DeCODE_genetics
deCODE Genetics（アイスランド語：Íslenskerfðagreining）は、アイスランドのレイキャビクに拠点を置くバイオ医薬品会社です。同社は、集団遺伝学研究を使用して一般的な疾患に関連するヒトゲノムの変異を特定し、これらの発見を「疾患を特定、治療、予防するための新しい方法を開発する」ことを目的として、1996年にKáriStefánsson によって設立されました。 「」
deCODE Genetics、Inc。
タイプ
民間 業界 遺伝学
設立 1996年 本部
レイキャビク、アイスランド
重要人物
カリ・ステファンソン、CEO
収益
7700万米ドル（2015年）
就業者数190 親
アムジェン（2012年-現在）
Webサイト
www.decode.com
2019年の時点で、アイスランドの成人人口の3分の2以上が同社の研究活動に参加しており、この「人口アプローチ」は、世界中の大規模な精密医療および全国ゲノムプロジェクトのモデルとして機能します。 deCODEは、おそらくヒト遺伝学での発見で最もよく知られており、主要な科学雑誌に発表され、国際的なメディアで広く報道されています。しかし、それはまた、大規模な科学研究への公の関与を通じて、精密医療の実現に先駆的な貢献をしました。個人および医療制度全体にわたるDNAベースの疾病リスクテストの開発。基礎科学と公衆衛生における民間部門の参加とパートナーシップの新しいモデル。
2012年以来、アムジェンの独立子会社であり、その能力と発見は新薬の発見と開発に直接使用されてきました。この例は、他の製薬会社やバイオテクノロジー企業によるゲノミクスおよび精密治療への投資を促進するのに役立ちました。
コンテンツ
1 アイスランドと人口アプローチ
2 国家のゲノム
3 発見と科学的貢献
4 製品の革新
5 仕事
6 グローバルモデルとして
7 Covid-19パンデミックへの対応
8 大衆文化への出演
9 参考文献
10 参考文献
11 外部リンク
アイスランドと人口アプローチ
1996年、ステファンソンがハーバード大学医学部の終身在職権を離れてアイスランドに戻り、ゲノミクス企業を設立したとき、彼の考えのほとんどすべてが証明されていないか、物議を醸していました。当時、いくつかの希少疾患の原因（多くの場合、小さな家族を研究することで発見できる単一遺伝子の変異）が明らかになり始めていました。それでも、心臓病や2型糖尿病など、よく知られている行動および環境の危険因子を伴う一般的/複雑な疾患に重要な遺伝的要素があることは、広く受け入れられていませんでした。また、たとえあったとしても、DNAを読み取るための基本的な技術を考えると、そのようなバリエーションを見つけることができるかどうかもわかりません。
Stefanssonは、これらが存在し、識別できると確信していましたが、それは産業規模での作業によってのみでした。この用語が一般的に使用される10年前、deCODEの前提は、これがビッグデータの問題であるということでした。ライフスタイルやその他の要因との動的な相互作用のリスクに影響を与えるバリアントを見つけるには、家族レベルではなく、公衆衛生の規模での研究が必要です。未知の領域での発見ベンチャーとしての戦略は、可能な限り多くのデータを収集してクエリすることでした。DNAは何万人もの人々によって提供されました。広く深い医療および健康データの両方。そして、決定的に、これらすべての参加者を結びつける包括的な系図。要するに、これには、研究に積極的に参加する人々、最も一般的な疾患の有意義な数の症例を備えた最新の医療システム、および多くの系図データを備えた集団が必要でした。ステファンソンの母国であるアイスランドは、当時27万人が住んでおり、この説明に他のどの国よりもよく当てはまります。
1996年、アメリカのベンチャーキャピタルから1200万ドルの資金提供を受けて、deCODEは研究所を設立し、操業を開始しました。最初の数年以内に、数万人の参加者を募集し、遺伝子型を決定しました。それは、全国的な系図データベースの作成において急速な進歩を遂げました。政府が監督するID暗号化を備えた新しいプライバシー保護システムを開発しました。スイスの製薬会社ロシュと画期的なパートナーシップを締結。少数の条件で推定疾患遺伝子をマッピングしました。
科学の証明を開始すると同時に、同社は、全国の医療記録のコピーを含む研究データベース（Iceland Health Sector Database（略してIHD））を作成するという提案で大きな論争を巻き起こしました。健康サービス。 1998年12月には、デコードからのロビー活動で、アイスランド議会が渡された保健セクターデータベースに関する法律をこの健康データベースを作成し、商業の研究のためにそれを使用し、国民健康システムをサポートするために、会社の権利のための公開入札を許可。議会はその後まもなく、会社が落札した後、deCODEにこのデータベースを作成する権利を与えた。国民と議会によって広く支持され、IHDの公然と商業的な目的は、個人がオプトアウトしない限り、医療記録データを含めることを提案し、アイスランドの活動家のグループが主導する地元および国際的なメディアで激しい反対が繰り広げられた多くの外国人生物倫理学者として。 IHDは構築されなかったが、この議論は、社会全体を科学企業に参加させることに伴う政治的課題、特にその発見を商業化するという明確な目的を持ったものを強調した。また、deCODEとそのアプローチが、周辺の好奇心から、ヒトゲノムを理解するための世界的な取り組みにおいて最も注目を集めている企業の1つに移行することを保証しました。
