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共通のワークフロー言語

Common_Workflow_Language

一般的なワークフロー言語(CWL)が標準である計算データ分析のワークフローを説明します。CWLの開発は、特にバイオインフォマティクス、医用画像、天文学、物理学、化学などのデータ集約型科学にサービスを提供することに重点を置いています。CWLの主な目標は、移植性があり、さまざまな計算環境で再現性のある方法で実行できるワークフローを作成できるようにすることです。
共通のワークフロー言語
共通ワークフロー言語標準
CWLロゴCWL
状態
公開済み
年が始まった
2014年7月10日 (2014-07-10)
最新バージョン
1.2 2020年8月7日 (2020-08-07)
関連規格
BioComputeオブジェクト
ライセンス
Apache 2.0
Webサイト
commonwl .org
CWLは、2014年に、Open Bioinformatics Foundation BOSC 2014で、Peter Amstutz、John Chilton、NebojšaTijanić、Michael R. Crusoe(当時はそれぞれの所属はGalaxy、Arvados、Seven Bridges、Michigan State University)の間で行われた議論に端を発しています。 codefest。
CWLは、Apache Airflow(CWL- Airflow 経由)、Arvados、Rabix、 Cromwellワークフローエンジン、Toil、REANA- IBM SpectrumLSF用の再利用可能な分析およびCWLEXECなどの複数の分析ランナーおよびプラットフォームによってサポートされます。 2017年には、バイオインフォマティクスパイプライン開発の将来のトレンドの1つとして特定されました。現在、Pegasus やGalaxyなどのいくつかの追加の分析環境がCWLのサポートを実装しています。

可用性
CWLプロジェクトは、組織と個人の両方で構成される複数の利害関係者のワーキンググループです。Software Freedom Conservancyのメンバープロジェクトであり、寛容なApache License2.0の下でGitHubリポジトリを介して自由に利用できるCWL標準を公開しています。

参考文献
^ ピーター、アムスタッツ; R.、クルーソー、マイケル; Nebojša、Tijanić; ブラッド、チャップマン; ジョン、チルトン; マイケル、ホイアー; アンドレイ、カルタショフ; ダン、リーア; Hervé、Ménager(2016-07-08)。「共通ワークフロー言語、v1.0」。Figshare。土井:10.6804 /m9.figshare.3115156.v2。
^ ライプツィヒ、ジェレミー(2017-05-01)。「バイオインフォマティクスパイプラインフレームワークのレビュー」。バイオインフォマティクスのブリーフィング。18(3):530–536。土井:10.1093 / bib / bbw020。ISSN 1467から5463まで。PMC 5429012。PMID 27013646。
   
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^ 「CWLの実装」。共通ワークフロー言語(CWL)。
^ バルスキ、アルテム; Kartashov、Andrey V。; Kotliar、Michael(2019-07-01)。「CWL-Airflow:共通ワークフロー言語をサポートする軽量パイプラインマネージャー」。GigaScience。8(7)。土井:10.1093 / gigascience / giz084。PMC 6639121。PMID 31321430。
  
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 978-981-320-780-6。PMC  5166558。PMID  27896971。
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^ クルーソー、マイケルR。; アベルン、サンネ; Iosup、Alexandru; Amstutz、Peter; チルトン、ジョン; Tijanić、Nebojša; Ménager、Hervé; Soiland-Reyes、Stian; Gavrilović、Bogdan; ゴーブル、キャロル; CWLコミュニティ(2021年8月4日)。「含まれる方法:共通のワークフロー言語による計算の再利用と移植性の標準化」。ACMの通信。arXiv:2105.07028。doi:10.1145 / 3486897(非アクティブ2021-11-11)。
CS1 maint:2021年11月の時点でDOIは非アクティブです(リンク)

外部リンク
CWLv1.0仕様DOI
CWLのWebサイト
CWLGitHubリポジトリ
ICT標準化のためのEU天文台へのCWLエントリー

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