DDB2

DDB2
DNA損傷結合タンパク質2は、ヒトではDDB2遺伝子によってコードされるタンパク質です。 DDB2 利用可能な構造 PDB オーソログ検索：PDBe RCSB
PDBIDコードのリスト
3EI4、3I7L、4E54、4E5Z _ _ _ _
識別子
エイリアス
DDB2、DDBB、UV-XPE、損傷特異的DNA結合タンパク質2
外部ID
OMIM：600811 MGI：1355314 HomoloGene：83 GeneCards：DDB2
遺伝子の位置（ヒト） Chr。 11番染色体（ヒト）
バンド 11p11.2 始める
47，214，465 bp
終わり
47，239，217 bp
RNA発現パターン Bgee トップ表現
膵臓の体
その他の参照発現データ BioGPS その他の参照発現データ
遺伝子オントロジー
分子機能
DNA結合
ユビキチン-タンパク質トランスフェラーゼ活性
GO：0001948タンパク質結合
損傷したDNA結合
GO：0032403タンパク質含有複合体結合
細胞成分
核質
細胞結合
Cul4B-RINGE3ユビキチンリガーゼ複合体 核 Cul4-RINGE3ユビキチンリガーゼ複合体
タンパク質含有複合体
生物学的プロセス
ヌクレオチド除去修復
ピリミジン二量体の修復
ヌクレオチド除去修復、DNA損傷認識
ヒストンH2Aモノユビキチン化
タンパク質ポリユビキチン化
DNA損傷刺激に対する細胞応答
グローバルゲノムヌクレオチド除去修復
タンパク質のユビキチン化
ヌクレオチド除去修復、DNA切開
UVダメージ除去修復
UVへの応答
DNA修復
タンパク質の自己ユビキチン化
ヌクレオチド-切除修復、DNA切開、5′-病変まで
ヌクレオチド切除修復、切開前複合体の安定化
ヌクレオチド除去修復、切開前複合体アセンブリ
タンパク質の脱ユビキチン化
翻訳後タンパク質修飾
UV-Bへの応答
ヌクレオチド切除修復、DNA二重巻き戻し
ヌクレオチド-切除修復、DNA切開、3′-病変へ
出典：Amigo / QuickGO
オーソログ
種族
人間
ねずみEntrez 1643年 107986 Ensembl ENSG00000134574 ENSMUSG00000002109 UniProtQ92466 Q99J79
RefSeq（mRNA）NM_000107 NM_001300734 NM_028119 NM_001362705
RefSeq（タンパク質）NP_000098 NP_001287663 NP_082395 NP_001349634
場所（UCSC）
Chr 11：47.21 – 47.24 Mb
該当なし
PubMed検索
ウィキデータ

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コンテンツ
1 構造
2 人間の欠乏
3 関数
3.1 損傷したDNAへの結合 3.2 クロマチンリモデリング 3.3 その他の機能
4 参考文献
5 参考文献
6 外部リンク

構造
Rapić-Otrinらによって示されているように。2003年、 DDB2遺伝子はヒト染色体11p11.2に位置し、約24〜26 kbの領域にまたがり、10個のエクソンを含みます。DDB2タンパク質には、2番目のエクソンの下流に配置された5つの推定WD40リピート（互いに相互作用できる約40アミノ酸の配列）が含まれています。DDB2で同定されたWD40モチーフは、クロマチンタンパク質の認識に関与するタンパク質の特徴です。DDB2（48 kDa分子量タンパク質）のC末端領域は、DDB1（より大きな127 kDaタンパク質）への結合に不可欠です。一緒に、2つのタンパク質はUV損傷を受けたDNA結合タンパク質複合体（UV-DDB）を形成します。

人間の欠乏
人間がDDB2遺伝子の各コピーに突然変異を持っている場合、これはXPEと呼ばれる色素性乾皮症の軽度の形態を引き起こします。 XPEグループの患者は、軽度の皮膚症状を示し、神経学的に影響を受けません。DDB2遺伝子の変異は、 DNAのヌクレオチド除去修復の欠陥を引き起こします。この欠陥も軽度であり、他のXP遺伝子XPA、XBP、XPC、XPD、XPF、およびXPGに欠陥のある細胞の感度と比較して、通常の修復能力の40〜60％とUV光に対する適度な感度を示します。