国家のゲノム
時間によってビル・クリントンとトニー・ブレアは、2000年6月にヒトゲノム配列の最初の草稿が完了したことを発表しましたデコード忙しく疾患の数十でその遺伝子狩りをスケールアップし、その最初の発見を公表されました。同社は、当時最もスケーラブルなDNA読み取り技術であるマイクロサテライトジェノタイピングを使用して、ゲノムに沿った数百のポイントに非常に多様で有益なマーカーを配置および測定しました。系図と並行して分析することで、特定の病気の人々が共通の祖先から受け継いだ傾向がある特定の染色体の領域に帰ることが可能になりました。これらの地域内に隠されていたのは、病気に関連する遺伝子または配列変異体であり、その後、より詳細な方法とツールを使用して発見することができた。
しかし、これらの初期の出版物の主な重要性は、分析への焦点とアプローチの示唆的な力でした。分野と世間の注目の多くは、公的資金によるヒトゲノムプロジェクト（HGP）と民間企業のセレラとの間の競争に焦点を当て、将来の研究の参照として使用する単一の全ゲノムの完全な配列を生成しました。これは、生データを生成して組み立てるという技術的な課題でした。対照的に、deCODEは、情報を複製および送信する手段としてゲノムの性質を活用し、遺伝学を通じて数万のゲノムの変異を分析するための戦略を進めていました。遺伝学の力は、deCODEが5000個のマイクロサテライトマーカーからなるゲノムの遺伝地図を公開した2002年までに完全に見えました。これにより、系統はすべての染色体にわたって正しく順序付けすることが可能になりました。このマップは、2003年にパブリックリファレンスゲノムシーケンスを修正して完成させるために重要であり、HGPアセンブリの精度を93％から99％に向上させました。
このアプローチの鍵の1つは、大衆参加です。当初から、deCODEの疾患研究への参加を求められた人々の90％以上が参加することに同意しています。参加は任意ですが、些細なことではありません。データ収集センターに行って採血し、質問票に回答し、特定の疾患に関連する臨床検査と検査を受ける必要が 2003年までに、10万人以上がdeCODEの3ダースの一般的な疾患研究プログラムの1つ以上に参加することを志願しました。この数は2007年までに13万人に増加し、2018年までに16万人以上に増加しました。これはすべての成人市民の3分の2に相当します。これらの参加者のうち約60，000人のゲノムは、2019年までに直接配列決定されており、毎月さらに数千人が配列決定されています。
deCODEの仕事の2番目のユニークな柱は系図です。1990年代初頭に家族ベースの研究でBRCA1およびBRCA2乳がん遺伝子の発見につながった遺伝学者メアリー・クレア・キングは、deCODEが設立されて間もなく、「国全体の遺伝学を追跡する能力は…現代医学の宝物の1つです。」 1997年、deCODEは地元のソフトウェア会社Fridrik Skulason ehfとパートナーシップを結び、包括的でコンピューター化された全国系図データベースの作成を加速しました。それは、初期のカーフスキンの記録やサガから、1703年の国勢調査や教区の記録、そして現代の国家登録簿まで、入手可能なすべての情報源を利用しました。
2000年代初頭までに、彼らは今日でも国全体で最も包括的な系図を作成していました。それは、1703年（ユネスコによって世界初の名目国勢調査として認識されている）までの事実上完全な記録を通じてすべての生きている市民を結びつけ、9世紀に国が定住する前までさかのぼります。データベースの研究バージョンでは、個人のIDは、DNAおよび医療データに使用されるのと同じ匿名化システムを介して暗号化されるため、データを相互に関連付けることができます。そして2003年に、deCODEは、ÍslendingabókまたはBook ofIcelandersと呼ばれるデータベースの公開されたオンラインバージョンを立ち上げました。アイスランドの社会保障番号を持っている人は誰でもパスワードを要求し、家系図を調べて、国内の他の人との最も近い家族のつながりを確認できます。オンラインでの最初の1か月以内に、人口の3分の1以上がパスワードを要求しました。 2020年までに、20万人を超える登録ユーザーと、90万を超えるリンクされたエントリがあり、これまでに住んでいたアイスランド人の大多数を占めています。平均して、6000人近く、つまり全市民の2％近くがデータベースを調べています。
本質的に大家族であり、それに応じてメンバーの関係に強い関心を持っている国では、Islendingabokは国民生活の中で一定しており、deCODEの仕事との日常的かつ直接的な社会的関与の手段となっています。しかし、科学的に言えば、研究プロジェクトのすべての参加者の正確な系図関係を理解する能力は、deCODEに発見企業としての永続的な利点をもたらし、そのゲノムおよび医療データセットがどこでも最大かつ最高のパワーを備えたコレクションの1つであり続けることを保証します。
