がんゲノムプロジェクト

Cancer_Genome_Project
がんゲノム プロジェクトは、英国のウェルカム トラスト サンガー研究所を拠点とするがん、老化、および体細胞突然変異研究の一部です。これは、ヒトの癌の発生に重要な配列バリアント/変異を特定することを目的としています。米国内のThe Cancer Genome Atlasプロジェクトと同様に、Cancer Genome Projectは、病気の分子基盤をよりよく理解することにより、がんの診断、治療、および予防を改善するためのがんとの戦いにおける取り組みを表しています。がんゲノム プロジェクトは、マイケル ストラットンによって開始されました。2000 年にピーター キャンベルがプロジェクトのグループ リーダーになりました。このプロジェクトは、ヒトゲノム配列の知識とハイスループット変異検出技術を組み合わせることを目的としています。
このプロジェクトは、国際がんゲノム コンソーシアムの範囲内で運営されており、他の参加組織や国と協力して、さまざまな種類のがんに存在するゲノム変化のデータベースを構築しています。プロジェクトによって収集された体細胞変異情報は、COSMICデータベースに配置できます。Wellcome Trust Sanger Institute のプロジェクトには現在、いくつかの内部パートナーがおり、それぞれがさまざまな種類の癌とさまざまな方法を利用した突然変異誘発に焦点を当てています。 研究は単なるシーケンシングを超えて、バイオインフォマティクスプログラムを利用して行われた治療バイオマーカーの発見を含みます。これらの発見の中には、薬物感受性バイオマーカーと阻害剤バイオマーカーがこれらの発見は、次世代シーケンシング技術への DNA シーケンシング技術の進化と相まって、潜在的な疾患治療において重要であり、癌患者のためのより個別化された医療につながる可能性さえ

コンテンツ
1 目標
2 パートナー
2.1 ガーネットグループ 2.2 ジャクソングループ 2.3 劉グループ 2.4 マクダーモット グループ 2.5 ニック・ザイナル・グループ 2.6 ヴァシリウ グループ 2.7 ヴォート グループ
3 リサーチ
4 こちらもご覧ください
5 外部リンク
6 参考文献

目標
このプロジェクトの目標は、さまざまながんゲノムの配列決定とカタログ化を支援することです。プロジェクトの内部パートナーは、単に配列を決定するだけでなく、がんの早期発見、より良い予防、患者の治療の改善のための独自の方法を決定するというプロジェクトの全体的な目標を支援するさまざまな重点分野を持っています。

パートナー
以下のグループは、ウェルカム トラスト サンガー研究所の内部パートナーであり、癌ゲノム プロジェクトに関与するラボと連携しており、それぞれが癌ゲノミクス、その他の疾患、および前述の両方の治療法の改善に関するさまざまな研究分野を実施しています。

ガーネットグループ
Garnett グループは、Mathew Garnett が率いています。彼らは、細胞の DNA の変化がどのように癌を引き起こすか、またこれが治療に対する患者の反応と潜在的な改善に関与することを明らかにすることにより、現在の癌治療を改善するために取り組んでいます。このグループが現在行っている研究には、薬物感受性のゲノミクス、がん細胞における合成致死依存性のマッピング、新世代のオルガノイドがんモデル、およびがん遺伝子機能を研究するための精密オルガノイド モデルが含まれます。

ジャクソングループ
ジャクソン グループはスティーブ ジャクソンが率いており、彼らの研究は、細胞がどのように DNA 損傷応答 (DDR) を利用して損傷した細胞 DNA を発見し修復するかに焦点を当てています。彼らが行っている研究は、がん、神経変性疾患、不妊症、免疫不全、早期老化など、DDR システムの機能喪失に起因する疾患を含む大きな意味を持っています。

劉グループ
Pentao Liu は Liu グループを率いており、マウスの遺伝学、ゲノミクス、細胞生物学を利用して、正常な細胞や組織の発生だけでなく、がんを含むさまざまな病気の細胞や組織の発生における遺伝子機能の役割を研究しています。このグループは、系統の選択、幹細胞の自己複製、および分化に大きな関心を寄せており、がんやその他の遺伝性疾患の早期発見、予防、および治療オプションに影響を与える可能性が

マクダーモット グループ
Ultan McDermott は McDermott Group を率いています。このグループは、次世代シーケンシング技術、遺伝子スクリーニング、バイオインフォマティクスを利用して、がんゲノムが患者の薬剤感受性と耐性に及ぼす影響に関する知識を高めています。使用されているさまざまな種類の遺伝子スクリーニングには、CRISPR、化学的突然変異誘発、およびRNAiが含まれます。このグループが重点的に取り組んでいる主な分野には、がんの薬理ゲノミクスと、がんにおける薬剤耐性の予備を構築するための遺伝子スクリーニングが含まれます。

