています。これらのサイトのうち、3つは糖化用、8つはセリンリン酸化用、1つはスレオニンリン酸化用です。

細胞内の位置
特徴のないタンパク質C14orf80は膜貫通タンパク質であるとは予測されこれは主にゴルジ装置に局在しますが、核や細胞質にも見られます。

相互作用
現在、特徴のないタンパク質C14orf80と相互作用すると予測される21のタンパク質がこれらの21のタンパク質は、データベースMentha、 BioGRID、 STRING、 GeneCards 、およびIntActを使用して検出されました。以下は、これら21種類のタンパク質のさまざまな表です。
相互作用するタンパク質
完全なタンパク質名
関数
引用 DDIT3 DNA損傷誘導性転写物3
小胞体ストレス時に細胞周期の停止とアポトーシスを誘導する CEBPZ CCAATエンハンサー結合タンパク質
HSP70プロモーターからの転写を刺激します UBC ユビキチンC FKBP5 FK506結合タンパク質
PPIaseを含むイムノフィリンタンパク質 DEF107A ベータディフェンシン107
抗菌作用 XAGE1D がん/精巣抗原ファミリー12メンバー1D TRAK2 タンパク質キネシン結合の輸送2
膜カーゴのエンドソームからリソソームへの輸送を調節する可能性がある NRF1 核呼吸因子1
呼吸サブユニットおよびミトコンドリアの転写および複製機構の構成要素をコードする核遺伝子の転写因子