DNAを読み取る技術が次々と進歩するたびに、系図は、DNAから生成できるデータの量と、データから情報を抽出する能力の両方を増幅してきました。マイクロサテライトの時代には、参加者が偶然ではなく、降下によってゲノムの特定のマーカーとセグメントを共有したことを確立することが可能でした。2000年代半ばに、ゲノム全体で数十万の一塩基多型（SNP）を測定できるジェノタイピングチップが登場したことで、deCODE統計学者は、ゲノムのセグメントを正確に位相調整して、セグメントの親ソースを理解することができました。次に、全人口の一部の人々で測定された遺伝子型を推測します。
これにより、あらゆる研究の規模と力が効果的に倍増します。イルミナが全ゲノムを経済的にシーケンスできるマシンの販売を開始したとき、deCODEは数千人のアイスランド人を直接シーケンスし、事実上全人口の全ゲノムシーケンス（WGS）データを補完することができました。これは、世界最大のWGSデータの単一コレクションの1つであり、その分析の最初の結果は、2015年にNatureGeneticsの特別版で公開されました。それ以来、何万人もの人々の直接シーケンシングにより、これまでにない規模で、これまでにない希少な変異体の日常的な検索が可能になりました。
発見と科学的貢献
ゲノム研究全般、および発見組織としてのdeCODEの世界的な評判は、2000年代半ばにSNPジェノタイピングチップが登場したことで始まりました。これらのツールは、ゲノムワイド関連解析（GWAS）で世界的なブームを引き起こしました。この研究では、ゲノム全体をスキャンして、特定の疾患を持つ人が1つのバージョンを持つ傾向があるSNPを特定し、影響を受けていない個人は別のバージョンを持つ傾向がある。一般的な疾患では、薬物反応などの多くの特性や表現型と同様に、その違いは原因の確実性の1つではなく、母集団の平均に対するリスクの増減を表す統計的オッズの違いです。したがって、大規模な研究を実施し、結果として得られたデータ（数千人の病気の患者と何倍も多くの対照被験者、理想的には影響を受けていない親族）から得られたデータを分析する能力は貴重です。
一緒にマイニングでき、クエリと代入を繰り返すことで強化できるdeCODEの膨大なDNA、医療、系図データのコレクションは、このタイプの研究にほぼ完全に適していました。2003年以来、同社は、アルツハイマー病、統合失調症、その他の精神障害の遺伝的リスクを理解するための主要な継続的貢献を含む、多数の疾患および状態に対する感受性に関連する数百の変異体を発見および公開してきました。癌の12の一般的な形態; 冠状動脈疾患、脳卒中心房細動およびその他の最も一般的な心血管疾患; 薬物反応から認知、髪の毛や目の色に至るまでの特徴や表現型も同様です。同社はその発見を査読付きジャーナルに発表しており、2型糖尿病のTCF7L2変異体などの多くは、ポリジーンリスクモデリングおよび研究における標準的なリスクマーカーとして使用されています。
2019年にネイチャーコミュニケーションズで発表されたGWAS時代のレビューは、deCODEのこの分野への多大な貢献を定量化したものです。アイスランド人は2007年から2017年の間に世界中で発表されたすべてのGWAS研究の全参加者の12％を占め、各市民は平均してその期間だけ。 Stefansson、deCODEの研究責任者であるUnnur Thorsteinsdottir、および統計家のGudmar Thorleifssonは、それぞれ世界で1番目、2番目、6番目に影響力の大きいGWAS著者にランク付けされました。
ジェノタイピングデータに全ゲノムシーケンス（WGS）を追加することで、deCODEの検出機能に新しい次元と力がもたらされました。定義上、標準的なジェノタイピングチップ上の一般的なSNPは、信頼できるリスクマーカーをもたらしましたが、複雑な疾患の生物学における決定的な足がかりにはなりませんでした。しかし、ジェノタイピングデータと遺伝子型を足場として使用して、同社の直接シーケンスされた全ゲノムの数を増やすことにより、同社の統計学者は、人口全体に非常に高精細なWGSを代入することができました。その結果、2，000万から5，000万のバリアントを使用してGWAS研究を実施し、一般的な表現型の極端なバージョンの非常に高いリスクを引き起こすまたは与えるまれなバリアントを体系的に検索し、それによって推定上の創薬ターゲットを直接指すことができるようになりました。
このアプローチの価値は、PCSK9のモデルから最もよく知られています。このモデルでは、コレステロール値が非常に高く、心臓病が早期に発症する家族の研究により、この遺伝子の重要な役割が理解され、新しいクラスの開発が行われました。コレステロールと戦う薬。deCODEは現在、多くの表現型にわたってそのようなまれな変異体を日常的に検索しており、その結果は創薬および開発プログラムの基礎を提供しています。たとえば、2016年以降、心血管疾患におけるその重要な貢献には、心臓病のリスクを最も正確に反映するのは単なるLDLレベルではなく、非HDLコレステロールであることを示すことが含まれます。冠状動脈疾患から保護するASGR1遺伝子の変異を見つける。そして心臓発作の主要な危険因子としてのリポタンパク質（a）の役割を定義します。
