Emma_Hodcroft
Emma Hodcroft（1986年ノルウェー生まれ ）は、ベルン大学社会予防医学研究所の英米分子疫学者です。 彼女の研究は、ウイルスや他の病原体の系統発生学に焦点を当てており、さまざまな遺伝的変異の広がりと進化をマッピングしています。Hodcroftは、Nextstrainプロジェクトの開発者であり、 SARS-CoV-2およびその他の病原体の伝達連鎖を追跡するオープンサイエンスプロジェクトです。2020年に、彼女はSARS-CoV-2バリアントを追跡するプロジェクトであるCoVariants.orgを立ち上げました。
エマ・B・ホドクロフト
エマ・ホドクロフト
生まれ 1986年 ノルウェー
教育
テキサスクリスチャン大学（TCU）、エディンバラ大学
両親
ケン・ホドクロフト（父）
エレン・ルイーズ・ボイヤー（母）
Webサイト
emmahodcroft .com
Nextstrainの研究は、COVID-19のパンデミックの間に世界的に有名になり、科学やメディアの報道で広く引用されています。 世界中でウイルスの蔓延を追跡している科学者として、ホドクロフトは、初期のパンデミックが国から国へとどのように広がったか、季節性の可能性、懸念される亜種の蔓延と蔓延。
コンテンツ
1 初期の人生と教育
2 研究とキャリア
2.1 HIV 2.2 Nextstrain 2.3 SARS-CoV-2
3 論文
4 プレゼンテーション
5 賞
6 参考文献
初期の人生と教育
ホドクロフトはノルウェーで、アメリカ人の母親であるエレン・ルイーズ・ボイヤーとイギリス人の父親であるケン・ホドクロフトの間に生まれました。彼女の両親が離婚した後、彼女と彼女の2人の若い兄弟は、テキサスとスコットランドの間で1年を分けました。
Hodcroftは、テキサスクリスチャン大学（TCU）で生物学の学士号を取得しました。彼女はジョン・ホーナー教授と協力して、食虫性のサラセニア・アラタ食虫植物を研究し、地理的に異なる植物集団間の遺伝的変異を研究しました。この研究は、種間で一般的であると考えられているクローンの繁殖が実際には非常に低いことを示しました。
その後、ホドクロフトはエジンバラ大学で修士号を取得しました。彼女の論文は、組織の種類、期間、および免疫関連機能と非免疫関連機能の間の変化率を比較することにより、ショウジョウバエの適応選択の証拠を探しました。
ホドクロフトは博士号を取得しました。アンドリュー・リー・ブラウン教授とエジンバラで。彼女の論文は、 HIVのウイルス量に影響を与える系統発生要因を研究しました。彼女の論文の3分間の要約は、3分間の論文コンペティションで学校および国レベルの賞を受賞し、世界的なコンペティションで3位になりました。
研究とキャリア
Hodcroftの研究は、病原体の遺伝的変化と、それらが病気や疫学的ダイナミクスに与える影響を追跡する計算手法に焦点を当てています。彼女は現在、RichardNeherと共にNextstrainに取り組んでいるポスドクです。
HIV
Hodcroftの博士課程では、 HIVのウイルス量に影響を与える系統発生要因を研究し、英国の8，500のHIVサンプルの遺伝子配列を分析しました。彼女は、HIV B株の変動が患者のウイルス量の変動のごく一部にしか関与していないのに対し、HIVC株はウイルス量に対してより大きなウイルス影響を示したことを発見しました。 彼女は、PANGEA_HIVイニシアチブで最初のポスドクを務め、リー・ブラウン教授の研究室で継続しました。Hodcroftは、サハラ南部で開発されたアフリカでのHIV流行のシミュレーションのために、確率論的なエージェントベースモデルを開発しました。
Nextstrain
Hodcroftは、Nextstrainプロジェクトの開発者であり、 SARS-CoV-2およびその他の病原体の伝達連鎖を追跡するオープンサイエンスプロジェクトです。彼女の仕事には、Nextstrainを拡張して、ウイルスよりもはるかに大きなゲノムを持つ細菌性病原体を効率的に分析することが含まれていました。
その後、ホドクロフトの研究は、急性弛緩性脊髄炎と呼ばれるポリオ様障害の発生に関係するウイルスであるエンテロウイルスD68に焦点を当てました。作業は、病原体の進化、地理的広がり、および人口統計学的分布の系統発生分析を公開することで最高潮に達しました。
SARS-CoV-2
COVID-19のパンデミックの間、ウイルスのダイナミクスに対する科学的および一般の関心が急上昇しました。Hodcroftは、Nextstrainでの発生の継続的な分析を維持し、SARS-CoV-2の亜種を追跡するための新しいサイトを開始し、発生のダイナミクスを一般に説明することに多大な貢献をしました。 世界中でウイルスの蔓延を追跡している科学者として、Hodcroftは、初期のパンデミックが国から国へとどのように広がったかなど、複数のトピックについて発表し、引用されています。季節性の可能性、および懸念される変異株の蔓延と広がり。
