PAR-CLIP
PAR-CLIP (光活性化可能なリボヌクレオシド強化架橋および免疫沈降) は、細胞のRNA 結合タンパク質(RBP) およびマイクロ RNA含有リボ核タンパク質複合体 (miRNP) の結合部位を特定するための生化学的方法です。この方法は、4-チオウリジン (4-SU) や 6-チオグアノシン (6-SG) などの光反応性であるリボヌクレオシド類似体を生細胞による新生 RNA 転写産物に組み込むことに依存しています。細胞に波長365nmの紫外光を照射すると、光反応性ヌクレオシドが効率よく架橋されます。相互作用するRBPに標識された細胞RNA。目的の RBP の免疫沈降に続いて、架橋および共免疫沈降した RNA を分離します。分離された RNA はcDNAライブラリに変換され、次世代シーケンシング技術を使用してディープ シーケンスされます。
最近、PAR-CLIPが適用され、いくつかの既知のRBPおよびマイクロRNA含有リボ核タンパク質複合体のトランスクリプトーム全体の結合部位が高解像度で決定されました。
同様の方法
CLIP-Seq は、細胞の RNA 結合タンパク質 (RBP) の結合部位または RNA 修飾部位を特定する同様の方法で、UV 光を使用して RNA を光活性化基を RNA に組み込むことなく RBP に架橋します。
参考文献
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外部リンク
starBase データベース: miRNA-mRNA、miRNA- lncRNA、miRNA-sncRNA、miRNA-circRNA、miRNA-偽遺伝子、タンパク質-lncRNA、タンパク質-ncRNA 相互作用、およびPAR-CLIP ( CLIP-Seq、HITS-CLIP、iCLIP )からのceRNAネットワークのデコードデータ、およびTargetScan 、PicTar、RNA22、miRanda、および PITA microRNA ターゲット サイト。
BIMSB doRiNA データベース: PAR-CLIP、CLIP-Seq、HITS-CLIP、iCLIPデータ、および PICTAR マイクロ RNA ターゲット サイト予測から、タンパク質 – RNA、マイクロ RNA – ターゲット相互作用を調査するためのデータベース。
miRTarCLIP :ハイスループットCLIPおよびPAR-CLIPシーケンシングを使用して、 microRNA とターゲットの相互作用を特定するための計算アプローチ。
dCLIP : dCLIP は、2 つの比較 CLIP-Seq (HITS-CLIP、PAR-CLIP、または iCLIP) 実験で異なる結合領域を発見するための Perl プログラムです。
PARalyzer : PARalyzer は、RNA 結合タンパク質とその標的の間の相互作用部位の高解像度マップを生成するアルゴリズムです。このアルゴリズムは、PAR-CLIP 実験から生成されたディープ シーケンス リードを利用します。
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