すべてのdeCODEのデータはサーバー上にあり、同時にクエリを実行できるため、非常に高速にクエリを実行することもできます。2014年、Broad Instituteのグループは、フィンランドからの帰りにdeCODEに立ち寄りました。そこでは、主要な研究努力を通じて、2型糖尿病から保因者を保護する変異体を発見しました。コーヒーを飲みながら、deCODEチームは、フィンランドの変種がアイスランドに存在しないことを確認しましたが、別の変種は存在しました。ブロードグループは、発見を発表した論文にそれを追加した。
その特異な人口資源とその科学者が尋ねて答えることができる質問のために、deCODEの最も注目すべき発見の多くは基礎科学にありました。注目すべき焦点の1つは、ゲノムの配列の変化がどのように生成されるかを解明することです。2002年のマイクロサテライトベースのゲノム遺伝子地図に続いて、同社はさらに2つを作成し、科学界で利用できるようにしました。1つは2010年に300，000のSNPに基づいて構築され、もう1つは2019年にWGSデータに基づいて構築されました。組換え（卵子と精子の作成で行われる染色体の再編成）は、多様性を生み出し、これらのマップを構築するための主要なメカニズムです。deCODEは、15年以上にわたって、実際の人口において、性別、年齢、その他の特性によって組換え率がどのように変化するか、そしてこれらの違いがゲノムの多様性やさまざまな種類のバリエーションの生成にどのように影響するかを詳しく説明した一連の画期的な論文を発表しています。出現した一般的な状況は、ゲノムが多様性を生み出しているが、特定の範囲内であり、自然淘汰と進化のための動的であるが一般的に安定した基質を提供しているということです。
それが働いている人口を理解し、同じ方法でほとんどできないより広い質問に対処するために、deCODEはまた、その初期から独自の遺伝人類学グループを持っていました。ミトコンドリアとY染色体の突然変異に関する先駆的な研究を発表し、初期の人口におけるノルウェーとケルトの混合を追跡しました。入植期間からの古代DNAの配列決定; 古代と現代のアイスランドのゲノムを比較して、遺伝的浮動、疫病、自然災害が、その先祖や発生源の集団とは遺伝的に異なる現代の集団をどのように生み出したかを確認しました。そして現代社会におけるポジティブな自然淘汰の下で観察された変異体。同社はまた、人間のノックアウト（特定の遺伝子を失った人々）をカタログ化し、数百人の生きている子孫の配列を分析することにより、アイスランドに住む最初のアフリカ系の男性のゲノムを再構築した。これらの研究は、外国メディアとアイスランドメディアが同様に熱心にフォローしており、deCODEが研究し、その中で活動している社会にもたらす別のタイプの利益を構成しています。
製品の革新
deCODEは、20年以上にわたる科学的リーダーシップにより、精密医療の多くの側面で新しいタイプのパートナーシップ、製品、およびアプリケーションを繰り返し開拓することができました。1998年から2004年の間に、同社は製薬会社Roche、Merck、Bayer、Wyethなどと注目を集める革新的なパートナーシップに署名しました。これらの提携は、一般的な疾患において遺伝的に検証された新薬の標的を見つけることを目的として、deCODEの研究を進めるための研究資金を提供しました。DNAベースの診断法を開発すること。これにより、病気のリスクを測定したり、薬の反応を予測したり、薬の恩恵を受ける可能性が最も高い患者を特定したりできます。また、特定の遺伝的変異を持つ参加者を登録し、試験をより小さく、より有益で、成功の可能性を高める可能性のある「情報が豊富な」臨床試験を設計すること。
2002年、deCODEは、その遺伝学の発見に基づいて化合物を発見し、独自の新薬パイプラインの開発を開始するために、シカゴに本拠を置く医薬品化学会社を買収しました。今後数年間、同社は心臓発作、末梢動脈疾患の潜在的な新しい治療法についていくつかの初期段階の臨床試験を開始および完了し、喘息およびSMAに関するパートナーとの作業を実施した。これらは、今日「精密医療」プログラムと呼ばれるものの初期の例でした。標的の発見に遺伝学を使用し、薬剤が標的とする同じ経路を介して疾患感受性をテストすることにより、試験参加者を選択します。
2000年代半ば、deCODEは、主に予防と健康に焦点を当てた新しい種類のリスク診断を開始しました。これらのDNAベースの診断テストでは、心臓発作、心房細動と脳卒中、2型糖尿病、一般的な（非BRCA）乳がん、前立腺などの一般的な疾患の個人リスクの有意な増加と相関するdeCODEなどによって特定された遺伝子変異が検出されましたがんと緑内障。たとえば、2型糖尿病検査は、約10％の人がdeCODEの最も影響の大きいリスクバリアントの2つのコピーを持ち、肥満とは無関係に糖尿病を発症する平均リスクの2倍になることを示した公表された研究に基づいていました。この検査の医学的目的は、「本格的な糖尿病に進行するリスクが平均よりも高い前糖尿病患者を特定し、これらの同じ個人が体重減少や特定の薬剤の使用を通じてこの追加のリスクを効果的に打ち消すことができること」でした。
