DAVID – 日本の辞書

DAVID

その他の使用法については、
Davidを参照して
DAVID（注釈、視覚化、統合された発見のためのデータベース）は、免疫病原性およびバイオインフォマティクス研究所（LIB ）によって開発された無料のオンラインバイオインフォマティクスリソースです。 DAVID Bioinformatics Resourcesのすべてのツールは、マイクロアレイやプロテオミクス研究などのゲノム研究に由来する遺伝子の大規模なリストの機能的解釈を提供することを目的としています。DAVIDはhttps://david.ncifcrf.gov/で見つけることができます
DAVIDバイオインフォマティクスリソース
安定リリース
6.8 / 2016年10月 ; 5年前（2016-10）
タイプ
バイオインフォマティクス
ライセンス
フリーウェア
Webサイト
david .ncifcrf .gov
DAVIDバイオインフォマティクスリソースは、DAVIDナレッジベースと5つの統合されたWebベースの機能アノテーションツールスイートで構成されています：DAVID遺伝子機能分類ツール、DAVID機能アノテーションツール、DAVID遺伝子ID変換ツール、DAVID遺伝子名ビューアおよびDAVID NIAID病原体ゲノムブラウザ。拡張されたDAVIDナレッジベースは、DAVID Gene Conceptによって一元化された、ほとんどすべての主要で有名なパブリックバイオインフォマティクスリソースを統合します。これは、さまざまなパブリックバイオインフォマティクスデータベースから数千万の多様な遺伝子/タンパク質識別子と注釈用語を集約する単一リンク方式です。アップロードされた遺伝子リストについて、DAVIDリソースは、典型的な遺伝子用語濃縮分析だけでなく、ユーザーが大きな遺伝子リストを遺伝子機能グループに凝縮し、遺伝子/タンパク質識別子間で変換し、多くを視覚化できる新しいツールと機能も提供します。遺伝子と多用語の関係、冗長で異種の用語をグループにまとめ、興味のある関連する遺伝子または用語を検索し、バイオパスウェイのリストから遺伝子を動的に表示します。
DAVID6.8は2016年10月にリリースされました。

機能性
DAVIDは、研究者が遺伝子の大規模なリストの背後にある生物学的意味を理解するための機能アノテーションツールの包括的なセットを提供します。任意の遺伝子リストについて、DAVIDツールは次のことができます。
豊富な生物学的テーマ、特にGO用語を特定する
豊富な機能関連遺伝子グループを発見する
クラスターの冗長な注釈用語
BioCarta＆KEGGパスウェイマップで遺伝子を視覚化する
関連する多遺伝子から多用語を2次元ビューで表示します。
リストにない他の機能的に関連する遺伝子を検索する
相互作用するタンパク質のリスト
遺伝子名をバッチで探索する
遺伝子と疾患の関連をリンクする
タンパク質の機能ドメインとモチーフを強調する
関連文献にリダイレクトする
遺伝子識別子をあるタイプから別のタイプに変換します。

外部リンク
https://david-d.ncifcrf.gov/
165種の植物GOアノテーションとGO濃縮分析

参考文献
^ http://david.abcc.ncifcrf.gov/ease/EASELicense.htm ^ Huang DW、Lempicki RA（2009）。「DAVIDバイオインフォマティクスリソースを使用した大規模な遺伝子リストの体系的かつ統合的な分析」。ネイチャープロトコル。4（1）：44–57。土井：10.1038 /nprot.2008.211。PMID19131956 。_ S2CID10418677 。_ ^ Sherman BT、Huang DW、Tan Q、Guo Y、Bour S、Liu D、Stephens R、Baseler MW、Lane HC、Lempicki RA（2007）。「DAVIDナレッジベース：ハイスループット遺伝子機能分析を容易にするために異種遺伝子注釈リソースを統合する遺伝子中心のデータベース」。BMCバイオインフォマティクス。8：426。doi：10.1186 / 1471-2105-8-426。PMC2186358。_ PMID17980028。_ ^ Huang DW、Sherman BT、Tan Q、Collins JR、Alvord WG、Roayaei J、Stephens R、Baseler MW、Lane HC、Lempicki RA（2007）。「DAVID遺伝子機能分類ツール：大きな遺伝子リストを機能的に分析するための新しい生物学的モジュール中心のアルゴリズム」。ゲノムバイオロジー。8（9）：R183。土井：10.1186 / gb-2007-8-9-r183。PMC2375021。_ PMID17784955。_ ^ Huang Da、HC; シャーマン、BT; タン、Q; キル、J; 劉、D; ブライアント、D; 郭、Y; スティーブンス、R; etal。（2007）。「DAVIDバイオインフォマティクスリソース：大規模な遺伝子リストから生物学をより適切に抽出するための拡張された注釈データベースと新しいアルゴリズム」。核酸研究。35（Webサーバーの問題）：W169–75。土井：10.1093 / nar / gkm415。PMC1933169。_ PMID17576678。_ ^ ホサック; デニスジュニア、G; シャーマン、BT; レーン、HC; Lempicki、RA（2003）。「EASEを使用して遺伝子リスト内の生物学的テーマを特定する」。ゲノム生物学。4（10）：R70。土井：10.1186 / gb-2003-4-10-r70。PMC328459。_ PMID14519205。_ ^ デニスジュニア; シャーマン、BT; ホサック、DA; ヤン、J; Gao、W; レーン、HC; Lempicki、RA（2003）。「DAVID：注釈、視覚化、および統合された発見のためのデータベース」。ゲノム生物学。4（5）：P3。土井：10.1186 / gb-2003-4-5-p3。PMID12734009。_ ^ リリースおよびバージョン情報、DAVIDバイオインフォマティクスリソース。