PVC上門

Planctobacteria
PVC上門は、その 3 つの重要なメンバー、Planctomycetota、Verrucomicrobiota、およびChlamydiotaにちなんで命名された細菌の上門です。 Cavalier-Smith は、PVC 細菌はおそらくペプチドグリカン細胞壁を2 回喪失または減少させたと仮定しました。 PVC クレードのメンバーが、最初の原真核細胞を生じさせた内部共生事象における宿主細胞であったのではないかという仮説が立てられています。
PVC上門
クラミジア・トラコマチス
科学的分類 （一時的）
ドメイン：
細菌
クレード：
ヒドロバクテリア
上門:
PVC上門 門 クラミジオタ属キリティマティエラエオタ レンチスファエロタ属プランクトミセトータ ヴェルコミクロビオタ属” Ca. Abyssubacteria ” ” Ca. Aureabacteria ” ” Ca. Omnitrophica “Plantobacteria Cavalier-Smith、1987
Cavalier-Smith は同じグループをPlanctobacteriaと呼び、それを 1 つの門とみなします。しかし、より大きな科学コミュニティはこれに従っ Cavalier-Smith の細菌大分類では、それは細菌Gracilicutes下界内にあり、Chlamydiota 門、Lentisphaerota 門、Planctomycetota 門、Verrucomicrobiota 門で構成されます。
PVC 上門 PVC オーレアバクテリア
プランクトミセトータ
オムニトロフィカ
クラミジア
キリティラエオタ
レンティスファエロタ
ヴェルコミクロビオタ

分子の特徴
従来の分子系統学的見解では、プランクトミセトータ、ヴェルコミクロビオタ、およびクラミジオタは門とみなされ、候補のオムニトロピカ門 (以前の OP3) およびポリバクテリアとともに PVC 上門にもクラスターとして存在します。保存された特徴タンパク質の形をした重要な分子マーカーは、Poribacteriaを除く PVC メンバーによって一貫して共有されていることがわかっています。保存されたサインタンパク質は、シナポモルフィックな性質を表すマーカーであり、この細菌グループを区別する手段である可能性が最近の研究では、このタンパク質の特徴が明らかにされ、DNA/RNA 結合において重要なハウスキーピング機能を果たしていると考えられています。この観察は、PVC 上門を区別する手段を提供するだけでなく、他の細菌とは異なるこのクレードに共有される進化的関係を強く裏付けるものです。
保存されたシグネチャ インデル(CSI) も、プランクトミセトータ、ヴェルコミクロビオタ、およびクラミジオタに特異的であり、それぞれの門を互いに、また他の細菌と区別します。 RNAポリメラーゼタンパク質RpoB内の3つのアミノ酸挿入は、配列決定されたすべてのVerrucomicrobia、Chlamydiae、およびLentisphaerae種に共有されることが判明した。CSI は隣接するプランクトミセテス属およびポリバクテリアには存在せず、CSI が特異的であるグループ間の共通の祖先を示唆しています。
このクレードの存在を示す追加の証拠が見つかっています。 これらには、膜コート様タンパク質、チューブリン、ステロール合成、および凝縮された DNA の存在が含まれます。
ノート編集

参考文献
^ キャバリア・スミス、T (1987)。「真核生物と古細菌の細胞の起源」。ニューヨーク科学アカデミーの年報。503 (1): 17–54。ビブコード: 1987NYASA.503…17C。土井: 10.1111/j.1749-6632.1987.tb40596.x。PMID  3113314。S2CID  38405158。
^ ワーグナー、M.; ホーン、M. （2006)。「プランクトミセテス（Planctomycetes）、ウェルコミクロビア（Verrucomicrobia）、クラミジア科（Chlamydiae）および姉妹門は、バイオテクノロジーおよび医学的関連性を持つ上門を構成しています。」バイオテクノロジーにおける現在の意見。17 (3): 241–249。土井：10.1016/j.copbio.2006.05.005。PMID 16704931。
^ リバス＝マリン、エレナ; デボス、ダミアン P. （2018 年 6 月 1 日) 「変化しつつあるパラダイム: PVC バクテリア研究の過去、現在、未来」アントニー・ファン・レーウェンフック。111 (6): 785–799。土井：10.1007/s10482-017-0962-z。PMC 5945725。PMID 29058138。
  
^ キャバリア・スミス、T （2002)。「ネオムランは古細菌の起源、万能樹のネギバクテリアの根、そして細菌の巨大分類」。系統的および進化的微生物学の国際ジャーナル。52 (Pt 1): 7-76。土井: 10.1099/00207713-52-1-7。PMID 11837318。
^ フォルテール、パトリック 。「真核生物の起源に関する新しい融合仮説：以前の仮説よりは優れていますが、おそらく間違っています。」微生物学の研究。162 (1): 77–91。土井：10.1016/j.resmic.2010.10.005。PMID 21034817。
^ ボーム、デイヴィッドA; バウム、バズ（2014年10月28日）。「真核細胞の裏返しの起源」。BMC 生物学。12 (1): 76.土井: 10.1186/s12915-014-0076-2。PMC 4210606。PMID 25350791。
  