これらの検査のもう1つの新しい特徴は、十分に検証された複数の遺伝的危険因子の統合でした。これらのさまざまなリスク要因の全体的な影響を組み合わせて計算し、いわゆるポリジェニックリスクスコアを作成しました。これにより、他の健康リスクやライフスタイルリスクとは無関係に、それに加えて、一般的な集団のリスクの範囲に個人が置かれます。要因。新しい発見のたびに、deCODEはテストされる危険因子を広げる可能性がアイデアは、個人が、そのような体重減少などのよく理解生活習慣の改善、喫煙停止、などとフォロースルーするための新たなインセンティブを提供することができれば、より具体的かつリスクが高い人のため、より効果的、かつ戦略と治療法のスクリーニングと予防作ることだったこれは当時個別化医療と呼ばれていたものの本質でしたが、これらの検査は新しいものであったため、その医学的有用性はまだ証明されていませんでした。誰もが定義上一般的な病気のリスクにさらされており、医師は一般的に希少疾患に言及している場合にのみ遺伝的リスクを理解しているため、医学界は懐疑的にこれらの検査に取り組みました。 2018年に、一般的な疾患のリスクが大幅に増加している人を特定するためのポリジーンリスクスコアの使用、および全ゲノムデータと新しいアルゴリズムを使用して多くの初期のdeCODEマーカーを構築することの提唱が復活を始めました。
deCODEの発見に関するメディアの報道で判断するために、一般の人々はこれらの遺伝的危険因子とそれらが自分の健康にどのように関連しているかに非常に確かに興味を持っていました。2007年後半、同社は、人々が一般的な病気のリスクをよりよく理解し、この情報を使用して健康を維持できるようにすることを目的としたdeCODEme Direct-to-Consumer（DTC）スキャンでパーソナルゲノミクスの分野を効果的に立ち上げました。deCODEmeは、現在広く知られているGoogleが資金提供する23andMeの1日前に市場に登場しました。 deCODEmeのマーケティングは、その血統、深刻さ、科学的厳密さを強調しました。「病気の遺伝的リスク要因の発見において世界のリーダーによって提供された… 国際的に実施する科学者の知識と経験から直接利益を得るように有名な研究」（競合他社は、deCODEの公開されたバリアントを多くの結果の基礎として使用しました）。それらを見つけたのと同じラボでスキャンが処理されました。2012年までに、deCODEme完全スキャンは100万のSNPを測定し、47の一般的な疾患と形質のリスク、および母方と父方の祖先に関する基本情報を計算しました。
deCODEmeは、その結果が情報提供を目的としたものであり、「健康を改善するためのロードマップ」であり、結果について質問があったユーザーに遺伝カウンセリングを提供することを強調しましたが、米国の規制当局は、疾病リスク評価が直接行われていることをすぐに批判的に見ました。消費者の手。 2010年6月、FDAはdeCODE とその主要な競合他社に、そのようなスキャンはFDAの承認が必要な医療機器であると見なしたと述べた。規制の逆風とその後の企業再編に直面して、deCODEは2012年後半にdeCODEmeの販売を停止しました。 2017年、FDAは消費者検査における疾患の遺伝的リスクの特定の評価を承認し始めました。
2018年、deCODEは公衆衛生への直接介入と、この種の最初の全国的な遺伝子スクリーニングプログラムで新境地を開拓しました。同社は、アイスランドの誰もが無料で会社に全ゲノム配列データを検索して、BRCA2遺伝子のSNPの保因者であり、乳がんと前立腺がんのリスクが高いかどうかを判断できるウェブサイトを立ち上げました。アイスランド。数か月以内に、人口の10％がBRCA2ステータスを要求し、国立病院は、人々が予備的な結果をフォローアップし、その情報を使用して健康を保護するのを支援するカウンセリングやその他のサービスを構築しました。
仕事
その画期的な科学にもかかわらず、またはおそらくそれが分野をはるかに超えていたために、deCODEは独立したビジネスとして不安定な歴史を持っていました。2000年7月、Nasdaqで2億ドルのIPOを完了しました。これは当時としては大きな金額であり、アイスランドの企業が米国の取引所に上場した最初の企業です。その初期の製薬提携、特にロシュとの提携は、研究の最初の10年間に国内のほとんどの成人の登録に資金を提供し、その発見能力と医薬品、診断における製品開発の取り組みの両方を急速に拡大するのにさらに役立ちました。と個人のゲノミクス。
科学的な観点から、BroadInstituteのDavidAltschulerが2004年にMITTech Reviewに語ったように、「これは臨界量が重要であり、臨界量を達成したビジネスです」。しかし、ビジネスはお金についてでもありました。新しい市場を開拓するイノベーション企業である同社は、最初の10年間に5億ドル以上を研究開発に費やし、利益を上げたことはありませんでした。2006年までに、完全に新しい前提に基づいた医薬品開発プログラムに資金を提供するために、より多くの資金を借りていました。サポーターでさえ「まだ初期」と呼ばれる市場で診断テストを進めること。そして、23andMeのシリコンバレーの魅力と現金に影を落としていたパーソナルゲノミクスを売り込むこと。