関数

損傷したDNAへの結合
Wittschieben et al。が示すように、DDB2がDDB1と複合体を形成し、ヘテロダイマーDDBを形成すると、この複合体は1種類のUV光誘導光生成物を含むDNAに強く結合します。脱塩基部位を持つDNA、共有結合病変のないミスマッチを含むDNA、およびミスマッチと病変の両方を含む「複合」病変。ヘテロダイマーDDBは、別のUV光誘導光生成物（シクロブタンピリミジンダイマー）を含むDNAに中程度の強度で結合し、DNA損傷のないDNAに弱く結合します。XP-E患者に見られるように、DDB2サブユニットにアミノ酸置換を含むヘテロダイマーDDB複合体は、損傷したDNAへの結合が非常に不足しているため、ヘテロダイマーのDDB2コンポーネントには損傷したDNAへの結合に対する特異性が含まれています。DDB1とDDB2は、それぞれ単独で作用し、DNAに結合しません。

クロマチンリモデリング
真核生物のDNAをクロマチンにパッケージ化することは、酵素の作用部位への動員を必要とするすべてのDNAベースのプロセスに対する障壁となります。DNA修復の重要な細胞プロセスを可能にするには、クロマチンを緩和する必要が
DDB2は、DDB1とのヘテロ二量体複合体であり、さらにユビキチンリガーゼタンパク質CUL4A およびPARP1 と複合体を形成し、クロマチン内のUV誘発性損傷と急速に結合し、最大結合の半分が40秒で完了します。 DDB1とDDB2の両方に結合したPARP1タンパク質は、DNAリモデリングタンパク質ALC1を引き付けるDDB2上でPARylates（ポリADPリボース鎖を作成）します。 ALC1の作用は、DNAへのUV損傷部位のクロマチンを緩和します。この緩和により、ヌクレオチド除去修復経路の他のタンパク質がクロマチンに入り、UVによって誘発されたシクロブタンピリミジン二量体の存在によって損傷を受けたDNAを修復することができます。

その他の機能
2015年、Zhu etal。は、DDB2がヒストンデアセチラーゼ1および2とのDDB2相互作用を介してUV誘発DNA損傷後、ヒストンH3（H3K56Ac）のリジン56のアセチル化をダウンレギュレートすることを示しました。ヒストン。
2016年、Zou etal。は、細胞が電離放射線にさらされた後、DDB2が細胞周期の停止と相同組換えDNA修復に関与していることを示しました。
2016年、Christmann etal。は、発がん性のベンゾ（a）ピレン代謝物BPDEへの細胞の曝露が、DDB2の迅速かつ持続的なアップレギュレーションを引き起こすことを示しました。これは、DNAからのBPDE付加物の除去の強化に貢献しました。
2017年、Fantini etal。は、DDB2がXRCC5およびXRCC6 （ Kuヘテロダイマーを構成するKu80およびKu70としても知られている）と関連して、転写活性を持っていることを示しました。転写に対するDDB2 / Kuの影響は、非相同末端結合DNA修復におけるKuヘテロダイマーの作用とは別のものです。

参考文献
^ GRCh38：Ensemblリリース89：ENSG00000134574 – Ensembl、2017年5月
^ 「HumanPubMedリファレンス：」。国立バイオテクノロジー情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウスPubMedリファレンス：」。国立バイオテクノロジー情報センター、米国国立医学図書館。
^ Keeney S、Chang GJ、Linn S（1993年10月）。「色素性乾皮症Eに関与するヒトDNA損傷結合タンパク質の特性評価」。Journal of BiologicalChemistry。268（28）：21293–300。PMID8407967。_
^ Dualan R、Brody T、Keeney S、Nichols AF、Admon A、Linn S（1995年9月）。「ヒト損傷特異的DNA結合タンパク質のp127およびp48サブユニットの遺伝子（DDB1およびDDB2）の染色体局在化およびcDNAクローニング」。ゲノミクス。29（1）：62–9。土井：10.1006 /geno.1995.1215。PMID8530102。_
^ abRapić -OtrinV 、 Navazza V、Nardo T、Botta E、McLenigan M、Bisi DC、Levine AS、Stefanini M。「真のXPグループEの患者は、UV損傷を受けたDNA結合タンパク質複合体に欠陥があり、DDB2に変異があり、p48製品の機能ドメインが明らかになっています」。人間の分子遺伝学。12（13）：1507–22。土井：10.1093 / hmg / ddg174。PMID12812979。_
^ Rapić-OtrinV、McLenigan MP、Bisi DC、Gonzalez M、Levine AS。「UV照射後の初期のイベントとしてのUVDNA損傷結合因子の連続的結合とp48サブユニットの分解」。核酸研究。30（11）：2588–98。土井：10.1093 / nar /30.11.258。PMC117178。_ PMID12034848。_
  