ニック・ザイナル・グループ
Nik-Zainal グループのリーダーはSerena Nik-Zainalです。このグループは、計算手法を使用して体細胞における突然変異誘発の固有の特徴を特定し、DNA の突然変異が老化やがんにどのように寄与するかについての理解を深めるのに役立てています。より多くのがんゲノムが配列決定されるにつれて、グループが生成する情報はより堅牢なコレクションを含み、突然変異がどのようにしてさまざまな種類やサブタイプのがんにつながるかを理解できるようになります。

ヴァシリウ グループ
ヴァシリウ グループはジョージ ヴァシリウが率いており、血液がんに焦点を当てています。このグループは、患者の質と寿命を延ばす治療法を開発することを最終目標として、さまざまな遺伝子とその経路が血液がんの進化にどのように役立つかを研究しています。

ヴォート グループ
Thierry Voet が Voet グループを率いています。このグループは、単一細胞のゲノムバリアントとその転写された RNA を利用して、変異率、配偶子形成と胚形成におけるゲノムの不安定性、および健康と疾患に対する細胞の不均一性の影響を研究しています。

リサーチ
がんの発症につながる変異のメカニズムをよりよく理解するために、Nik-Zainal グループは、21 の異なる乳がんの体細胞変異のカタログ化を含む研究を実施しました。次に、グループは数学的方法を利用して、サンプリングされた各癌の健康な組織から病気の組織への進化につながる根底にあるプロセスの固有の突然変異シグネチャを決定するのに役立ちました. その結果、突然変異には、識別可能ないくつかの単一および二重ヌクレオチド置換が含まれていることが示されました。各がんに固有の変異により、21 のサンプルをがんの種類とサブタイプに基づいて分類することができ、変異と結果として生じるがんの種類との関係が示されました。このグループはこれらの変異を特定できたものの、その原因となった根本的なメカニズムを特定することはできませんでした。
マクダーモットのグループは、他の研究室と協力して、予後不良の悪性度の高い癌である急性骨髄性白血病(AML) の新しい治療の可能性を見つけようと取り組みました。彼らは、CRISPRゲノムワイドスクリーニングツールを設計して、AML細胞での治療を受けやすいゲノム領域を特定することでこれを達成しました。この研究では、AML 細胞の機能に不可欠な 492 の遺伝子が特定され、治療の標的になりやすいことがわかりました。グループは、選択した遺伝子に対する遺伝的および薬理学的阻害によって得られた結果を検証しました。選択された遺伝子の 1 つであるKAT2Aの阻害は、いくつかの遺伝子型にわたって AML 細胞の増殖を抑制することができ、非がん細胞は損傷を受けません。この研究の結果は、さらに調査する必要がある AML のいくつかの有望な治療オプションを提案しています。

こちらもご覧ください
がんゲノム配列決定
国立がん研究所のがんゲノムアトラスとがんゲノム解剖プロジェクト。
国際がんゲノムコンソーシアム
COSMICがんデータベース

外部リンク
COSMIC ウェブサイト
フランシス・S・コリンズとアンナ・D・バーカー。「がんゲノムのマッピング」。サイエンティフィック アメリカン、2007 年 2 月
がんゲノムプロジェクトのウェブサイト
国際がんゲノムコンソーシアムのウェブサイト

