KDM4A – 日本の辞書

KDM4A
リジン特異的デメチラーゼ4Aは、ヒトではKDM4A遺伝子によってコードされる酵素です。 KDM4A 利用可能な構造 PDB オーソログ検索：PDBe RCSB
PDBIDコードのリスト
2GF7、2GFA、2GP3、2GP5、2OQ6、2OQ7、2OS2、2OT7、2OX0、2P5B、2PXJ、2Q8C、2Q8D、2Q8E、2QQR、2QQS、2VD7、2WWJ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 4AI9、4BIS _ _、4GD4、4URA、4V2V、4V2W、5D6X、5F5I、5A7S、5F2S、5A7N、5A7Q、5A7O、5F2W、5D6W、5F32、5FPV、5A7P、5F _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _、5FYC、5FYI、5FY8、5FWE、5ANQ、5FYH _ _
識別子
エイリアス
KDM4A、JHDM3A、JMJD2、JMJD2A、TDRD14A、リジンデメチラーゼ4A
外部ID
OMIM：609764 MGI：2446210 HomoloGene：27780 GeneCards：KDM4A
遺伝子の位置（ヒト） Chr。 1番染色体（ヒト）
バンド
1p34.2-p34.1
始める
43，650，149 bp
終わり
43，705，518 bp
遺伝子の位置（マウス） Chr。 4番染色体（マウス）
バンド
4 D2.1 | 4 54.31 cM
始める
117，994，154 bp
終わり
118，037，240 bp
RNA発現パターン Bgee トップ表現
神経節の卓越性
直腸
左副腎
ランゲルハンス島
子宮内膜の間質細胞
平滑筋組織
骨髄細胞
腹部の皮膚
十二指腸
単球
その他の参照発現データ BioGPS その他の参照発現データ
遺伝子オントロジー
分子機能
ジオキシゲナーゼ活性
金属イオン結合
メチル化ヒストン結合
GO：0001948タンパク質結合
ヒストンH3-メチル-リジン-36デメチラーゼ活性
オキシドレダクターゼ活性
ユビキチンタンパク質リガーゼ結合
ヒストンH3-メチル-リジン-9デメチラーゼ活性
亜鉛イオン結合
ヒストンデメチラーゼ活性
GO：00001078、GO：0001214、GO：0001206 DNA結合転写リプレッサー活性、RNAポリメラーゼII特異的
クロマチン結合
細胞成分
核質
線維中心
サイトゾル核ペリセントリックヘテロクロマチン
細胞質
ヒストンメチルトランスフェラーゼ複合体
生物学的プロセス
ヒストンの脱メチル化
転写の調節、DNAテンプレート
遺伝子発現の負の調節
転写、DNAテンプレート
GO：0022415ウイルスプロセス
転写の負の調節、DNAテンプレート
オートファジーの負の調節
ヒストンH3-K9脱メチル化
ヒストンH3-K36脱メチル化
クロマチン構成
RNAポリメラーゼIIによる転写の負の調節
遺伝子発現の正の調節
ストレスに反応した心筋肥大
栄養レベルへの反応
ニューロン分化の正の調節
星状細胞分化の負の調節
細胞死の負の調節
ヒストンH3-K9トリメチル化の負の調節
クロマチンリモデリング
出典：Amigo / QuickGO
オーソログ
種族
人間
ねずみEntrez9682 230674 Ensembl ENSG00000066135 ENSMUSG00000033326 UniProt O75164 Q8BW72
RefSeq（mRNA）NM_014663 NM_001161823 NM_172382
RefSeq（タンパク質）NP_055478 NP_001155295 NP_759014
場所（UCSC）
Chr 1：43.65 – 43.71 Mb
Chr 4：117.99 – 118.04 Mb
PubMed検索
ウィキデータ

人間の表示/
マウスの表示/編集

関数
この遺伝子は、Jumonjiドメイン2（JMJD2）ファミリーのメンバーであり、JmjNドメイン、JmjCドメイン、JD2Hドメイン、2つのTUDORドメイン、および2つのPHDタイプのジンクフィンガーを持つタンパク質をコードします。この核タンパク質は、α-ケトグルタル酸依存性ヒドロキシラーゼスーパーファミリーに属しています。これは、トリメチル化特異的デメチラーゼとして機能し、ヒストンH3リジン9および36残基の特定のトリメチル化ヒストンをジメチル化型に変換し、リジン9ジメチル化残基をモノメチルに変換し、転写抑制因子として機能します。