パンデミックの初期に、ホドクロフトは、シンガポールからの一人の旅行者が英国での事件の発疹を引き起こす可能性があることに興味をそそられました。彼女は、シンガポールの旅行者からスイスのスキーシャレーの仲間のゲスト、英国での発生までの広がりを追跡するインフォグラフィックをTwitterに投稿しました。同僚は彼女が作品を公開することを提案し、彼女は2月26日に記事を投稿し、翌日スイスメディカルウィークリーに公開されました。
その後の数か月間、系統発生分析とNextstrainのようなオープンサイエンスプラットフォームが、流行を理解するための取り組みにおいて重要な役割を果たしました。この研究は、感染パターンを理解し、主要な突然変異を追跡し、流行の拡大の速度を推定するのに役立ちました。 2020年10月、HodcroftとNextstrainチームは、英国で新たな波を引き起こす緊張がスペインで最初に出現したことを示す分析を発表しました。これは、スペインへの休暇旅行とスペインからの休暇旅行が発生の原因である可能性が高いことを示しています。 Hodcroftは、懸念される変異株の出現をよりよく理解するために、競合するSARS-CoV-2株の歴史について発表しました。 Hodcroftは、世界中からの大量のゲノムデータの収集、分析、エラーチェック、および注釈付けの24時間体制の性質について書いています。
2021年3月、Hodcroftは、科学界がウイルスの亜種をより速く追跡する方法についてのNatureの解説の筆頭著者でした。、データ共有のルールとインセンティブの改善、中堅学者のインセンティブの再考、大量のデータを分析するという課題への対応など、「バイオインフォマティクスのボトルネックを修正する」方法を推奨しています。そのようなボリュームのデータを報告します。 SARS-CoV-2の遺伝子追跡の多くは、公衆衛生当局によって行われたのではなく、パンデミックの取り組みを支援するために独自の研究を取っておいた中途採用の学者によって行われたことが指摘されました。は、科学界にこれらの研究者へのインセンティブを再考するよう求めたので、彼らの努力は彼らのキャリアを後退させませんでした。同様に、、データ共有を標準化する方法を見つけ、研究者が自分の発見を先取りすることなく公開前にデータを共有できるようにすることをコミュニティに求めました。
2020年に、彼女はSARS-CoV-2バリアントを追跡するプロジェクトであるCoVariants.orgを立ち上げました。
Hodcroftは、ソーシャルメディアとマスコミの両方でサイエンスコミュニケーターとしても登場しています。彼女はウイルスの感染に関する記事で引用されており、ウイルスが人為的に作成されたという陰謀説を暴き、ウイルスの拡散における休暇旅行の役割と出現の影響について説明しています。懸念の変種。
論文
2021年3月の時点で、Hodcroftは23の論文で共著者として指名されています：
8 SARS-CoV-2について（2020-2021）
1「8月：ヒト病原体の系統発生分析のためのバイオインフォマティクスツールキット」（2021）
3エンテロウイルスD68について（2019-2020）
9 HIVについて（2014-2020）
1サラセニアアラタについて（2014）
1系統発生クラスターの自動分析について（2013）。
プレゼンテーション
ホドクロフトは、ワシントン州シアトルで開催されたレトロウイルスと日和見感染症会議（CROI）2012、ジョージア州アトランタで開催されたCROI 2013、および英国ノッティンガムで開催された第45回人口遺伝学グループ会議を含む多くの会議でHIVに関する研究を発表しました。ノースカロライナ州アッシュビルで開催された第19回、第20回、第21回HIVダイナミクスおよび進化会議。オランダ、ユトレヒト; アリゾナ州ツーソン。
賞
2014年の3分間の論文コンテストへのHodcroftのエントリー、「HIVのいくつかの株は、他の株よりも早く病気になりますか？」「3MinuteThesisCompetition」のエジンバラ大学決勝で一等賞と「ピープルズチョイス」賞を受賞しました。プレゼンテーションのビデオは、 2014年に世界規模のUniversitas21コンテストで3位になりました。
Hodcroftが共同開発したNextstrainツールは、 2020年5月にWebby Special AchievementAwardを受賞しました。
2021年3月、ニューヨークタイムズ紙はホドクロフトを科学の女性のための「リーダーシップの風景を変える」新世代の科学者として挙げました。
参考文献
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