KDM1A
LSDまたは
リゼルギン酸ジエチルアミド
と混同しないでください リジン（K）特異的デメチラーゼ1A（KDM1A）としても知られるリジン特異的ヒストンデメチラーゼ1A （LSD1）は、KDM1A遺伝子によってコードされるヒトのタンパク質です。 LSD1はフラビン依存性モノアミンオキシダーゼであり、モノメチル化およびジメチル化リジン、特にヒストン3、リジン4および9（H3K4およびH3K9）を脱メチル化することができます。この酵素は、胚発生および組織特異的分化、ならびに卵母細胞の成長に重要な役割を果たす可能性がKDM1Aは、30以上が報告されていますが、発見された最初のヒストンデメチラーゼでした。 KDM1A 利用可能な構造 PDB オーソログ検索：PDBe RCSB
PDBIDコードのリスト
2COM、2DW4、2EJR、2H94、2HKO、2IW5、2L3D、2UXN、2UXX、2V1D、2X0L、2XAF、2XAG、2XAH、2XAJ、2XAQ、2XAS、2XAJ、2XAQ、2XAS、2Y48 _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 3ZMZ、3ZN0、3ZN1、4BAY、4CZZ、4KUM、4UV8、4UV9、4UVA、4UVB、4UVC、4UXN、5AFW、5L3D、5L3B、5IT3、5L3C、4XBF _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
識別子
エイリアス
KDM1A、AOF2、BHC110、KDM1、LSD1、CPRF、リジンデメチラーゼ1A
外部ID
OMIM：609132 MGI：1196256 HomoloGene：32240 GeneCards：KDM1A
遺伝子の位置（ヒト） Chr。 1番染色体（ヒト）
バンド 1p36.12 始める
23，019，443 bp
終わり
23，083，689 bp
遺伝子の位置（マウス） Chr。 4番染色体（マウス）
バンド
4 D3 | 4 68.8 cM
始める
136，277，851 bp
終わり
136，330，034 bp
RNA発現パターン Bgee トップ表現
神経節の卓越性
子宮内膜の間質細胞
下垂体前葉
右卵管
子宮頸管
小唾液腺
左卵管
小脳半球
腹部の皮膚
平滑筋組織
その他の参照発現データ BioGPS 該当なし
遺伝子オントロジー
分子機能
DNA結合
テロメアリピートを含むRNA結合
デメチラーゼ活性
テロメアDNA結合
フラビンアデニンジヌクレオチド結合
p53バインディング
GO：0001948タンパク質結合
アンドロゲン受容体結合
核内受容体コアクチベーター活性
ヒストンH3-メチル-リジン-4デメチラーゼ活性
オキシドレダクターゼ活性
クロマチン結合
ヒストンデアセチラーゼ活性
ヒストンデメチラーゼ活性
酵素結合
MRFバインディング
転写因子の結合
ヒストンH3-メチル-リジン-9デメチラーゼ活性
細胞成分
DNA修復複合体
核質 核 転写調節因子複合体
タンパク質含有複合体
生物学的プロセス
転写の調節、DNAテンプレート
p53クラスメディエーターによるDNA損傷に応答した内因性アポトーシスシグナル伝達経路の負の調節
相同組換えによる二本鎖切断修復の調節
UVに対する細胞応答
ヒストンH3-K4脱メチル化
RNAポリメラーゼIIによる転写の調節
DNA結合の負の調節
タンパク質の脱メチル化
DNA結合転写因子活性の正の調節
血液凝固
タンパク質結合の負の調節
DNA結合転写因子活性の負の調節
転写、DNAテンプレート
多細胞生物の発達
DNA損傷応答の負の調節、p53クラスメディエーターによるシグナル伝達
ヒストンユビキチン化の正の調節
ガンマ線に対する細胞の反応
転写の負の調節、DNAテンプレート
RNAポリメラーゼIIによる転写の正の調節
スプライセオソームを介した選択的mRNAスプライシング
大脳皮質の発達
細胞サイズの正の調節
有機環状化合物への応答
グアニン代謝プロセス
cAMPに対する細胞応答
クロマチン結合の正の調節
ヒストン脱アセチル化
ニューロン投射発達の正の調節
ニューロンの成熟
殺菌剤への反応
RNAポリメラーゼIIによる転写の負の調節
ヒストンH3-K9脱メチル化
筋肉細胞の発達
クロマチン構成
神経芽細胞増殖の正の調節
ヒストンH3-K4メチル化の負の調節
ヒストンH3-K9メチル化の負の調節
寒冷誘発熱発生の正の調節
神経前駆細胞増殖の正の調節
幹細胞増殖の正の調節