2008年後半までに、同社はステファンソン自身の言葉で「岩と困難な場所の間」になりました。株価の低迷でナスダックから上場廃止される恐れがあるため、世界市場が危機に瀕しているのと同じように、同社はより多くの資本を必要としていた。その科学者たちは目覚ましい速さで画期的な出版を続けたが、2009年後半、同社の上場米国持株会社であるdeCODE Genetics、Inc。は第11章の破産を宣言した。その主要な資産は-の心は、アイスランドの遺伝学の操作だった-買って、会社の二つの主の元ベンチャー後援者のコンソーシアムで走り続けた：アーチベンチャーとポラリス・ベンチャーズと一緒に、イルミナ社、支配的なメーカージェノタイピングチップとシーケンス装置の。それはその薬剤開発プログラムの仕事を断念した。
ビジネスとして、deCODEはある意味で未来に戻っていました。それは、ニューズウィークが「世界で最も成功した失敗」と呼んだ元のVCに裏打ちされた、世界的な評判を持つ13歳の会社でした。次の期間中、ステファンソンは、deCODEが6年から10年の間に設立されたのは時期尚早であると公に黙想した。十分な詳細でDNAを正確に読み取るための技術は、2000年代半ばまで到達せず、deCODEは何年にもわたる研究開発に借金を残していたが、商業的に説得力のある診断薬や開発薬を迅速に作成するための病気。その洞察を提供するかもしれないのは、人口規模のWGSデータでした。2010年までに、Stefanssonは、数千人の個人をシーケンスし、次に、deCODEが世界で最初にそのようなものを持つことを保証するために、代入を使用する方法を概説しました。
厳しい状況にもかかわらず、イルミナを所有者の1人として、同社は最新のシーケンスマシンと試薬を受け取ることができました。2011年、deCODEとIlluminaは、WGS代入の力についての初期のヒントを与える論文で協力し、500のシーケンスを40，000のデータの全ゲノムに変換しました。これは、他のいくつかの集団での複製を通じて検証された、まれなバリアントの発見を開始するのに十分でした。一般的な変異とは異なり、希少疾患を引き起こす突然変異は、タンパク質をコードする遺伝子の領域にある傾向があり、疾患生物学の直接的な窓と、創薬ターゲットとしてのより直接的な有用性の両方を提供します。2012年12月、アメリカの製薬会社AmgenはdeCODEを4億1500万ドルで買収しました。
買収の主な理由は、WGSデータを使用してまれなコーディングバリアントを発見し、より一般的な病気の極端なバージョンを引き起こすdeCODEの独自の機能でした。当時アムジェンのR＆D責任者であったSean Harper氏は、フォーブスに次のように語っています。 Decodeが世界の専門家である人間の遺伝子分析。」より広く、これらの機能は現在のプログラムを評価するためにも適用でき、買収から1か月以内に、deCODEはアムジェンのパイプライン全体をレビューしました。2018年、ハーパーは「パイプラインの半分を強力に遺伝的にサポートするだけで、研究開発投資の収益率を約50％向上させることができる」と推定しました。 2020年までに、アムジェンはdeCODEの発見に直接基づいて、2つの新しい心血管薬を臨床試験に持ち込みました。これらの発見は、主要な科学雑誌に引き続き発表されています。
グローバルモデルとして
組織のためにステファンソンをご紹介人類遺伝のアメリカの社会2017年の年次総会、ブロード研究所のマーク・デイリーは、会議室やフィールドは、完全な人口婚約、歴史的な医療レジストリデータを募集バイオバンクを含む普及パラダイム」が優勢に試合を進めたことを観察しました、大規模な遺伝子データ収集と統計的方法論への投資、および学術と業界の境界を越えた共同フォローアップ… deCODEはこの発見エンジンのテンプレートを提供しました。」
deCODEの例は、初期の頃から、サルデーニャ、ケベック、ニューファンドランド、スウェーデン北部、フィンランドなどの孤立したコミュニティや小さな集団で病気の遺伝子を探している他の人々に新たな刺激を与えました。しかし、deCODEは、まれな症候群を引き起こす変異を見つけるためにアイスランドの人口の「相対的な均質性」を宣伝していませんでしたが、創始者の突然変異の存在が一般的な病気に影響を与える変異の発見に役立つためです。世界的な医学的課題との関連性の観点から、アイスランドはまれな症候群の有病率が高い近親交配集団ではなく、全体として研究できるミニチュアのヨーロッパ社会でした。最小の大きなもの。
deCODEの例に従った最初の大国は英国でした。NHSの広大な範囲とリソースを世界で最も多様な人口の1つに適用することの科学的および医学的価値の背後にあるアイスランドの経験は、2003年にUKバイオバンクの認可を通知し、その後ゲノミクスイングランド主要な医療システムに関連する他の初期の大規模なバイオバンクおよびゲノミクスの取り組みには、2009年に開始された米国のミリオンベテランズプログラムが含まれます。カリフォルニアのカイザーパーマネンテでの遺伝子、環境、健康に関する研究プログラムは、2007年に開始されました。中国本土と中国香港のチャイナカドリーバイオバンクは2000年代半ばに始まりました。
