HgcC_family_RNA
HgcCは小さな非コード RNA (ncRNA) です。タンパク質に翻訳されない遺伝子の機能産物です。
HgcC ファミリー RNAHgcCの 測
される二次構造と配列保存 識別子
シンボル HgcC ラファム RF00062 その他のデータ RNA型 遺伝子
ドメイン
古細菌
それで SO:0000655 PDB構造 PDBe この ncRNA 遺伝子は、元々、好熱性古細菌 Methanococcus jannaschii のゲノムをコンピュータで検索してグアニン-シトシン(GC) 含有量の高い非コード領域を検索することによって同定されました。この検索の元の理論的根拠は、これらの細菌のゲノムはアデノシン-チアミン (AT) が豊富であり、その結果 GC 含有量が低いという観察に基づいていました。ただし、超好熱菌のリボソーム RNA (rRNA) およびトランスファー RNA (tRNA) 遺伝子の GC 含有量は、最適な成長温度と強い相関関係を示しています。 GC含有量の高い非コード領域が機能的RNA産物をコードしている可能性があることが提案されました。コンピューターによるスクリーニングにより、 M.jannaschiiのゲノムにある多数の新規 ncRNA 遺伝子が特定されました。これらは hgc- (「高 GC」) A、B、C、D、E、F、およびGと名付けられました。「hgcCのホモログ」の後にHhcAおよびHhcBと呼ばれる2つの他のホモログが検出されました。さらなる RNA 要素であるSscA RNAも同定されました。
HgcC 遺伝子産物は、ノーザンブロットおよびRACE-PCR分析によって実験的に検証されました。この ncRNA の機能は不明です。
参考文献
^ Klein RJ、Misulovin Z、Eddy SR (2002). 「ATに富む超好熱菌で同定された非コードRNA遺伝子」 . 議事録 国立 アカデミー。科学。米国。99 (11): 7542–7547. ビブコード: 2002PNAS…99.7542K . ドイ: 10.1073/pnas.112063799 . PMC 124278 . PMID 12032319。
^ガルティエ N、ロブリー JR (1997)。「原核生物におけるゲノム G+C 含有量、RNA 二次構造、および最適増殖温度の関係」. Ｊ．Ｍｏｌ．エボル。44 (6): 632–636. ビブコード: 1997JMolE..44..632G . ドイ: 10.1007/PL00006186 . PMID 9169555。S2CID 19054315 .
外部リンク
RfamのHgcCファミリーRNAのページ
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