^ RapićOtrinV、Kuraoka I、Nardo T、McLenigan M、Eker AP、Stefanini M、Levine AS、Wood RD（1998年6月）。「色素性乾皮症グループEのDNA修復欠陥とクロマチンおよびDNA結合タンパク質UV-DDBおよび複製タンパク質Aとの関係」。分子生物学および細胞生物学。18（6）：3182–90。土井：10.1128 /mcb.18.6.3182。PMC108900。_ PMID9584159。_
  
^ WittschiebenBØ、Iwai S、Wood RD。「DDB1-DDB2（色素性乾皮症グループE）タンパク質複合体は、シクロブタンピリミジン二量体、ミスマッチ、アプリン/アピリミジン部位、およびDNAの複合病変を認識します」。Journal of BiologicalChemistry。280（48）：39982–9。土井：10.1074 /jbc.M507854200。PMID16223728。_
^ Luijsterburg MS、Goedhart J、Moser J、Kool H、Geverts B、Houtsmuller AB、Mullenders LH、Vermeulen W、van Driel R。「DDB2E3ユビキチンリガーゼとUV損傷を受けたDNAとの動的なinvivo相互作用は、損傷認識タンパク質XPCとは無関係です」。細胞科学ジャーナル。120（Pt 15）：2706–16。土井：10.1242 /jcs.008367。PMID17635991。_
^ Pines A、Vrouwe MG、Marteijn JA、Typas D、Luijsterburg MS、Cansoy M、Hensbergen P、Deelder A、de Groot A、Matsumoto S、Sugasawa K、Thoma N、Vermeulen W、Vrieling H、Mullenders L（10月2012）。「PARP1は、DDB2の安定化とALC1の動員を通じてヌクレオチド除去修復を促進します」。細胞生物学ジャーナル。199（2）：235–49。土井：10.1083 /jcb.201112132。PMC3471223。_ PMID23045548。_
  
^ Zhu Q、Battu A、Ray A、Wani G、Qian J、He J、Wang QE、Wani AA。「損傷したDNA結合タンパク質は、ヒストンデアセチラーゼ1および2を介してエピジェネティックマークH3K56Acをダウンレギュレートします」。突然変異研究。776：16–23。土井：10.1016 /j.mrfmmm.2015.01.005。PMC5053336。_ PMID26255936。_
  
^ Zou N、Xie G、Cui T、Srivastava AK、Qu M、Yang L、Wei S、Zheng Y、Wang QE。「DDB2は、DNA損傷応答を強化することにより、NSCLC細胞の放射線耐性を高めます」。腫瘍生物学。37（10）：14183–14191。土井：10.1007 / s13277-016-5203-y。PMC6528175。_ PMID27553023。_
  
^ Christmann M、Boisseau C、Kitzinger R、Berac C、Allmann S、Sommer T、Aasland D、Kaina B、Tomicic MT。「ベンゾ（a）ピレンジオールエポキシドに続くDNA修復遺伝子の適応的アップレギュレーションは、突然変異を犠牲にして細胞死を防ぎます」。核酸研究。44（22）：10727–10743。土井：10.1093 / nar / gkw873。PMC5159553。_ PMID27694624。_
  
^ Fantini D、Huang S、Asara JM、Bagchi S、Raychaudhuri P。「DNA損傷がない場合のXRCC5 / 6のクロマチン結合は、XPE遺伝子産物DDB2に依存します」。細胞の分子生物学。28（1）：192–200。土井：10.1091 /mbc.E16-08-0573。PMC5221623。_ PMID28035050。_
  

