Ribonuclease_4
リボヌクレアーゼ 4 は、ヒトではRNASE4遺伝子によってコードされる酵素です。 RNASE4 利用可能な構造 PDB オーソログ検索: PDBe RCSB
PDB IDコードのリスト 1RNF、2RNF 識別子
別名
RNASE4、RAB1、RNS4、リボヌクレアーゼ 4、リボヌクレアーゼ A ファミリー メンバー 4
外部ID
OMIM : 601030 MGI : 1926217 HomoloGene : 10576 GeneCards : RNASE4
遺伝子の位置 (ヒト) Ch. 14 番染色体 (ヒト)
バンド 14q11.2 始める
20，684，560 bp
終わり
20，701，216 bp
遺伝子の位置 (マウス) Ch. 14 番染色体 (マウス)
バンド 14|14C1 始める
51，328，534 bp
終わり
51，343，608 bp
RNA発現パターン
ジー
人間
マウス（オルソログ）
トップは次のように表されます
肝臓の右葉
アキレス腱
胃粘膜
子宮頸管
皮下脂肪組織 胆嚢 直腸
右冠状動脈
脛骨神経
胃本体
トップは次のように表されます
肝臓の左葉
右肺葉
頸動脈体
小腸のリーベルキューン陰窩 幽門洞 頭蓋冠 頸部 腹帯 胆嚢
ランゲルハンス島
参照式データの追加
バイオGPS
該当なし
遺伝子オントロジー
分子機能
ヌクレアーゼ活性
エンドヌクレアーゼ活性
リボヌクレアーゼ活性
加水分解酵素活性
リボヌクレアーゼA活性
核酸結合
細胞成分
細胞外領域
生物学的プロセス
mRNAの切断
RNA リン酸ジエステル結合加水分解、エンドヌクレオチド分解
出典:アミーゴ/ QuickGO
オルソログ 種族 人間
ねずみ
アントレ6038 58809
アンサンブルENSG00000258818 ENSMUSG00000021876
ユニプロットP34096 Q9JJH1 Q8C7E4
RefSeq (mRNA)
NM_194431 NM_001282192 NM_001282193 NM_002937 NM_194430 NM_021472 NM_201239 RefSeq (タンパク質)
NP_001269121 NP_001269122 NP_002928 NP_919412 NP_067447 NP_957691 所在地 (UCSC)
Chr 14: 20.68 – 20.7 Mb
Chr 14: 51.33 – 51.34 Mb
PubMed検索
ウィキデータ
人間の表示/
マウスの表示/
示されているのは、リボヌクレアーゼ 4 二量体の青、活性部位のデオキシウリジン一リン酸、白の PyMol 画像です。PDB: 2RNF
コンテンツ
1 関数
2 構造
3 参考文献
4 参考文献
関数
この遺伝子によってコードされるタンパク質は、膵臓 リボヌクレアーゼファミリーに属します。分泌型リボヌクレアーゼは、脊椎動物に特異的な唯一の酵素ファミリーです。このスーパーファミリーの 13 メンバーの中で、リボヌクレアーゼ 4 (RNase 4) は、さまざまな脊椎動物種にわたって最も保存されている遺伝子です。 RNase 4 のヒト型は、結腸腺癌細胞株 HT-29 から初めて単離された細胞内および血漿酵素です。これは膵臓、唾液、肝臓に存在し、アンジオゲニン(ANG) と同様の分布パターンを示します。これはmRNA の切断において重要な役割を果たし、ウリジン ヌクレオチドの 3′ 側に対して顕著な特異性を持っています。
選択的スプライシングにより、同じタンパク質をコードする2 つの転写バリアントが生成されます。RNase 4 は共発現され、このスーパーファミリーの別のメンバーであるアンジオゲニン(ANG)と同じプロモーターを共有します。各遺伝子は、その完全なコード領域を含む固有の下流エクソンにスプライスされます。 RNase 4 は、ALS の発症に関連する ANG との類似性により、神経系疾患である筋萎縮性側索硬化症 (ALS) との関与についても研究されています。
構造
3 つの残基 Phe42、Arg101、Thr44 (青色で表示) は、デオキシウリジン一リン酸 (白色で表示) を認識することにより、リボヌクレアーゼ 4 の特異性に寄与します。PDB: 2RNF
RNase 4 は、スーパーファミリー内の相同な酵素と比較して、独特の構造を特徴としています。これは 119 アミノ酸残基を含み、既知のヒト RNase の中で最も短く、N-グリコシル化部位を含みません。RNase 4 は、α + β タイプのポリペプチド鎖の折り畳みと、活性部位が中央に裂けた V 字型を示します。 3 つの α ヘリックスと 4 つの β ストランドが含まれており、二次構造は 6 つのループで接続されています。構造全体に 4 つのジスルフィド架橋があり、α ヘリックス、β ストランド、およびループを接続しています。 RNase 4 の全体構造は、その相同酵素であるRNase A、EDN、およびアンジオゲニンと類似しています。
短い C 末端は RNase 4 のユニークな特徴であり、ピリミジン認識部位にカルボキシ末端を配置し、RNase 4 のユニークな特異性をもたらします。ピリミジン認識部位は、その相同酵素と比較して大きな違いがある場所です。これは、101 位にアルギニン残基、42 位にフェニルアラニン残基、44 位にスレオニン残基を含んでいますこれらの残基はリボヌクレアーゼ 4 の特異性に寄与しており、シチジン含有基質よりもウリジン型塩基を認識するように適応されています。
