D-立体特異的アミノペプチダーゼ

D-stereospecific_aminopeptidase
分子生物学において、D-立体特異的アミノペプチダーゼ(D-アミノペプチダーゼ)EC 3.4.11.19は、ペプチドXaa- | -Yaa-からのN末端D-アミノ酸の放出を触媒する酵素であり、Xaaは好ましくはDである-Ala、D-SerまたはD-Thr。グリシンアミドと同様に、D-アミノ酸アミドとメチルエステルも加水分解されます。
D-アミノペプチダーゼ、ドメインB
ochrobactrumanthropi由来のd-アミノペプチダーゼの結晶構造
識別子
シンボル
DAP_B Pfam PF07930
Pfam氏族
CL0013 InterPro IPR012856 SCOP2 1ei5 / SCOPe / SUPFAM
利用可能なタンパク質構造:
Pfam  
構造/ ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsum 構造の概要
D-アミノペプチダーゼ、ドメインC
ochrobactrumanthropi由来のd-アミノペプチダーゼの結晶構造
識別子
シンボル
DAP_C Pfam PF07932 InterPro IPR012857 SCOP2 1ei5 / SCOPe / SUPFAM
利用可能なタンパク質構造:
Pfam  
構造/ ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsum 構造の概要
これは二量体酵素であり、各単量体は3つのドメインで構成されています。ドメインBは、8つの逆平行ベータストランドで構成されるベータバレルを形成するように編成されています。これは、8残基の配列によって触媒ドメインであるドメインAに接続されており、非共有結合を介してドメインAとCの両方とも相互作用します。ドメインBは、おそらくドメインCを触媒ドメインと相互作用するのに適した位置に維持するのに機能します。ドメインCは、8つの逆平行ベータストランドで構成されるベータバレルを形成するように編成されています。短いリンカー配列によってドメインBに接続され、触媒ドメインであるドメインAと広範囲に相互作用します。ドメインCのガンマループは、触媒ポケットの壁の一部を形成します。ドメインCは実際、酵素に基質と阻害剤の特異性を与えると考えられています。
外部リンク
MEROPSファミリーS12
参考文献
^ Bompard-Gilles C、Remaut H、Villeret V、Prange T、Fanuel L、Delmarcelle M、Joris B、Frere J、Van Beeumen J。「「ペニシリン認識酵素」ファミリーの新しいメンバーであるOchrobactrumanthropiからのD-アミノペプチダーゼの結晶構造」。構造。8(9):971–80。土井:10.1016 / S0969-2126(00)00188-X。PMID  10986464。
には、パブリックドメインのPfamと
InterProからのテキストが組み込まれています : IPR012856
には、パブリックドメインのPfamと
InterProからのテキストが組み込まれています : IPR012857

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カテゴリー: D