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DEPDC1B

DEPDC1B遺伝子座
DEPDC1Bは、5番染色体の長腕（5q12.1）にあり、マイナス鎖で103kbにまたがっています。DEPDC1Bの遺伝子近傍には、他に5つの遺伝子が含まれています。下流には、 SEPT21とPDE4Dの2つの遺伝子が上流には別の2つの遺伝子ELOV7とKRT8P31が補体鎖には、同じ領域PART1にある別の遺伝子が

プロモーター
DEPDC1Bプロモーター領域には、遍在的に発現するタンパク質に関連するいくつかの転写因子が含まれています。これらの転写因子は、細胞増殖、細胞周期調節、アポトーシス、および分化という中心的なテーマを持っています。腫瘍抑制または腫瘍形成に特有のプロモーターは、この領域内にもほとんど存在しません。
以下は、上位20の予測される転写因子を含みます。
CREBcAMP応答性エレメント結合タンパク質
NRF1核呼吸因子1
CCAATエンハンサー結合タンパク質因子
KRABドメインジンクフィンガータンパク質57
インターフェロン調節因子
脊椎動物の尾側関連ホメオドメインタンパク質
C2H2ジンクフィンガー転写因子1
ヒトおよびマウスのETS1因子
セレノシステインtRNA活性化因子
GCボックスファクターSP1 / GC
C2H2ジンクフィンガー転写因子2
PREBコア結合要素
TATAレスプロモーターからのRNAポリメラーゼII転写のためのアクチベーター、メディエーター、およびTBP依存性コアプロモーターエレメント
細胞周期調節因子：細胞周期相同性要素
コアプロモーターモチーフ10要素
ヒトの筋肉特異的なMt結合部位
PAX-2 / 5/8結合部位
RNAポリメラーゼII転写因子IIB
細胞およびウイルスのmyb様転写調節因子
腹部B型ホメオドメイン転写因子

mRNAの構造

スプライスバリアント

2つの確認されたDEPDC1BmRNAスプライスバリアント
DEPDC1Bは、2つのアイソフォームを形成する13のmRNAスプライスバリアントを持っています。アイソフォーム1は最も長く、最も一般的に使用される遺伝子のバージョンです。11個のエクソンで構成され、長さは103254bpです。アイソフォーム2は、2番目に確認された転写変異体です。これは10個のエクソンで構成されており、最初のバリアントの10番目のエクソンが欠落しています。欠落しているエクソンの長さは186bpです。詳細については、タンパク質構造のセクションを参照してください...

二次構造
DEPDC1Bは主にアルファヘリックスであると予測されています。タンパク質には、重要なベータストランドまたはベータ構造は存在しません。。

ステムループと結合miRNA
DEPDC1Bは、5 'および3'非翻訳領域（UTR）に複数のステムループを持っていると予測されています。3'UTRでは、miRNA has-miR-499-5pは、ステムループとして予測されるヌクレオチド領域に結合します。
タンパク質の構造編集

順序
DEPDC1B遺伝子は2つの新規プロテオフォームを持っています。mRNAアイソフォーム1によってコードされる最も長いバリエーションが、最も一般的に使用されます。タンパク質の長さは529アミノ酸です。2番目の新規プロテオフォームであるDEPDC1B.2は、10個のエクソンによってコード化されており、最長のバリエーションから10番目のエクソンが欠落しています。タンパク質の長さは467アミノ酸です。欠落している62アミノ酸は、高度にリン酸化されると予測される領域で、RhoGAPドメインに続きます。

ドメイン

ヒトDEPドメインのソリューション構造
DEPDC1Bには、 DEPドメインとRhoGAPドメインの2つの構造ドメインが含まれています。
DEPドメインは、主にGタンパク質シグナル伝達経路とGTPaseの調節に関与するタンパク質に見られます。同様に、実験的証拠は、DEPドメインがいくつかのGTPase活性化タンパク質の細胞内標的を決定することを示唆しています。 DEPDC1Bタンパク質では、電子的推論によりGTPaseアクチベーター活性機能が検証されています。タンパク質を含むDEPドメインを含むヒトの溶液構造は、ドメインの二次構造を検証します。ドメインの約80アミノ酸領域内に3つのアルファヘリックスと2つのベータストランドを含みます。
RhoGAPドメインは、GTPaseおよび低分子量GTPaseと相互作用することが知られているもう1つの構造ドメインです。他のタンパク質のドメインに関する研究は、さまざまなタンパク質のドメイン間でほぼ同様の機能を示しています。ドメインは、他のタンパク質と相互作用して複合体を形成したり、細胞骨格や原形質膜などの細胞の他の構造と相互作用したりすることが確認されています。