参考文献
^ http://www.sanger.ac.uk/research/faculty/pcampbell/ピーター・キャンベル ^ コベル、デビッド （2015). 「ゲノム バイオマーカー開発のためのデータ マイニング アプローチ: がんゲノム プロジェクトおよびがん細胞株百科事典からの薬物スクリーニング データを使用したアプリケーション」 . プロスワン。10 (7): e0127433. Bibcode : 2015PLoSO..1027433C . ドイ: 10.1371/journal.pone.0127433 . PMC  4489368 . PMID  26132924。
^「国立がん研究所、Cancer Research UK、ウェルカム トラスト サンガー研究所、Hubrecht Organoid Technology 財団は、Human Cancer Models Initiative で協力する予定です」。化学と産業。80 (7)。
^ガーネット、マシュー J.; エデルマン、エレナJ。Heidorn、Sonja J.; グリーンマン、クリス D.; Dastur、アナヒタ。ラウ、ワイ王。グレニンガー、パトリシア。トンプソン、I.リチャード。Luo、Xi （2012 年 3 月 29 日)。「がん細胞における薬物感受性のゲノムマーカーの系統的同定」 . 自然。483 (7391): 570–575. ビブコード: 2012Natur.483..570G . ドイ: 10.1038/nature11005 . ISSN  0028-0836 . PMC  3349233 . PMID  22460902。
^ガーネット、マシュー J.; マクダーモット、ウルタン （2012 年 3 月 1 日)。「がんの遺伝的複雑性を利用して治療戦略を改善する」 . 今日の創薬。がん発生に関する特集号。17 (5–6): 188–193. ドイ: 10.1016/j.drudis.2012.01.025 . PMC  3672976 . PMID  22342219。
^ヤン、ワンジュアン。ソアレス、ホルヘ。グレニンガー、パトリシア。エデルマン、エレナJ。ライトフット、ハワード。フォーブス、サイモン。ビンダル、ニディ; ベア、デイブ。スミス、ジェームズ A. （2013 年 1 月 1 日)。「がんにおける薬物感受性のゲノミクス (GDSC): がん細胞における治療バイオマーカー発見のためのリソース」 . 核酸研究。41 (D1): D955–D961. ドイ: 10.1093/nar/gks1111 . ISSN  0305-1048。PMC  3531057 . PMID  23180760。
^ジャクソン、スティーブン P.; Durocher、ダニエル （2013 年 3 月 7 日)。「ユビキチンと SUMO による DNA 損傷応答の調節」 . 分子細胞。49 (5): 795–807. ドイ: 10.1016/j.molcel.2013.01.017 . ISSN  1097-2765 . PMID  23416108。
^秦、ル。ライ、ユンシン; 趙、Ruocong; 魏、新留; ウェン、ジャンユ。ライ、ペイロン。Li、Baiheng。リン、シミオ; Wang， Suna （2017 年 1 月 1 日)。「ヒンジドメインの組み込みは、キメラ抗原受容体T細胞の拡大を改善します」 . 血液学および腫瘍学のジャーナル。10 (1): 68.ドイ: 10.1186/s13045-017-0437-8 . ISSN  1756-8722。PMC  5347831 . PMID  28288656。
^ ツェレピス、コンスタンティノス。小池遊佐、浩子; Braekeleer、Etienne De。李、一龍。メツァコピアン、エマノイユ。Dovey、オリバー M.; ムポ、アナリサ。Grinkevich、ヴェラ。李孟（2016）。「CRISPRドロップアウトスクリーニングは、急性骨髄性白血病の遺伝的脆弱性と治療標的を特定します」 . 細胞レポート。17 (4): 1193–1205。ドイ: 10.1016/j.celrep.2016.09.079 . PMC  5081405 . PMID  27760321。
^ ニック・ザイナル、セリーナ。アレクサンドロフ、リュドミル B.; ウェッジ、デビッドC.; ヴァン・ルー、ピーター。グリーンマン、クリストファー D.; レイン、ケイラン。ジョーンズ、デビッド。ヒントン、ジョナサン。マーシャル、ジョン （2012 年 5 月 25 日)。「21個の乳がんのゲノムを形成する突然変異プロセス」 . セル。149 (5): 979–993. ドイ: 10.1016/j.cell.2012.04.024 . PMC  3414841 . PMID  22608084。
^ウェーバー、ジュリア。オリンガー、ルパート。フリードリヒ、マティアス。エーマー、ウルスラ。バレンボイム、マキシム。シュタイガー、カチャ。ハイド、イリーナ。ミューラー、セバスチャン。Maresch、ローマ （2015 年 11 月 10 日)。「マウスにおける高スループット機能癌ゲノミクスのための CRISPR/Cas9 体細胞多重突然変異誘発」 . 米国科学アカデミーの議事録。112 (45): 13982–13987. ビブコード: 2015PNAS..11213982W . ドイ: 10.1073/pnas.1512392112 . ISSN  0027-8424。PMC  4653208 . PMID  26508638。
^ブルーイン、エルザ C. デ; マクグラナハン、ニコラス。ミッター、リチャード。サーム、マックス。ウェッジ、デビッドC.; イェイツ、ルーシー。ジャマル・ハンジャニ、マリアム。シャフィ、シーマ。ムルゲス、ニルパ （2014 年 10 月 10 日)。「ゲノム不安定性プロセスにおける空間的および時間的多様性が肺がんの進化を定義する」 . 科学。346 (6206): 251–256. Bibcode : 2014Sci…346..251D . ドイ: 10.1126/science.1253462 . ISSN  0036-8075 . PMC  4636050 . PMID  25301630。