MAプロット

MA_plot

MAプロットでのアプリケーションである柔和-アルトマンプロットを視覚的に表現するためのゲノムデータ。プロットは、データをM(対数比)およびA(平均平均)スケールに変換し、これらの値をプロットすることにより、2つのサンプルで行われた測定値の違いを視覚化します。もともとは2チャネルDNAマイクロアレイ遺伝子発現データのコンテキストで適用されましたが、MAプロットはハイスループットシーケンシング分析を視覚化するためにも使用されます。
内容
1 説明
2 パッケージ
2.1 Rプログラミング言語の例
3 も参照してください
4 参考文献
説明
マイクロアレイデータは、多くの場合、アレイ内で正規化され、色素カップリングとハイブリダイゼーション効率の系統的バイアス、およびアレイのスポットに使用されるDNAプローブとプリントチップのその他の技術的バイアスを制御します。これらの系統的な変動を最小限に抑えることにより、真の生物学的差異を見つけることができます。正規化が必要かどうかを判断するには、Cy5(R)の強度をCy3(G )の強度に対してプロットし、線の傾きが約1であるかどうかを確認します。 .GプロットはMAプロットです。 MAプロットは、平均強度( ‘A’)によってプロットされた赤/緑強度比( ‘M’)の分布のプロットです。MとAは次の式で定義されます。 M =
ログ 2 (( R / G
)。 = ログ 2 (( R
)。 − ログ 2 (( G )。 { M = log _ {2}(R / G)= log _ {2}(R)- log _ {2}(G)}

 A = 1 2 ログ 2 (( R G )。= 1 2 (( ログ 2 (( R
)。 + ログ 2 (( G )。 )。
{ A = { frac {1} {2}} log _ {2}(RG)= { frac {1} {2}}( log _ {2}(R)+ log _ { 2}(G))}
  したがって、Mは強度比(または対数強度間の差)の2進対数であり、Aはプロット内のドットの平均対数強度です。次に、MAプロットを使用して、生のマイクロアレイデータの強度依存比を視覚化します(マイクロアレイは通常、ここでバイアスを示し、Aが高いほど、| M |が高くなります。つまり、スポットが明るいほど、サンプルとコントロールの間に観察される差異が生じる可能性が高くなります)。MAプロットは、変数Mをy軸に、Aをx軸に配置し、データの分布の概要を示します。
多くのマイクロアレイ遺伝子発現実験では、根底にある仮定は、ほとんどの遺伝子がそれらの発現に変化を見ないということです。したがって、log(1)が0であるため、y軸(M)上の点の大部分は0に配置されます。そうでない場合は、LOESSなどの正規化方法を前のデータに適用する必要が統計分析。(下の図では、正規化前のゼロマークの下を走る赤い線を参照して直線である必要が直線ではないため、データを正規化する必要が正規化後、赤い線はゼロ線上で直線になり、次のように表示されます。ピンク/黒。)
パッケージ
Rソフトウェア用のいくつかのBioconductorパッケージは、MAプロットを作成するための機能を提供します。これらには、affy(ma.plot、mva.pairs)、limma(plotMA)、marray(maPlot)、およびedgeR(maPlot)が含まれます。
同様の「RA」のプロットはキャロラインにraPlot機能を使用して生成することができCRAN のRパッケージ。
M、A、p値で遺伝子をフィルタリングし、名前または投げ縄で検索し、選択した遺伝子を保存するインタラクティブなMAプロットは、R-ShinyコードEnhanced-MA-Plotとして利用できます。
Rプログラミング言語の例
ライブラリ(affy )if (require (affydata )) {
data (Dilution )}y <- (exprs (Dilution )[、 c ("20B" 、 "10A" )])x11 ()ma.plot ( rowMeans (log2 (y ))、 log2 (y )- log2 (y )、 cex = 1 )タイトル("希釈データセット(アレイ20B v 10A)" )ライブラリ(preprocessCore )#do A分位正規X < - normalize.quantiles (Y )x11 ()ma.plot ( rowMeans (log2 (x ))、 log2 (x )- log2 (x )、 cex = 1 ) title ("Post Norm:Dilutions Dataset(array 20B v 10A)" )
MA Plot for raw data, note of the distortion in the upper ranges.   事前正規化
  正規化後
MAプロット。
も参照してください
RAプロット
ブランド-アルトマンプロット
参考文献
^ ロビンソン、MD; マッカーシー、DJ; Smyth、GK(2009年11月11日)。「edgeR:デジタル遺伝子発現データの差次的発現分析のためのBioconductorパッケージ」。バイオインフォマティクス。26(1):139–140。土井:10.1093 / bioinformatics / btp616。PMC  2796818。PMID  19910308。
^ 愛、マイケルI; フーバー、ヴォルフガング; アンダース、サイモン(2014年12月5日)。「DESeq2を使用したRNA-seqデータの倍率変化と分散の適度な推定」。ゲノム生物学。15(12):550 DOI:10.1186 / s13059-014-0550-8。PMC 4302049。PMID 25516281。
  
^ YHヤン、 S Dudoit、P LUU、DM林、V鵬、Jガイ、 TP速度。(2002)。cDNAマイクロアレイデータの正規化:単一および複数のスライドの系統的変動に対処する堅牢な複合法。核酸研究vol。30(4)pp。e15。
^ Dudoit、S、 Yang、YH、Callow、MJ、 Speed、TP。(2002)。複製されたcDNAマイクロアレイ実験で差次的に発現する遺伝子を同定するための統計的方法。統計sin。12:1 111–139″

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