翻訳後修飾
DEPDC1Bタンパク質産物は、翻訳後に高度にリン酸化されると予測されています。 RhoGAPドメイン内にある単一のSUMO化部位は、タンパク質とSUMOタンパク質との相互作用の可能性を示し、他のタンパク質との相互作用を可能または阻害します。 RhoGAPドメイン内に見られる単一のパルミトイル化部位は、脂質アンカーを介したDEPDC1Bタンパク質産物と膜との相互作用の可能性を示しています。
成熟したDEPDC1Bタンパク質製品内では、保存されたグリコシル化部位は予測されません。シグナルペプチドまたは膜貫通ドメインは、ヒトまたはオルソログタンパク質内では予測されどのDEPDC1Bオルソログでもプレニル化部位は予測され

表現

マウスDEPDC1B大規模組織発現
DEPDC1Bの発現は、主にマウス組織全体に遍在していると報告されています。高レベルの遺伝子発現は、初期の接合子段階を除いて、人生のすべての期間で観察されます。実験的証拠は、DEPDC1Bがすべての組織で同様の遍在的な発現を示すことを示唆しています。
差次的発現プロファイルは、DEPDC1Bが、甲状腺乳頭がん、乳がん、滑膜肉腫、および前立腺がんの進行を含む多くのがん性疾患状態でより高く発現することを示唆しています。また、DEPDC1Bの発現は、多発性骨髄腫細胞株のベータカテニン枯渇の環境で減少します。

相互作用
実験によって特徴付けられた他のタンパク質製品内でのDEPDC1Bの相互作用は検証され
細胞周期調節およびDNA合成におけるDECPDC1BとECT2の培地共発現は、さまざまな組織での発現の類似性によって検証されました。残りの予測される相互作用は、データマイニングによって決定されました。

相同性

オーソログ
DEPDC1Bは、キングダムアニマリアの脊索動物に固有のものです
複数の配列アラインメントにより、DEPDC1Bがオルソログ間で高度に保存されていることが確認されます。 2つの構造ドメイン（DEPとRhoGAP）は、タンパク質の2つの最も保存された要素です。さまざまなモチーフもタンパク質全体で保存されています。モチーフ機能を示唆するデータは決定できなかった。予測されるすべての翻訳後修飾は、オーソロガスタンパク質で保存されていることが確認されました。
DEPDC1Bの進化は、一般的な種の進化に従うと予測されています。
DEPDC1Bオルソログ
属と種一般名クラス発散（mya）
アクセッションパーセントアイデンティティ Nomascus leucogenys キタホオジロテナガザル
哺乳類20.4 XP_003266016 98％
アヌビスヒヒアヌビスヒヒ
哺乳類29 XP_003899752 98％
ハツカネズミ
ハツカネズミ
哺乳類92.3 NP_848798 94％
オオコウモリ
黒オオコウモリ
哺乳類94.2 XP_006906108 96％ Felis catus
飼い猫
哺乳類94.2 XP_003981045 96％
ボスタウルス牛哺乳類94.2 XP_005221558 95％
モノデルフィスドメスティカ
灰色の短い尾のオポッサム
哺乳類162.6 XP_001363879 88％ Ficedula albicollis
シロエリヒタキ
アベニュー296 XP_005060715 77％ Taeniopygia guttata
キンカチョウ
アベニュー296 XP_002188294 76％
ヤケイ鶏
アベニュー296 NP_001006576 75％
アノールトカゲ
グリーンアノール
爬虫類296 XP_003216290 76％
ネッタイツメガエル
ネッタイツメガエル
ふしぎの国アン371.2 NP_001121488 68％
Lepisosteus oculatus スポッテッドガー
条鰭綱400.1 XP_006626875 68％
メイランディアゼブラ
ゼブラムブナ
条鰭綱400.1 XP_004566850
57％