この遺伝子の変化は、癌につながる染色体の不安定性に関連していることがわかっています。
ヒトでは、癌遺伝子または癌関連遺伝子としてのKdm4aの役割は十分に確立されています。それは、過剰発現される前立腺腫瘍に関係しており、結腸癌細胞の細胞増殖を刺激し、腫瘍自体の形成を促進します。 Kdm4aも過剰発現している肺がん細胞株では、他の腫瘍遺伝子（ Rasなど）と協調して、 p53などの腫瘍抑制経路を阻害することにより正常細胞をがん細胞に変換します。乳がん細胞株におけるKdm4aの抑制は、細胞周期の停止を通じてがん細胞の増殖を抑制し、腫瘍の移動と浸潤を減少させることが示されています。
マウスモデルでは、Kdm4aは胚の着床に至るまでのさまざまなプロセスに影響を与えます。この遺伝子の発現は、視床下部、下垂体、卵巣、卵管、子宮、および胚の発達を含む、女性の生殖器系に重要なすべての組織で観察されます。雌マウスにおけるこの遺伝子のノックアウトは、胚盤胞を受け入れて移植するのに適した母体の子宮環境の維持を否定的に妨害することが示されています。また、着床前の雌マウスの子犬の初期胚発生を妨害し、不妊症を引き起こします。正常な排卵と受精のメカニズムは影響を受けませんが、不妊症は、妊娠の過程で重要なホルモンであるプロラクチンのレベルの低下が原因の一部である可能性もKdm4aのノックアウトは、オスの子犬の出生力や生存率に影響を与えません。

参考文献
^ GRCh38：Ensemblリリース89：ENSG00000066135 – Ensembl、2017年5月 ^ GRCm38：Ensemblリリース89：ENSMUSG00000033326 – Ensembl、2017年5月 ^ 「HumanPubMedリファレンス：」。国立バイオテクノロジー情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウスPubMedリファレンス：」。国立バイオテクノロジー情報センター、米国国立医学図書館。
^ 石川K、長瀬T、須山M、宮島N、田中A、小谷H、野村N、大原O（1998年6月）。「未確認のヒト遺伝子のコード配列の予測。X。invitroで大きなタンパク質をコードできる脳からの100個の新しいcDNAクローンの完全な配列」。DNAリサーチ。5（3）：169–76。土井：10.1093 / dnares/5.3.169。PMID9734811。_ ^ 加藤M、加藤M。「インシリコでのJMJD2ファミリー遺伝子の同定と特性評価」。腫瘍学の国際ジャーナル。24（6）：1623–8。土井：10.3892/ijo.25.3.759。PMID15138608。_ ^ “Entrez Gene：2Aを含むJMJD2Ajumonjiドメイン”。
^ Black JC、Manning AL、Van Rechem C、Kim J、Ladd B、Cho J、Pineda CM、Murphy N、Daniels DL、Montagna C、Lewis PW、Glass K、Allis CD、Dyson NJ、Getz G、Whetstine JR（ 2013）。「KDM4Aリジンデメチラーゼは、腫瘍で増幅された領域の部位特異的コピーゲインと再複製を誘導します」。セル。154（3）：541–55。土井：10.1016/j.cell.2013.06.051。PMC3832053。_ PMID23871696。_ ^ Cloos、Paul A; クリステンセン、ジェスパー; アガー、カール; マヨリカ焼き、アレッシオ; ラップシルバー、ジュリ; トーベン、アンタル; ハンセン、クラウスH; ヘリン、クリスチャン（2006年5月28日）。「推定上の癌遺伝子GASC1は、ヒストンH3上のトリおよびジメチル化リジン9を脱メチル化します」。自然。442（2006）：307–311。Bibcode：2006Natur.442..307C。土井：10.1038/nature04837。PMID16732293。_ S2CID2874903。_ ^ キム、テドン; シン、スク; ベリー、ウィリアムL .; ああ、サンフィル。Janknecht、ラルフ（2011年12月1日）。「JMJD2Aデメチラーゼは結腸癌細胞のアポトーシスと増殖を調節します」。Journal ofCellularBiochemistry。113（4）：1368–1376。土井：10.1002/jcb.24009。PMID22134899。_ S2CID25318400。