参考文献
El-Deiry WS（2003）。「BRCA1による修復遺伝子のトランス活性化」。がんの生物学と治療。1（5）：490–1。土井：10.4161 /cbt.1.5.162。PMID12496474 。_
Qian YW、Wang YC、Hollingsworth RE、Jones D、Ling N、Lee EY（1993年8月）。「酵母におけるRasの負の調節因子に関連する網膜芽細胞腫結合タンパク質」。自然。364（6438）：648–52。土井：10.1038 / 364648a0。PMID8350924 。_ S2CID4303062 。_
Taunton J、Hassig CA、Schreiber SL（1996年4月）。「酵母の転写調節因子Rpd3pに関連する哺乳類のヒストンデアセチラーゼ」。科学。272（5260）：408–11。土井：10.1126 /science.272.5260.408。PMID8602529 。_ S2CID25717734 。_
Nichols AF、Ong P、Linn S（1996年10月）。「色素性乾皮症グループEDdb-表現型に特有の突然変異」。Journal of BiologicalChemistry。271（40）：24317–20。土井：10.1074 /jbc.271.40.24317。PMID8798680 。_
Hayes S、Shiyanov P、Chen X、Raychaudhuri P（1998年1月）。「推定上のDNA修復タンパク質であるDDBは、E2F1の転写パートナーとして機能することができます。分子生物学および細胞生物学。18（1）：240–9。土井：10.1128 /mcb.18.1.240。PMC121483 。_ PMID9418871 。_
Martinez E、Palhan VB、Tjernberg A、Lymar ES、Gamper AM、Kundu TK、Chait BT、Roeder RG。「ヒトSTAGA複合体は、invivoでプレmRNAスプライシングおよびDNA損傷結合因子と相互作用するクロマチンアセチル化転写コアクチベーターです」。分子生物学および細胞生物学。21（20）：6782–95。土井：10.1128 /MCB.21.20.6782-6795.2001。PMC99856 。_ PMID11564863 。_
Chen X、Zhang Y、Douglas L、Zhou P。「UV損傷を受けたDNA結合タンパク質は、CUL-4Aを介したユビキチン化と分解の標的です」。Journal of BiologicalChemistry。276（51）：48175–82。土井：10.1074 /jbc.M106808200。PMID11673459 。_
Sun NK、Kamarajan P、Huang H、Chao CC。「損傷したDNA結合タンパク質2（DDB2）のアンチセンスを介した枯渇によるUV耐性HeLa細胞のUV感受性の回復」。FEBSレター。512（1–3）：168–72。土井：10.1016 / S0014-5793（02）02250-0。PMID11852074 。_ S2CID25816763 。_
タンT、チューG。「p53は、マウスではなくヒトの色素性乾皮症DDB2遺伝子に結合して活性化します」。分子生物学および細胞生物学。22（10）：3247–54。土井：10.1128 /MCB.22.10.3247-3254.2002。PMC133779 。_ PMID11971958 。_
Rapić-OtrinV、McLenigan MP、Bisi DC、Gonzalez M、Levine AS。「UV照射後の初期のイベントとしてのUVDNA損傷結合因子の連続的結合とp48サブユニットの分解」。核酸研究。30（11）：2588–98。土井：10.1093 / nar /30.11.258。PMC117178 。_ PMID12034848 。_
ベルガメッティF、シッターリンD、トランシーC。「B型肝炎ウイルスXタンパク質の代謝回転は、損傷したDNA結合複合体によって調節されています」。ウイルス学ジャーナル。76（13）：6495–501。土井：10.1128 /JVI.76.13.6495-6501.2002。PMC136256 。_ PMID12050362 。_
Bontron S、Lin-Marq N、Strubin M。「UV-DDB1に関連するB型肝炎ウイルスXタンパク質は、核内で細胞死を誘発し、UV-DDB2によって機能的に拮抗されます」。Journal of BiologicalChemistry。277（41）：38847–54。土井：10.1074 /jbc.M205722200。PMID12151405 。_
Sun NK、Lu HP、Chao CC。「損傷したDNA結合タンパク質2（DDB2）の過剰発現は、ハムスターV79細胞のUV耐性を増強します」。Chang Gung MedicalJournal。25（11）：723–33。PMID12553360 。_
Groisman R、Polanowska J、Kuraoka I、Sawada J、Saijo M、Drapkin R、Kisselev AF、Tanaka K、Nakatani Y。「DDB2およびCSA複合体のユビキチンリガーゼ活性は、DNA損傷に応答してCOP9シグナロソームによって特異的に調節されます」。セル。113（3）：357–67。土井：10.1016 / S0092-8674（03）00316-7。PMID12732143 。_ S2CID11639677 。_
Rapić-OtrinV、Navazza V、Nardo T、Botta E、McLenigan M、Bisi DC、Levine AS、Stefanini M。「真のXPグループEの患者は、UV損傷を受けたDNA結合タンパク質複合体に欠陥があり、DDB2に変異があり、p48製品の機能ドメインが明らかになっています」。人間の分子遺伝学。12（13）：1507–22。土井：10.1093 / hmg / ddg174。PMID12812979 。_
Fitch ME、Nakajima S、Yasui A、Ford JM。「DDB2遺伝子産物によるUV誘発シクロブタンピリミジン二量体へのXPCのinvivoでの動員」。Journal of BiologicalChemistry。278（47）：46906–10。土井：10.1074 /jbc.M307254200。PMID12944386 。_

外部リンク
色素性乾皮症に関するGeneReviews / NIH / NCBI / UWエントリ