パラログ

DEPDC1Bとパラログの進化的関係-DEPDC1AおよびDEPDC7
DEPDC1Bには、 DEPDC1AとDEPDC7の2つの重要なパラログが
マルチプルアラインメントと系統発生分析は、DEPDC1Aが最新のパラログであり、約6億年前に分岐していることを示しています。DEPDC1Aは、いくつかの病状で研究されています。多発性骨髄腫（MM）悪性形質細胞におけるタンパク質の高発現は、患者の死亡に関連しています。高発現は、条件付きレンチウイルスベクターデリバリーを使用して、「細胞周期のG2期の遮断、p53のリン酸化と安定化、およびp21Cip1の蓄積により、ヒトメラノーマ細胞株（HMCL）の増殖を阻害する」ことで確認されています9。同じ研究で、DEPDC1AはMM細胞の形質芽細胞の特徴に寄与し、分化を阻止する可能性があると結論付けられた。膀胱癌発生におけるDEPDC1Aの研究は、膀胱癌細胞の形成のための可能な抗原としての遺伝子を明らかにしました。マイクロアレイとノーザンブロッティングを使用して、精巣を除く正常組織内に実質的でない量のタンパク質が存在することを確認しました。現在、この遺伝子は膀胱発癌の治療的治療のための潜在的な標的分子です。
DEPD7の重要な機能を詳述するデータは公開または記録され

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DEPDC1B
XTP1、XTP8、HBV XAg-トランス活性化タンパク質8としても知られるタンパク質1Bを含むDEPドメイン[以前はBRCC3と呼ばれていました]は、染色体5にある同様の名前の遺伝子によってコードされるヒトタンパク質です。 DEPDC1B 識別子
エイリアス
DEPDC1B、BRCC3、XTP1、1Bを含むDEPドメイン
外部ID
OMIM：616073 MGI：2145425 HomoloGene：10157 GeneCards：DEPDC1B
遺伝子の位置（ヒト） Chr。 5番染色体（ヒト）
バンド 5q12.1 始める
60，596，912 bp
終わり
60，700，190 bp
遺伝子の位置（マウス） Chr。 13番染色体（マウス）
バンド
13 | 13 D2.1
始める
108，316，332 bp
終わり
108，407，782 bp
RNA発現パターン Bgee トップ表現
胆嚢骨髄肝臓肝臓
物質的な解剖学的実体肺睾丸
その他の参照発現データ BioGPS 該当なし
遺伝子オントロジー
分子機能
GO：00005097、GO：00005099、GO：0005100GTPaseアクチベーター活性
細胞成分
サイトゾル
生物学的プロセス
Wntシグナル伝達経路の正の調節
GO：0032320、GO：0032321、GO：0032855、GO：0043089、GO：0032854GTPase活性の正の調節
GO：0007243細胞内シグナル伝達
小さなGTPaseを介したシグナル伝達の調節
細胞遊走
シグナル伝達
出典：Amigo / QuickGO
オーソログ
種族
人間
ねずみEntrez55789 218581 Ensembl ENSG00000035499 ENSMUSG00000021697 UniProt Q8WUY9 Q8BH88
RefSeq（mRNA）NM_001145208 NM_018369 NM_178683
RefSeq（タンパク質）NP_001138680 NP_060839 NP_848798
場所（UCSC）
Chr 5：60.6 – 60.7 Mb
Chr 13：108.32 – 108.41 Mb
PubMed検索
ウィキデータ

人間の表示/

マウスの表示/
DEPDC1Bの正確な機能は現在不明です。発現プロファイルは、DEPDC1Bがヒト組織全体に遍在的に高度に発現していることを示しています。

コンテンツ
1 遺伝子構造
1.1 ジーン近隣 1.2 プロモーター
2 mRNAの構造
2.1 スプライスバリアント 2.2 二次構造 2.3 ステムループと結合miRNA
3 タンパク質の構造
3.1 順序 3.2 ドメイン 3.3 翻訳後修飾 3.43.4 表現 3.5 相互作用
4 相同性
4.1 オーソログ 4.2 パラログ