_ ^ マレット、フレデリックA .; リチャード、ステファン（2012年11月15日）。「JMJD2Aは腫瘍抑制因子CHD5の転写抑制を介して細胞老化をブロックすることにより細胞の形質転換を促進します」。CellReports。2（5）：1233–1243。土井：10.1016/j.celrep.2012.09.033。PMID23168260。_ ^ Li、Bei-Xu; 張明昌; Luo、Cheng-Liang; ヤン、ペン; 李、ホイ; Xu、Hong-Mei; Xu、Hong-Fei; シェン、イーウェン; Xue、Ai-Min; 趙、Zi-Qin（2011年10月3日）。「invitroでのヒト乳癌細胞株MDA-MB-231に対するJMJD2AのRNA干渉媒介遺伝子サイレンシングの効果」。Journal of Experimental＆ClinicalCancerResearch。30（2011）：90 . doi：10.1186/1756-9966-30-90。PMC3215938。_ PMID21962223。_ ^ Sankar、Aditya; Kooistra、Susanne Marije; ゴンザレス、ハビエル・マーティン; Ohlsson、Claes; Poutanen、Matti; ヘリン、クリスチャン（2017）。「ヒストンデメチラーゼKdm4aの母体発現は、着床前の発達に重要です」。開発。144（2017）：3264–3277。土井：10.1242/dev.155473。PMID28827393。_

参考文献
Bonaldo MF、Lennon G、Soares MB（1996年9月）。「正規化と減算：遺伝子発見を容易にする2つのアプローチ」。ゲノム研究。6（9）：791–806。土井：10.1101/gr.6.9.791。PMID8889548 。_
Yoon HG、Chan DW、Reynolds AB、Qin J、Wong J。「N-CoRはメチルCpG結合タンパク質Kaisoを介してDNAメチル化依存性抑制を仲介します」。分子細胞。12（3）：723–34。土井：10.1016/j.molcel.2003.08.008。PMID14527417 。_
Brandenberger R、Wei H、Zhang S、Lei S、Murage J、Fisk GJ、Li Y、Xu C、Fang R、Guegler K、Rao MS、Mandalam R、Lebkowski J、Stanton LW。「トランスクリプトームの特性評価は、ヒトES細胞の成長と分化を制御するシグナル伝達ネットワークを解明します」。ネイチャーバイオテクノロジー。22（6）：707–16。土井：10.1038/nbt971。PMID15146197 。_ S2CID27764390 。_
鈴木恭子、山下亮、城田正明、榊原恭子、千葉淳、水島菅野淳、中井晃、菅野晋。「ヒトとマウスの遺伝子の配列比較により、プロモーター領域の相同ブロック構造が明らかになりました」。ゲノム研究。14（9）：1711–8。土井：10.1101/gr.2435604。PMC515316 。_ PMID15342556 。_
グレイSG、イグレシアスAH、リスカノF、ビジャヌエバR、カメロS、ジングH、テBT、コイブチN、チンWW、コッコトウE、ダンゴンドF。「ヒストンデアセチラーゼおよび網膜芽細胞腫結合タンパク質であるJMJD2Aの機能的特徴」。Journal ofBiologicalChemistry。280（31）：28507–18。土井：10.1074/jbc.M413687200。PMID15927959 。_
Zhang D、Yoon HG、Wong J。「JMJD2Aは新規のN-CoR相互作用タンパク質であり、ヒト転写因子achaete scute-likeホモログ2（ASCL2 / Hash2）の抑制に関与しています」。分子生物学および細胞生物学。25（15）：6404–14。土井：10.1128/MCB.25.15.6404-6414.2005。PMC1190321 。_ PMID16024779 。_
Tao WA、Wollscheid B、O’Brien R、Eng JK、Li XJ、Bodenmiller B、Watts JD、Hood L、Aebersold R。「デンドリマー共役化学とタンデム質量分析を使用した定量的ホスホプロテオーム分析」。ネイチャーメソッズ。2（8）：591–8。土井：10.1038/nmeth776。PMID16094384 。_ S2CID20475874 。_
