GATAジンクフィンガー

GATA_zinc_finger
。 分子生物学では、GATA亜鉛フィンガーは、多くの転写因子（赤芽球特異的転写因子および窒素調節タンパク質を含む）に見られる亜鉛含有ドメインです。このクラスのジンクフィンガーの一部のメンバーは、遺伝子の調節領域にあるDNA配列（A / T）GATA（A / G）に特異的に結合し、ドメインの名前を生み出します。これらのドメインでは、単一の亜鉛イオンが4つのシステイン残基によって配位されています。 NMR 研究によると、Znfのコアは、2つの不規則な逆平行ベータシートとアルファヘリックスで構成され、その後に指のC末端への長いループが続きます。らせんを含むN末端部分は、糖質コルチコイド受容体DNA結合ドメインのN末端亜鉛モジュールと構造は似ていますが、配列は似2つのベータシートを接続するらせんとループはDNAの主溝と相互作用し、C末端テールは副溝に巻き付きます。ZnfとDNAの間の相互作用は主に疎水性であり、結合部位におけるチミンの優勢を説明しています。リン酸骨格との多数の相互作用も観察されています。 2つのGATAジンクフィンガーがGATAファミリー転写因子に見られます。ただし、ドメインの単一のコピーのみを含むいくつかのタンパク質が多くのGATAタイプのZnfs（タンパク質GATAD2BおよびMTA1に見られるものなど）がDNA結合ドメインであることが実験的に実証されていないことも注目に値します。さらに、いくつかのGATAタイプのZnfsは、タンパク質認識ドメインとして機能することが実証されています。たとえば、GATA1のN末端Znfは、転写コレギュレーターFOG1（ZFPM1 ）のジンクフィンガーに特異的に結合します。
GATAジンクフィンガー
タンパク質認識モチーフとしてのジンクフィンガー：gata-1 / friendofgata相互作用の構造的基礎
識別子
シンボルATA Pfam F00320
Pfam氏族L0167 InterPro PR000679 PROSITE DOC00300 SCOP2
1gat / SCOPe / SUPFAMCDD d00202
利用可能なタンパク質構造：
Pfam  
構造/ ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsum 構造の概要

参考文献
^ 山本M、Ko LJ、Leonard MW、Beug H、Orkin SH、Engel JD（1990年10月）。「転写因子NF-E1多重遺伝子ファミリーの活性と組織特異的発現」。GenesDev。4（10）：1650–62。土井：10.1101/gad.4.10.1650。PMID2249770 。_ ^ Evans T、Felsenfeld G（1989年9月）。「赤血球特異的転写因子Eryf1：新しいフィンガータンパク質」。セル。58（5）：877–85。土井：10.1016 / 0092-8674（89）90940-9。PMID2776214。_ S2CID46374550。_    ^ Omichinski JG、Clore GM、Schaad O、Felsenfeld G、Trainor C、Appella E、Stahl SJ、Gronenborn AM（1993年7月）。「GATA-1のZn含有DNA結合ドメインの特定のDNA複合体のNMR構造」。科学。261（5120）：438–46。Bibcode：1993Sci…261..438O。土井：10.1126/science.8332909。PMID8332909。_   ^ Liew CK、Simpson RJ、Kwan AH、Crofts LA、Loughlin FE、Matthews JM、Crossley M、Mackay JP。「タンパク質認識モチーフとしてのジンクフィンガー：GATA-1/GATA相互作用の友人の構造的基盤」。PNASUSA。102（3）：583–8。Bibcode：2005PNAS..102..583L。土井：10.1073/pnas.0407511102。PMC545545。_ PMID15644435。_   
には、パブリックドメインの Pfamと InterProからのテキストが組み込まれています：
IPR000679

外部リンク
PlantTFDBのGATAファミリー：植物転写因子データベース