DECIPHER_(software)
DECIPHERは、プログラミング言語Rを使用して生物学的配列を効率的に解読および管理するために使用できるソフトウェアツールセットです。プログラムの一部の機能は、Webツールを介してオンラインでアクセスできます。 DECIPHER 開発者
エリック・ライト
安定リリース
2.20.0 / 2021 （2021）
で書かれている R、C オペレーティング・システム
Unix、Linux、macOS、Windows
プラットホーム
IA-32、x86-64
で利用可能
英語
タイプ
バイオインフォマティクス
ライセンス GPL 3 Webサイト
.codesを解読する
コンテンツ
1 特徴
2 も参照してください
3 参考文献
4 外部リンク
特徴
シーケンスデータベース：シーケンスのインポート、保守、表示、およびエクスポート。
マルチプルアラインメント：DNA、RNA、またはアミノ酸の配列をアラインメントします。
ゲノムアラインメント：複数のゲノムのシンテニー領域を見つけてアラインメントします。
オリゴヌクレオチドの設計： プライマーの設計 ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）、蛍光in situハイブリダイゼーション（FISH）のプローブの設計またはDNAマイクロアレイ。
配列の操作：低品質領域のトリミング、フレームシフトの修正、ヌクレオチドの再配向、コンセンサスの決定、または制限酵素による消化。
シーケンスの分析：キメラの発見、二次構造の予測、生物または機能の分類法への分類、系統樹の作成、および祖先の再構築。
遺伝子発見：ゲノム内のコーディング遺伝子と非コーディング遺伝子を予測し、それらをゲノムから抽出して、ファイルにエクスポートします。
も参照してください
配列アラインメントソフトウェア
参考文献
^ ライトES（2015）。「DECIPHER：タンパク質のマルチプルアラインメントを改善するためにローカルシーケンスコンテキストを利用する」。BMCバイオインフォマティクス。16：322。doi：10.1186 / s12859-015-0749-z。PMC4595117 。_ PMID26445311 。_
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外部リンク
公式ウェブサイト
この科学ソフトウェア
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