MCSim

MCSim
GNU MCSimは、シミュレーションソフトウェアのスイートです。これにより、独自の統計モデルまたはシミュレーションモデルを設計し、モンテカルロシミュレーションを実行し、(強化された)マルコフ連鎖モンテカルロシミュレーションを通じてベイズ推定を実行できます。最新バージョンでは、モンテカルロまたはMCMCシミュレーションの並列計算が可能です。 MCSim 開発者
GNUプロジェクト
安定したリリース
6.2.0 /3日  (2020-06-03)
リポジトリ
cvs .savannah .gnu .org / viewvc /?root = mcsim
で書かれている C オペレーティング・システム
クロスプラットフォーム
タイプ
数値解析
ライセンス
GNU General Public License
ウェブサイト
https://www.gnu.org/software/mcsim
内容
1 説明
2 歴史
2.1 リリースされたバージョン
3 ライセンス
4 プラットフォームの可用性
5 も参照してください
6 参考文献
7 外部リンク
説明
GNU MCSimは、モンテカルロ分析を実行するために最適化された、代数または微分方程式システム用のシミュレーションおよび統計的推論ツールです。このソフトウェアは、モデルジェネレーターとシミュレーションエンジンで構成されています。
モデルジェネレータは、実行時間を短くしながら、構造モデルの定義と保守を容易にします。モデルは単純な文法を使用してコード化され、ジェネレーターはそれをCコードに変換します。バージョン5.3.0以降、SBMLでコード化されたモデルも使用できます。
シミュレーションエンジンは、実行可能コードを生成するためにモデルにリンクされている一連のルーチンです。その結果、さまざまな条件下で構造モデルのシミュレーションを実行できます。
内部的には、ソフトウェアは数値計算の一部にGNU ScientificLibraryを使用しています。
歴史
このプロジェクトは、1991年にバークレーでDonMaszleとFredericY。BoisがCに翻訳し、Boisがハーバード大学で博士論文のために開発したプログラムを再編成したときに始まりました。この作業の主な動機は、PBPKモデルを迅速に開発し、簡単に維持できるようにすることでした。ただし、構文は十分な一般性を持って定義されているため、多くの代数的および1次常微分方程式を解くことができます。グループの研究ニーズのために、効率的なモンテカルロシミュレーションを実行する機能が早い段階で追加されました。コードは、カリフォルニア大学バークレー校のサーバーから無料で入手できるようになりました。カリフォルニア大学サンフランシスコ校薬学部のスチュアートビールとの話し合いにより、チームはPBPKモデルのキャリブレーションにマルコフ連鎖モンテカルロ法を使用することを調査しました。対応するコードは、と共同でプロジェクト期間中、Maszleによって開発されたアンドリュー・ゲルマン、その後で教授UCバークレー校統計局。Ken Revzanによって記述された追加のコードにより、階層(マルチレベル)統計モデルの定義とベイズキャリブレーションが可能になりました。これらの開発の時点(1996年頃)では、これらの機能は、自由に配布され、簡単にアクセスでき、非常に強力で用途の広いソフトウェアに固有のものでした。それ以来、ソフトウェアは一貫して維持および拡張されてきました。
リリースされたバージョン
6.2.0(2020年6月3日)
6.1.0(2019年2月19日)
6.0.1(2018年5月5日)
6.0.0(2018年2月24日)
5.6.6(2017年1月21日)
5.6.5(2016年2月27日)
5.6.4(2016年1月30日)
5.6.3(2016年1月1日)
5.6.2(2015年12月24日)
5.6.1(2015年12月21日)
5.6.0(2015年12月16日)
5.5.0(2013年3月17日)
5.4.0(2011年1月18日)
5.3.1(2009年3月3日)
5.3.0(2009年1月12日)
5.2ベータ版(2008年1月29日)
5.1beta(2006年9月18日)
5.0.0(2005年1月4日)
4.2.0(2001年10月15日)
4.1.0(1997年8月1日)
4.0.0(1997年3月24日)
3.6.0
3.3.2
ライセンス
GNUMCSimは自由ソフトウェアです。Free SoftwareFoundationによって公開されているGNUGeneral Public Licenseの条件の下で、再配布および/または変更することができます。ライセンスのバージョン3、または(オプションで)それ以降のバージョン。
プラットフォームの可用性
Cソースコードが提供されており、Cコンパイラを備えた任意のマシンでコンパイルできます。GNU科学ライブラリは、統計モデルにいくつかの余分なディストリビューションを使用するには、ターゲットプラットフォームでも利用できるようにする必要がSBML変換機能を利用するには、LibSBLMライブラリをインストールする必要がバージョン6.0.0以降、SundialsCvodesインテグレーターも使用されます。並列計算(バージョン6.2.0以降)を利用するには、MPIライブラリをインストールする必要が
も参照してください
数値解析ソフトウェアの比較
数値解析ソフト一覧
参考文献
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外部リンク
GNUMCSimホームページ

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