nhaA -I RNA モチーフ

NhaA-I_RNA_motif

 「NhaA-I RNA モチーフ」  
nhaA -I RNA モチーフは、バイオインフォマティクスによって発見された保存されたRNA構造です。 nhaA -I モチーフ RNA は、アシドバクテリオタ、アルファ、ベータ、ガンマプロテオバクテリア、Verrucomicrobiota、仮の門NC10に見られます (細菌門とカンジダタス状態の分類群のリストを参照してください)。 nhaA-I nhaA-I RNAの
コンセンサス二次構造と配列保存
識別子
シンボル nhaA-I ラファム RF03057 その他のデータ RNA型 シスレグ; リボスイッチ
それで SO:0000035 PDB構造 PDBe nhaA -I モチーフ RNAは、タンパク質をコードする遺伝子の上流に位置することから、シス調節エレメントとして機能する可能性が高い. 確かに、nhaA -I RNA はリガンドに直接結合し、したがってリボスイッチとして機能すると推測することは合理的です。nhaA -I RNA は通常、ナトリウムイオンとプロトンの交換体をコードする遺伝子の上流に存在します。まれに、DUF1646タンパク質ドメインをコードする遺伝子、または細胞シグナル伝達またはペプチドグリカンに関与する遺伝子の上流にも存在します。DUF1646をコードする遺伝子は、DUF1646 RNAモチーフによっても調節されており、これもナトリウムイオンと潜在的に関連しています。nhaA -I RNA はタンデム ペアで発生することもあり、そのような 2 つの RNA は互いに近くにこのような配置は、協調結合を実装して遺伝子発現をよりデジタル的に調節することが提案されていますが、 nhaA -I RNA のこれらのタンデム配置の根底にある生物学は、2018 年現在不明です。

参考文献
^ Weinberg Z、Lünse CE、Corbino KA、Ames TD、Nelson JW、Roth A、Perkins KR、Sherlock ME、Breaker RR . 「遺伝子間領域の特定のサブセットの比較分析による 224 の候補構造化 RNA の検出」 . 核酸解像度。45 (18): 10811–10823。ドイ: 10.1093/nar/gkx699 . PMC  5737381 . PMID  28977401。