2014年以降、Illuminaが新しいX-Tenシステムで全ゲノムをそれぞれ1000ドルの規模でシーケンスできると発表したとき、米国（ MVPと並んでAll of Us）からオーストラリアまで（CKBと並んで）全国的なゲノムプロジェクトが急増しました。、カナダ、ドバイ、エストニア（当初は2000年に開始）、フランス、中国香港、日本、オランダ、カタール、サウジアラビア、シンガポール、韓国、スウェーデン、トルコなど。焦点とアプローチはさまざまですが、これらのプログラムはすべて、少なくとも暗黙のうちにdeCODEの例に触発されています。
製薬会社が主導する他の大規模なプロジェクトは、deCODEのモデルとAmgenとの共同作業に厳密に従っています。これらには、米国のガイジンガーヘルスシステムを備えたリジェネロンや、英国のウェルカムトラストとのアストラゼネカの官民/学術のハイブリッドパートナーシップ、カリフォルニアのクレイグヴェンターの人類の寿命、ヘルシンキのフィンゲンが含まれます。後者は、ブロードインスティテュートのリーダーとフィンランドの大学、保健省、およびバイオバンクによって創薬を推進するために設立された、アイスランドでのdeCODEの当初のビジョンに非常に近いが、学者と政府機関がビジネスのエクイティパートナーである。この官民パートナーシップモデルは、匿名化された医療記録、社会福祉データ、および生物医学研究のためのバイオバンクサンプルのほぼ大規模な使用を許可する2019年のフィンランドの法律の成立を説明する可能性がこれは、1998年のIHD法の野心をはるかに超えています。 20年前のアイスランドで多くの論争がありました。
deCODEの直接的な関与と血統は、フィールド全体でも明らかです。deCODEは、北欧のヒト遺伝学および精密医療学会の創設メンバーでありリーダーであり、スカンジナビアのすべての国とアイスランドおよびエストニアのリソースを結集して、地域全体で遺伝子の発見と精密医療の応用を推進しています。2013年、deCODEの卒業生のグループがスピンオフ、NextCODE Health（現在はGenuity Science）を作成しました。これは、アイスランドで最初に開発されたインフォマティクスおよびシーケンスデータ管理ツールのライセンスを取得し、さらに開発して、他の国の臨床診断と集団ゲノミクスをサポートしました。そのシステムとツールは、イギリス、 カタール、シンガポールの全国ゲノムプロジェクトで使用されています。英国、米国および中国における小児希少疾患プログラム。およびその子会社であるGenomicsMedicineIreland。2019年、deCODEと米国の地域医療システムIntermountainは、500，000人のWGSベースの研究と精密医療研究を実施するために提携し、deCODEは英国バイオバンクの225，000人の参加者のシーケンスも開始しました。
Covid-19パンデミックへの対応
2020年3月、SARS-CoV-2ウイルスがアイスランドで広く蔓延し始めたため、deCODEは一時的に臨床研究、検査スタッフ、および手術をリダイレクトして、COVID-19の大規模な検査を実施しました。この取り組みは、公衆衛生への同社のこれまでで最も深く、最も直接的な関与を示し、世界的大流行の初期の数ヶ月で、どの国でも最も集中的で成功した封じ込め戦略の1つの重要な要素を構成します。
パンデミックに対するアイスランドの保健当局の反応は、疫学的管理のベストプラクティスの「テスト、追跡、分離」の初期の透明で効果的な例であることが注目に値しました。2020年1月下旬、国立保健局は、リスクの高い地域からアイスランドに到着した人や感染の可能性のある症状を示した人の検査を開始し、市民保護および緊急事態管理局とともに、ウイルスと診断された人を隔離するシステムをアクティブにしました。そして、すべての連絡先を追跡して隔離します。アイスランドの最初の症例は、標的検査が開始されてから1か月後の2月28日に診断され、数日以内に数十人が毎日陽性であった。2か月余り後、アイスランドは実質的に活動性の感染症から解放されました。
この応答の基礎とそれを導くためのデータはテストでした。公式のテスト作業は迅速かつ精力的でしたが、感染した人々と接触した可能性が高いために症候性または高リスクの人々に焦点が当てられました。3月初旬、deCODEのCEOであるKari Stefanssonは、人口全体をスクリーニングしなければ、ウイルスの蔓延や致死率を理解する方法がないことを懸念しました。これは、流行に総合的に対処するための重要な情報です。この「ハンズオンデッキ」の瞬間に、そしてノウハウを持って、会社の遺伝学研究所をPCR診断検査施設に迅速に変えるための人と設備、彼は会社の保健局の後援の下で一般集団をスクリーニングするために働く能力。 deCODEのスタッフは、サンプルの収集からテストの実行、プライバシー保護されたレポートまで、すべてのワークフローを迅速にまとめ、綿棒と試薬を大規模なテストを開始する準備を整えました。2020年3月12日木曜日、同社はテストの予約をするためにWebサイトを開き、数時間以内に12，000人がサインアップしました。翌朝、無料でテストが始まりました。
