NAMD
Nanoscale Molecular Dynamics ( NAMD、以前の Not Another Molecular Dynamics Program ) は、 Charm++並列プログラミング モデルを使用して作成された、分子動力学シミュレーション用のコンピューターソフトウェアです。並列効率が高く、大規模なシステム (数百万原子)のシミュレーションによく使用されます。これは、イリノイ大学アーバナ シャンペーン校の理論および計算生物物理学グループ (TCB) と並列プログラミング研究所 (PPL) の共同作業によって開発されました。
ナノスケール分子動力学
開発者
イリノイ大学アーバナ シャンペーン校: 理論および計算生物物理学グループ (TCB)、並列プログラミング研究所 (PPL)
初回リリース
1995年; 28年前 ( 1995 )
安定版リリース
2.14 / 2020 年 8 月 5 日; 2年前 （ 2020-08-05 )
リポジトリ
gitlab.com/tcbgUIUC/namd _ _ _
で書かれている ++ オペレーティング·システム
クロスプラットフォーム: Windows、Linux、macOS、Unix
プラットホーム
x86、x86-64
で利用可能
英語
タイプ
分子動力学シミュレーション
ライセンス
専有、非営利目的のフリーウェア
Webサイト
www .ks .uiuc .edu /Research /namd
1995 年にネルソンらによって導入されました。可視化コード VMD にリンクすることにより、インタラクティブなシミュレーションを可能にする並列分子動力学コードとして。その後、NAMD は成熟し、多くの機能が追加され、500，000 プロセッサ コアを超えるスケーリングが行われました。
NAMD には、量子化学パッケージORCAおよびMOPACへのインターフェイスと、他の多くの量子パッケージへのスクリプト インターフェイスが Visual Molecular Dynamics (VMD) および QwikMD と共に、 NAMD のインターフェイスは、統合された包括的でカスタマイズ可能で使いやすいスイートでハイブリッドQM/MMシミュレーションへのアクセスを提供します。
NAMD は、個人、学術機関、および社内業務用の企業による非商用使用のためのフリーウェアとして入手できます。
こちらもご覧ください
チャーム++
分子力学モデリング用ソフトウェアの比較
参考文献
^ 「並列分子動力学コードの柔軟性と相互運用性」 (追記) .
^ “NAMD A Parallel Object-Oriented Molecular Dynamics Program” (PDF) .
^ 「NAMD: スケーラブルな分子動力学」 . 理論および計算生物物理学グループ (TCB)。イリノイ大学アーバナ シャンペーン校。2016年8 月 1 日閲覧。
^ 「ハイブリッド QM/MM NAMD」 . 理論および計算生物物理学グループ (TCB)。イリノイ大学アーバナ シャンペーン校。2018年3 月 26 日閲覧。
^ 「QwikMD – 初心者および専門家向けの統合分子動力学ツールキット」 . 科学レポート。2016年 5 月 24 日閲覧。
^ 「NAMD は量子へ: ハイブリッド シミュレーションのための統合スイート」 . 自然の方法。2018年3 月 26 日閲覧。
外部リンク
・コモンズには、NAMDに関連するメディアが
公式ウェブサイト、TCBウェブサイト
PPL ウェブサイトの NAMD ページ
GPU 上の NAMD · 
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