キムJ、ダニエルJ、エスペホA、レイクA、クリシュナM、シアL、チャンY、ベッドフォードMT。「チューダー、MBT、クロモドメインはリジンのメチル化の程度を測定します」。EMBOレポート。7（4）：397–403。土井：10.1038/sj.embor.7400625。PMC1456902 。_ PMID16415788 。_
Huang Y、Fang J、Bedford MT、Zhang Y、Xu RM。「JMJD2AのダブルチューダードメインによるヒストンH3リジン-4メチル化の認識」。科学。312（5774）：748–51。Bibcode：2006Sci…312..748H。土井：10.1126/science.1125162。PMID16601153 。_ S2CID20036710 。_
Whetstine JR、Nottke A、Lan F、Huarte M、Smolikov S、Chen Z、Spooner E、Li E、Zhang G、Colaiacovo M、Shi Y。「ヒストンデメチラーゼのJMJD2ファミリーによるヒストンリジントリメチル化の逆転」。セル。125（3）：467–81。土井：10.1016/j.cell.2006.03.028。PMID16603238 。_
Chen Z、Zang J、Whetstine J、Hong X、Davrazou F、Kutateladze TG、Simpson M、Mao Q、Pan CH、Dai S、Hagman J、Hansen K、Shi Y、Zhang G。「JMJD2ファミリーメンバーによるヒストン脱メチル化への構造的洞察」。セル。125（4）：691–702。土井：10.1016/j.cell.2006.04.024。PMID16677698 。_
Klose RJ、Yamane K、Bae Y、Zhang D、Erdjument-Bromage H、Tempst P、Wong J、Zhang Y。「転写抑制因子JHDM3AはトリメチルヒストンH3リジン9とリジン36を脱メチル化します」。自然。442（7100）：312–6。Bibcode：2006Natur.442..312K。土井：10.1038/nature04853。PMID16732292 。_ S2CID4399312 。_
シンS、ヤンクネヒトR。「ヒストンデメチラーゼJMJD2AおよびJMJD2Dによるアンドロゲン受容体の活性化」。生化学的および生物物理学的研究コミュニケーション。359（3）：742–6。土井：10.1016/j.bbrc.2007.05.179。PMID17555712 。_
Chen Z、Zang J、Kappler J、Hong X、Crawford F、Wang Q、Lan F、Jiang C、Whetstine J、Dai S、Hansen K、Shi Y、Zhang G。「JMJD2Aによるメチル化ヒストンテールの認識の構造的基礎」。アメリカ合衆国科学アカデミー紀要。104（26）：10818–23。Bibcode：2007PNAS..10410818C。土井：10.1073/pnas.0704525104。PMC1891149 。_ PMID17567753 。_
Ng SS、Kavanagh KL、McDonough MA、Butler D、Pilka ES、Lienard BM、Bray JE、Savitsky P、Gileadi O、von Delft F、Rose NR、Offer J、Scheinost JC、Borowski T、Sundstrom M、Schofield CJ、Oppermann U。「ヒストンデメチラーゼJMJD2Aの結晶構造は、基質特異性の基礎を明らかにします」。自然。448（7149）：87–91。Bibcode：2007Natur.448…87N。土井：10.1038/nature05971。PMID17589501 。_ S2CID4331492 。_
Lee J、Thompson JR、Botuyan MV、Mer G。「異なる結合モードは、JMJD2A-tudorによるメチル化ヒストンH3K4およびH4K20の認識を指定します」。自然構造および分子生物学。15（1）：109–11。土井：10.1038/nsmb1326。PMC2211384 。_ PMID18084306 。_
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