DEAD_box
DEADボックスタンパク質は、通常RNAが関与するさまざまな代謝プロセスに関与しますが、場合によっては他の核酸にも関与します。それらは9つのモチーフで高度に保存されており、すべてではありませんが、ほとんどの原核生物と真核生物に見られます。人間を含む多くの生物は、RNA代謝に関与するDEADボックス（SF2）ヘリカーゼを含んでいます。
DEAD / DEAHボックスヘリカーゼ
酵母開始因子4Aのアミノ末端ドメインの構造。PDB 1qva 識別子
シンボル
死Pfam F00270
Pfam氏族L0023 InterPro PR011545 PROSITE DOC00039 SCOP2
1qva / SCOPe / SUPFAMCDD d00268
利用可能なタンパク質構造：
Pfam
構造/ ECOD PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsum 構造の概要
コンテンツ
1 DEADボックスファミリー
2 関連する家族
3 生物学的機能
3.1 プレmRNAスプライシング 3.2 翻訳開始
4 も参照してください
5 参考文献
DEADボックスファミリー
DEADボックスタンパク質は、eIF4ARNAヘリカーゼ配列と配列が類似しているNTP結合部位のグループを調べた研究で1980年代後半に最初に注目されました。この研究の結果は、RNA代謝に関与するこれらのタンパク質（p68、SrmB、MSS116、vasa、PL10、哺乳類eIF4A、酵母eIF4A）がいくつかの共通の要素を持っていることを示しました。研究された種の間で保存されていることがわかった9つの一般的な配列がありました。これはDEADボックスファミリーの重要な基準です。
N末端からC末端までの9つの保存されたモチーフは、次のように命名されます：Qモチーフ、モチーフ1、モチーフ1a、モチーフ1b、モチーフII、モチーフIII、モチーフIV、モチーフV、およびモチーフVI図では。モチーフIIはウォーカーBモチーフとしても知られており、このタンパク質ファミリーに「DEADボックス」という名前を付けたアミノ酸配列DEAD（asp-glu-ala-asp）が含まれています。モチーフ1、モチーフII、Qモチーフ、およびモチーフVIはすべてATPの結合と加水分解に必要ですが、モチーフ1a、1b、III、IV、およびVは分子内再配列とRNA相互作用に関与している可能性が
関連する家族
には、モチーフ構造の比較 この情報を含めるには、セクションを展開して詳細については、トークページをご覧
DEAHおよびSKI2ファミリーには、DEADボックスファミリーに関連することが確認されているタンパク質が これらの2人の親戚には、いくつかの特にユニークなモチーフがあります自分の家族の中で保存されている。
DEADボックス、DEAH、およびSKI2ファミリーは、まとめてDExD / Hタンパク質と呼ばれます。各ファミリーはRNA代謝において特定の役割を果たしていると考えられています。たとえば、DEADボックスとDEAHボックスの両方のタンパク質NTPase活性はRNAによって刺激されますが、DEADボックスタンパク質はATPを使用し、DEAHは使用しません。
生物学的機能
DEADボックスタンパク質はRNAヘリカーゼと見なされ、核転写、プレmRNAスプライシング、リボソーム生合成、核細胞質輸送、翻訳、RNA崩壊、オルガネラ遺伝子発現などのRNA代謝などの細胞プロセスに多くが必要であることがわかっています。
プレmRNAスプライシング
プレmRNAスプライシングには、snRNP U1、U2、U4、U5、およびU6である5つの大きなRNP複合体の再配列が必要です。DEADボックスタンパク質は、エネルギーに依存するアプローチで巻き戻しを実行し、これらのsnRNP再配列を迅速かつ効率的に実行できるヘリカーゼです。酵母システムにはSub2、Prp28、およびPrp5の3つのDEADボックスタンパク質があり、invivoスプライシングに必要であることが証明されています。 Prp5は、U2 snRNAのコンフォメーション再配列を支援することが示されています。これにより、U2の分岐点認識配列が分岐点配列に結合できるようになります。 Prp28は、5 ‘スプライス部位を認識する役割を果たしている可能性があり、RNAヘリカーゼ活性を示さないため、Prp28を活性化するには他の因子が存在する必要があることを示唆しています。 DExD / Hタンパク質、特にDEAHタンパク質、Prp2、Prp16、Prp22、Prp43、およびBrr213は、プレmRNAスプライシングに必要な成分であることがわかっています。図に示すように、DEADボックスタンパク質はスプライセオソーム形成の初期段階で必要ですが、DEAHボックスタンパク質はエステル交換、mRNAの放出、およびスプライセオソーム複合体のリサイクルに間接的に必要です9。
プレmRNAスプライシングにおけるDEADボックスタンパク質の役割。オレンジ色のテキストは、DEADボックスタンパク質を表しています。
翻訳開始
eIF4A翻訳開始因子は、RNA依存性ATPase活性を持つことがわかった最初のDEADボックスタンパク質でした。この豊富なタンパク質は、5 ‘非翻訳領域の二次構造をほどくのに役立つます。これは、巻き戻されない場合でも、小さなリボソームサブユニットのスキャンプロセスを阻害する可能性が Ded1は、翻訳開始にも必要なもう1つのDEADボックスタンパク質ですが、このプロセスにおけるその正確な役割はまだ不明です。 Ded1に高度に関連するDEADボックスタンパク質であるVasaは、真核生物開始因子2（eIF2）と相互作用することにより、翻訳開始に関与します。
も参照してください DDX3X DEAD / DEAHボックスヘリカーゼ
RNAヘリカーゼ
ウォーカーAモチーフ
参考文献
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