deCODEの取り組みは、1日あたり1000サンプルを超える容量まで急速に拡大しました。集団検診の開始時から、参加者の1％未満が感染していることが判明し、保健当局の封じ込め戦略が機能していたことを示しています。 2020年3月中旬から5月末まで、同社は1日平均600回の検査を実施し、国立大学病院での1日あたり250回の保健当局の検査を補完しました。deCODEのスクリーニングで陽性と判定された人も同様に隔離され、連絡先が追跡され、隔離するように依頼されました。合計で、6月の初めまでにアイスランドで60，000以上のテストが実施されました。これは、人口の18パーセントに相当します。この組み合わせたテスト戦略と追跡および隔離のフォローアップにより、アイスランドの感染数は4月の第1週にピークに達し、月末までに急激に減少しました。5月中旬までに、国内で活動性の感染症はほんの一握りでしたが、deCODEと保健当局は、その後も1日あたり200回もの検査を実施し、新たな発生を検出しようとしました。
スクリーニング作業と並行して、deCODEはその遺伝学機能を使用して、数百人の感染者からウイルスを配列決定し、国内のウイルスのさまざまな分岐群の一種の系図を描きました。これは、パンデミックの初期の数週間に、ウイルスがさまざまな国で感染した人々とともに国内に侵入し、その後アイスランド内に拡散したことを示しています。 2020年4月、保健局と国立病院の同僚とともに、同社はニューイングランドジャーナルオブメディシンにCOVID-19の広がりがどのように見えるかを詳述した論文を発表しました。人口、およびテスト、トレース、および分離の堅牢なポリシーがどのようにそれを効果的に封じ込めることができるか。同社は5月に集団での抗体検査の開発と実施に着手し、初期の結果では、感染と診断されていない一般集団の約1％がウイルスに対する抗体を持っていたことが示されました。これは、一方でウイルスが迅速かつ十分に封じ込められたことを意味しましたが、2月末から公式に診断されたようにほぼ3回感染し、人口はまだ98％以上ナイーブでした。それは、国がアイスランドに来る自国民や他の人々が旅行するために国境を再開したので、大規模な検査がその後の発生を検出し続ける必要があることを示した。 6月、同社はブリティッシュコロンビア州のアムジェンのユニットと協力して、回復したアイスランドのCovid患者からの白血球を使用して、予防的または治療的に使用できるウイルスに対する抗体の製造を開始すると発表した。
大衆文化への出演
deCODEの作品は、2000年からのArnaldurIndriðasonの小説Jar Cityによって批判されています。この小説は、同じ名前の2006年の映画に採用されました。
deCODEとKáriStefánssonは、ÞráinnBertelssonによってDauðansóvissitímiでVikingDNAとLárusJóhannsson教授として風刺されています（レイキャビク：JPVÚtgáfu、2004）。
deCODE、特にKáriStefánssonは、 ÓttarM.Norðfjörðの2007年の風刺的な作品JónÁsgeir＆afmælisveislan（レイキャビク：Sögur、2007）で、巨大な遺伝子ハイブリッドの作成者として紹介されています。同じ著者の小説Lygarinn：Sönnsaga（Reykjavík：Sögur、2011）の名前OriGenes）。deCODEは、SjónによるCoDex1962のCoDex社のモデルです。
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^ EinarKáriJóhannsson 、 ‘ Þjóð（ar）sagaSjóns：PólitískummyndunásameiginlegumminningumÍslendingaísögulegumskáldverkumSjóns ‘（未発表の修士論文、アイスランド大学、2018年）、p。67。
参考文献
ThráinnEggertsson。2011.「財産権の進化：アイスランドの健康記録の奇妙な事例。」コモンズの国際ジャーナルVol。5、no 1 2011年2月、pp。50–65
新しいゲノミクスの文脈でのdeCODEについて：Davies、Kevin、$ 1，000 Genome：The Revolution in DNA Sequencing and the New Era of Personalized Medicine（New York：The Free Press、2010）
アイスランド、deCODE、ゲノミクスに触れるアイスランドの人類学者が収集したエッセイ：パルソン、ギスリ、自然、文化、社会：生命に関する人類学的展望（ケンブリッジ：ケンブリッジ大学出版局、2016年）
2000年代初頭のdeCODEと商用ゲノミクスの時代劇批判的見解：Fortun、Michael、Promising Genomics：Iceland and deCODE Genetics in the World ofSpeculation。バークレー校：カリフォルニア大学出版、2008年。
「ジーンフレンジー」はアイスランドを熱くする、CBSニュース、2002年12月2日。
外部リンク
deCODE遺伝学のウェブサイト
deCODE遺伝学アイスランドのウェブサイト
座標：64°08′08″ N 21°56′45″ W / 北緯64.13556度西経21.94583度 / 64.13556; -21.94583