臨床的な意義
特徴のないタンパク質C14orf80は、乳房、CNS、子宮内膜、大腸、肺、皮膚、胃の腫瘍に関連しています。

参考文献
^ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/283643 > ^ 「要約-ホモサピエンス-Ensemblゲノムブラウザ97」。
^ 「ホモサピエンスチューブリンイプシロンおよびデルタ複合体1（TEDC1）、転写変異体1、mRNA」。2018-12-04。
^ 「Bgee-遺伝子：C14orf80-ENSG00000185347-ホモサピエンス（ヒト）」。
^ 「ホーム-GEOプロファイル-NCBI」。
^ “TEDC1遺伝子-GeneCards | TEDC1タンパク質| TEDC1抗体”。
^ Altschul、SF; ギッシュ、W。; ミラー、W。; マイヤーズ、EW; リップマン、DJ（1990）。「基本的なローカルアラインメント検索ツール」。J.Mol。Biol。215（3）：403–410。土井：10.1006 /jmbi.1990.9999。PMID 2231712。 ^ Subramaniam、S（1998）。「生物学ワークベンチ-生物学者のためのシームレスなデータベースと分析環境」。タンパク質。32（1）：1–2。doi：10.1002 /（sici）1097-0134（19980701）32：1 <1 :: aid-prot1> 3.0.co; 2-q。PMID 9672036。 ^ Bjellqvist、B。; バッセ、B。; オルセン、E。; セリス、JE（1994）。「等電点がポリペプチド組成と相関するpHスケールで定義された異なるヒト細胞型からのタンパク質の2次元マップの比較のための参照点」。電気泳動。15（3–4）：529–539。土井：10.1002 /elps.1150150171。PMID 8055880。S2CID 25560231。 ^ Brendel、V。; Bucher、P。; Nourbakhsh、IR; ブライスデル、BE; Karlin、S。（1992）。「タンパク質配列の統計分析のための方法とアルゴリズム」。Proc。国立 Acad。科学。アメリカ。89（6）：2002–2006。Bibcode：1992PNAS … 89.2002B。土井：10.1073 /pnas.89.6.2002。PMC 48584。PMID 1549558。 ^ ゴミ、M。; 園山正明; ミタクS.（2004）。「シグナルペプチド予測のための高性能システム：SOSUIsignal」。Chem-Bio InformaticsJournal。4（4）：142–147。土井：10.1273 /cbij.4.142。
^ 「Pfam：ファミリ：DUF4509（PF14970）」。
^ 「Pfam：ファミリ：DUF4510（PF14971）」。
^ 「NetGlycate1.0サーバー」。
^ 「NetPhos3.1サーバー」。
^ 「細胞アトラス-C14orf80-ヒトタンパク質アトラス」。
^ カルデローネ、アルベルト; カスタニョーリ、ルイーザ; Cesareni、Gianni（2013）。「ハッカ：統合されたタンパク質相互作用ネットワークを閲覧するためのリソース」。ネイチャーメソッズ。10（8）：690–691。土井：10.1038 /nmeth.2561。PMID 23900247。S2CID 9733108。 ^ スターク、C; Breitkreutz、BJ; 定期的に、T; Boucher、L; Breitkreutz、A; Tyers、M（2006）。「Biogrid：相互作用データセットの一般的なリポジトリ」。核酸解像度。34（データベースの問題）：D535–9。土井：10.1093 / nar / gkj109。PMC 1347471。PMID 16381927。 ^ Szklarczyk D.、Franceschini A.、Wyder S.、Forslund K.、Heller D.、Huerta-Cepas J.、etal。。（2015）。STRING v10：生命の木に統合されたタンパク質間相互作用ネットワーク。Nuc。酸の解像度。43、D447〜D452。10.1093 / nar / gku1003 ^ Safran M、Dalah I、Alexander J、Rosen N、Iny Stein T、Shmoish M、Nativ N、Bahir I、Doniger T、Krug H、Sirota-Madi A、Olender T、Golan Y、Stelzer G、Harel A、Lancet D. GeneCardsバージョン3：ヒト遺伝子インテグレーター ^ 果樹園、S。; etal。（2014）。「MIntActプロジェクト—11の分子相互作用データベースの一般的なキュレーションプラットフォームとしてのIntAct」。核酸解像度。42（データベースの問題）：D358–D363。土井：10.1093 / nar / gkt1115。PMC 3965093。PMID 24234451。 ^ 人間オートファジーシステムのネットワーク組織。（Behrends C1、Sowa ME、Gygi SP、Harper JW。）
^ プロテアソームおよび脱ユビキチン酵素阻害後のタンパク質ユビキチン化のinvivo変化を定量化する方法（ND Udenshi et al）
^ 定量的シャペロン相互作用ネットワークは、細胞タンパク質ホメオスタシス経路のアーキテクチャを明らかにします（ミッコ・タイパレ、ジョージ・タッカー、ジャン・ペン、イリーナ・クリクバエワ、ジェン・ユアン・リン、ブレット・ラーセン、ヒョンウォン・チェ、ボニー・バーガー、アン・クロード・ギングラス、スーザン・リンドクイスト）
^ 炎症性乳がんの高解像度比較ゲノムハイブリダイゼーションと候補遺伝子の同定。（Bekhouche I1、Finetti P、AdelaïdeJ、Ferrari A、Tarpin C、Charafe-Jauffret E、Charpin C、Houvenaeghel G、Jacquemier J、Bidaut G、Birnbaum D、Viens P、Chaffanet M、Bertucci F.）
^ ヒトタンパク質コーディングクローンコレクションに由来する正規化された酵母ツーハイブリッドライブラリーの構築と特性評価。（DeGrado-Warren J1、Dufford M、Chen J、Bartel PL、Shattuck D、Frech GC）
^ アフィニティー精製質量分析によるヒューマンインタラクションネットワークのハイスループットプロテオミクスマッピング（Huttlin EL、Ting L、Bruckner RJ、Paulo JA、Gygi MP、Rad R、Kolippakkam D、Szpyt J、Zarraga G、Tam S、Gebreab F、 Colby G、Pontano-Vaites L、Obar RA、Guarani-Pereira V、Harris T、Artavanis-Tsakonas S、Sowa ME、Harper JW、Gygi SP）
^ ChIP-SeqベースのNRF1標的遺伝子の経路分析は、神経変性疾患の病因への関与の論理的仮説を示唆しています（佐藤淳一、川奈夏樹、山本陽二）
^ 「表現型-ホモサピエンス-Ensemblゲノムブラウザ97」。”