^ NR州クリーグ; ルートヴィヒ、W. ホイットマン、WB。ヘドランド、BP; パスター、BJ。ステイリー、JT; ウォード、N. ブラウン、D. Parte、A. （2010 年 11 月 24 日) [1984(Williams & Wilkins)]。ジョージ M. ギャリティ (編)。バクテロイデテス属、スピロヘータ属、テネリクテス属（モリクテス属）、アシドバクテリア、フィブロバクテレス属、フソバクテリア属、ディクチョグロミ属、ジェマティモナデテス属、レンチスファエラ属、疣贅菌属、クラミジア属、およびプランクトミセテス属。バーゲイの体系的細菌学マニュアル。Vol. 4（第2版）。ニューヨーク：スプリンガー。p. 908.ISBN _
 978-0-387-95042-6。大英図書館No. GBA561951。
^ キャバリア・スミス T （2006). 「遷移分析による生命の樹の根付け」。バイオル。直接。1 (1): 19.土井: 10.1186/1745-6150-1-19。PMC 1586193。PMID 16834776。
  
^ ミシシッピ州ラッペ; ジョバンノーニ、SJ （2003)。「培養されていない微生物の多数派」。微生物学の年次レビュー。57 : 369–394。土井: 10.1146/annurev.micro.57.030502.090759。PMID 14527284。
^ ウォーズ、CR (1987)。「細菌の進化」。微生物学的レビュー。51 (2): 221–271。土井: 10.1128/MMBR.51.2.221-271.1987。PMC 373105。PMID 2439888。
  
^ ステファン・スプリング、ボイケ・バンク、カトリン・シュプルーア、ペーター・シューマン、マンフレッド・ローデ、ブライアン・J・ティンダル、ハンス・ペーター・クレンク、（2016)。Verrucomicrobia サブディビジョン 5 の最初に培養された代表個体の特徴付けは、新しい門の提案を示しています。自然。
^ “分類学 – Candidatus Omnitrophica (PHYLUM)” . ユニプロット。
^ ワグナー、M. ホーン、M. （2006)。「プランクトミセテス（Planctomycetes）、ウェルコミクロビア（Verrucomicrobia）、クラミジア科（Chlamydiae）および姉妹門は、バイオテクノロジーおよび医学的関連性を持つ上門を構成しています。」バイオテクノロジーにおける現在の意見。17 (3): 241–249。土井：10.1016/j.copbio.2006.05.005。PMID 16704931。
^ ラグコウヴァルドス I、ジェール MA、ラッテイ T、ホーン M （2014)。「PVC上門の特徴的なタンパク質」。Appl Environ 微生物。80 (2): 440–445。ビブコード: 2014ApEnM..80..440L。土井: 10.1128/AEM.02655-13。PMC 3911108。PMID 24185849。
  
^ グプタ RS、バンダリ V、ナウシャド HS （2012)。「細菌の PVC クレード (プランクトミセテス、ベルコミクロビア、クラミジア、レンズファエラエ) の分子サインは、それらの進化的関係への洞察を提供します。」フロント微生物。3 : 327.土井: 10.3389/fmicb.2012.00327。PMC 3444138。PMID 23060863。
  
^ グプタ RS （2016). 「微生物の進化と分類の理解に対するゲノミクスの影響: 分類に関するダーウィンの見解の重要性」FEMS 微生物改訂版 40 (4): 520-53。土井：10.1093/femsre/fuw011。PMID 27279642。
^ グプタ RS、ナウシャド S、チョクシ C、グリフィス E、アデオル M （2015)。「クラミジア門の系統ゲノムおよび分子マーカーに基づく分析: クラミジア綱をクラミジア目とパラクラミジア目の 2 つの目に分ける提案、またはクラミジア綱の説明を修正しました。」アントニー・ファン・レーウェンフック。108 (3): 765–781。土井: 10.1007/s10482-015-0532-1。PMID 26179278。S2CID 17099157。
  
^ ワーグナー M、ホルン M （2006). 「プランクトミセテス（Planctomycetes）、ウェルコミクロビア（Verrucomicrobia）、クラミジア科（Chlamydiae）および姉妹門は、バイオテクノロジーおよび医学的関連性を持つ上門を構成しています。」カー。意見。バイオテクノロジー。17 (3): 241–9。土井：10.1016/j.copbio.2006.05.005。PMID 16704931。
^ Kamneva OK、Liberles DA、Ward NL （2010)。「PVC 上門の細菌の進化に対するインデル置換のゲノム全体にわたる影響が、新しい計算手法を使用して明らかにされました。 」ゲノムバイオル進化。2 : 870–86。土井：10.1093/gbe/evq071。PMC 3000692。PMID 21048002。
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