出典：Amigo / QuickGO
オーソログ
種族
人間
ねずみEntrez23028 99982 Ensembl ENSG00000004487 ENSMUSG00000036940 UniProt O60341 Q6ZQ88
RefSeq（mRNA）
NM_001009999 NM_015013 NM_001363654
NM_133872 NM_001347221 NM_001356567
RefSeq（タンパク質）
NP_001009999 NP_055828 NP_001350583
NP_001334150 NP_598633 NP_001343496
場所（UCSC）
Chr 1：23.02 – 23.08 Mb
Chr 4：136.28 – 136.33 Mb
PubMed検索
ウィキデータ
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コンテンツ
1 構造
2 関数
3 相互作用
4 臨床的な意義
5 突然変異
6 も参照してください
7 参考文献
8 外部リンク
構造
この遺伝子は、SWIRMドメイン、 FAD結合モチーフ、およびアミンオキシダーゼドメインを含む核タンパク質をコードします。このタンパク質は、ヒストンデメチラーゼとして機能することにより遺伝子をサイレンシングしますが、いくつかのヒストンデメチラーゼ複合体の成分です。
関数
KDM1としても知られるLSD1（リジン特異的デメチラーゼ1）は、発見されたいくつかのタンパク質リジンデメチラーゼの最初のものです。LSD1は、FADに依存する酸化反応により、ヒストンH3K4me2をH3K4me1またはH3K4me0に特異的に除去します。アンドロゲン受容体（そしておそらく他の核ホルモン受容体）と複合体を形成するとき、LSD1はその基質をH3K9me2に変えます。現在、LSD1複合体は、複合体のヒストン修飾リーダーだけでなく、酵素活性を介して調整されたヒストン修飾スイッチを仲介することが知られています。
KDM1A遺伝子の機能は、独立した検証に基づくsiRNAノックダウンによって効果的に調べることができます。
相互作用
KDM1Aには多くの異なる結合パートナーがあり、脱メチル化活性に必要な場合が急性骨髄性白血病（AML）では、GFI1Bが疾患の増殖に必要なKDM1Aとの相互作用を維持することが明確に示されました。特定の癌の進行を促進する上での核GSK3βとのKDM1A相互作用の役割の証拠も存在します。高レベルの核GSK3βは、KDM1Aの脱ユビキチン酵素USP22への結合を促進し、KDM1Aの分解を防ぎ、高レベルでの蓄積を引き起こすことがわかりました。KDM1Aの蓄積は、膠芽腫、白血病、骨肉腫などの特定の癌における腫瘍の進行と相関しています。
臨床的な意義
KDM1Aは、精子と卵子が一緒になって接合子を作るときに発生するエピジェネティックな「再プログラミング」において重要な役割を果たしているようです。 KDM1Aの遺伝子の欠失は、胚性幹細胞の成長と分化に影響を与える可能性がマウス胚の欠失は致命的です。胚は7。5日目以降は進行しません。 KDM1Aはまた、癌において役割を果たすと考えられている。なぜなら、より悪い結果はこの遺伝子のより高い発現と相関している可能性があるからである。 したがって、KDM1Aの阻害は癌の可能な治療法である可能性が KDM1Aは、膀胱がん、肺がん、結腸直腸がんなどの特定のがんの腫瘍細胞で過剰発現する傾向がこれらの癌におけるKDM1Aの過剰発現の特異性は、KDM1A特異的siRNAの使用を通じて、標的分子療法治療の可能性を生み出します。
突然変異
KDM1Aへのdenovo突然変異は、3人の患者で報告されており、それぞれが突然変異に部分的に起因すると考えられている発達遅延を持っています。 文書化されている突然変異はすべて、ミスセンス置換です。 影響を受けた家族の1人は、さらなる症例を特定するために公開ウェブサイトを作成しました。
も参照してください
ヒストンのメチル化
参考文献
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外部リンク
リジン+特異的+デメチラーゼ+1、+米国国立医学図書館の医学主題見出し（MeSH）のヒト
PDB for UniProtで利用可能なすべての構造情報の概要： PDBe -KBのO60341（リジン特異的ヒストンデメチラーゼ1A）。
には、パブリックドメインにある米国国立医学図書館のテキストが組み込まれています。