5 参考文献

遺伝子構造
ジーン近隣

DEPDC1B遺伝子座
DEPDC1Bは、5番染色体の長腕（5q12.1）にあり、マイナス鎖で103kbにまたがっています。DEPDC1Bの遺伝子近傍には、他に5つの遺伝子が含まれています。下流には、 SEPT21とPDE4Dの2つの遺伝子が上流には別の2つの遺伝子ELOV7とKRT8P31が補体鎖には、同じ領域PART1にある別の遺伝子が

mRNAの構造

スプライスバリアント

2つの確認されたDEPDC1BmRNAスプライスバリアント
DEPDC1Bは、2つのアイソフォームを形成する13のmRNAスプライスバリアントを持っています。アイソフォーム1は最も長く、最も一般的に使用される遺伝子のバージョンです。11個のエクソンで構成され、長さは103254bpです。アイソフォーム2は、2番目に確認された転写変異体です。これは10個のエクソンで構成されており、最初のバリアントの10番目のエクソンが欠落しています。欠落しているエクソンの長さは186bpです。詳細については、タンパク質構造のセクションを参照してください…

ステムループと結合miRNA
DEPDC1Bは、5 ‘および3’非翻訳領域（UTR）に複数のステムループを持っていると予測されています。3’UTRでは、miRNA has-miR-499-5pは、ステムループとして予測されるヌクレオチド領域に結合します。
タンパク質の構造編集

ドメイン

ヒトDEPドメインのソリューション構造
DEPDC1Bには、 DEPドメインとRhoGAPドメインの2つの構造ドメインが含まれています。
DEPドメインは、主にGタンパク質シグナル伝達経路とGTPaseの調節に関与するタンパク質に見られます。同様に、実験的証拠は、DEPドメインがいくつかのGTPase活性化タンパク質の細胞内標的を決定することを示唆しています。 DEPDC1Bタンパク質では、電子的推論によりGTPaseアクチベーター活性機能が検証されています。タンパク質を含むDEPドメインを含むヒトの溶液構造は、ドメインの二次構造を検証します。ドメインの約80アミノ酸領域内に3つのアルファヘリックスと2つのベータストランドを含みます。
RhoGAPドメインは、GTPaseおよび低分子量GTPaseと相互作用することが知られているもう1つの構造ドメインです。他のタンパク質のドメインに関する研究は、さまざまなタンパク質のドメイン間でほぼ同様の機能を示しています。ドメインは、他のタンパク質と相互作用して複合体を形成したり、細胞骨格や原形質膜などの細胞の他の構造と相互作用したりすることが確認されています。

表現

マウスDEPDC1B大規模組織発現
DEPDC1Bの発現は、主にマウス組織全体に遍在していると報告されています。高レベルの遺伝子発現は、初期の接合子段階を除いて、人生のすべての期間で観察されます。実験的証拠は、DEPDC1Bがすべての組織で同様の遍在的な発現を示すことを示唆しています。
差次的発現プロファイルは、DEPDC1Bが、甲状腺乳頭がん、乳がん、滑膜肉腫、および前立腺がんの進行を含む多くのがん性疾患状態でより高く発現することを示唆しています。また、DEPDC1Bの発現は、多発性骨髄腫細胞株のベータカテニン枯渇の環境で減少します。

相同性

パラログ

DEPDC1Bとパラログの進化的関係-DEPDC1AおよびDEPDC7
DEPDC1Bには、 DEPDC1AとDEPDC7の2つの重要なパラログが
マルチプルアラインメントと系統発生分析は、DEPDC1Aが最新のパラログであり、約6億年前に分岐していることを示しています。DEPDC1Aは、いくつかの病状で研究されています。多発性骨髄腫（MM）悪性形質細胞におけるタンパク質の高発現は、患者の死亡に関連しています。高発現は、条件付きレンチウイルスベクターデリバリーを使用して、「細胞周期のG2期の遮断、p53のリン酸化と安定化、およびp21Cip1の蓄積により、ヒトメラノーマ細胞株（HMCL）の増殖を阻害する」ことで確認されています9。同じ研究で、DEPDC1AはMM細胞の形質芽細胞の特徴に寄与し、分化を阻止する可能性があると結論付けられた。膀胱癌発生におけるDEPDC1Aの研究は、膀胱癌細胞の形成のための可能な抗原としての遺伝子を明らかにしました。マイクロアレイとノーザンブロッティングを使用して、精巣を除く正常組織内に実質的でない量のタンパク質が存在することを確認しました。現在、この遺伝子は膀胱発癌の治療的治療のための潜在的な標的分子です。
DEPD7の重要な機能を詳述するデータは公開または記録され

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