参考文献
^ GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000258818 – Ensembl、2017 年 5 月 ^ GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000021876 – Ensembl、2017 年 5 月 ^ “”Human PubMed リファレンス:”” . 国立バイオテクノロジー情報センター、米国国立医学図書館。
^ “”マウス PubMed リファレンス:”” . 国立バイオテクノロジー情報センター、米国国立医学図書館。
^ ローゼンバーグ HF、ダイアー KD (1995 年 11月）。「ヒトリボヌクレアーゼ 4 (RNase 4): コード配列、染色体局在、およびヒト体細胞組織における 2 つの異なる転写産物の同定」。核酸研究。23 (21): 4290–4295。土井：10.1093/nar/23.21.4290。PMC 307382。PMID 7501448。
^ “”Entrez 遺伝子: RNASE4 リボヌクレアーゼ、RNase A ファミリー、4″”。
^ Li S、Sheng J、Hu JK、Yu W、岸川 H、Hu MG、他。。「リボヌクレアーゼ 4 は、血管新生、神経新生、およびストレス下でのニューロンの生存を促進することにより、ニューロンの変性を保護します。 」血管新生。16 (2): 387–404。土井: 10.1007/s10456-012-9322-9。PMC 3582744。PMID 23143660。 ^ Terzyan SS、Peracaula R、de Llorens R、対馬 Y、山田 H、瀬野 M、他。（1999年1月）。「リガンドが結合しておらず、d(Up) と複合体を形成しているヒト RNase 4 の三次元構造は、そのウリジン選択性の基礎を明らかにしています。」分子生物学ジャーナル。285 (1): 205–214。土井：10.1006/jmbi.1998.2288。PMID 9878400。
参考文献
シャピロ R、フェット JW、ストライダム DJ、ヴァリー BL (1986 年 11月）。「膵臓リボヌクレアーゼ様活性を持つヒト結腸癌分泌酵素の単離と特性評価」。生化学。25 (23): 7255–7264。土井：10.1021/bi00371a002。PMID 3467790。
瀬野正人、二見Ｊ、津島裕子、芥川和人、小坂正人、多田宏、山田宏 (1995 年 4月）。「ヒトリボヌクレアーゼ 4 cDNA の分子クローニングと発現」。Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – 遺伝子の構造と発現。1261 (3): 424–426。土井：10.1016/0167-4781(95)00040-n。PMID 7742370。
周 HM、Strydom DJ (1993 年 10月）。「ウリジンの 3′ 側を特異的に切断する高度に保存されたリボヌクレアーゼであるヒト リボヌクレアーゼ 4 のアミノ酸配列」。欧州生化学ジャーナル。217 (1): 401–410。土井: 10.1111/j.1432-1033.1993.tb18259.x。PMID 8223579。
エゲステン A、ダイアー KD、バッテン D、ドマコウスケ JB、ローゼンバーグ HF (1997 年 10月）。「リボヌクレアーゼと宿主防御: インビトロでの接着単球における同定、局在化および遺伝子発現」。Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – 分子細胞研究。1358 (3): 255–260。土井：10.1016/S0167-4889(97)00081-5。PMID 9366257。
Terzyan SS、Peracaula R、de Llorens R、対馬 Y、山田 H、妹尾 M、他 （1999年1月）。「リガンドが結合しておらず、d(Up) と複合体を形成しているヒト RNase 4 の三次元構造は、そのウリジン選択性の基礎を明らかにしています。」分子生物学ジャーナル。285 (1): 205–214。土井：10.1006/jmbi.1998.2288。PMID 9878400。
Xu XR、Huang J、Xu ZG、Qian BZ、Zhu ZD、Yan Q 他 。「肝細胞癌の遺伝子発現プロファイルを対応する非癌性肝臓の遺伝子発現プロファイルと比較することによる、トランスクリプトームレベルでの肝細胞発癌の洞察」。アメリカ合衆国国立科学アカデミーの議事録。98 (26): 15089–15094。Bibcode : 2001PNAS…9815089X。土井：10.1073/pnas.241522398。PMC 64988。PMID 11752456。
Rual JF、Venkatesan K、Hao T、弘實・岸川 T、Dricot A、Li N、他 。「ヒトタンパク質間相互作用ネットワークのプロテオームスケールマップに向けて」。自然。437 (7062): 1173–1178。Bibcode : 2005Natur.437.1173R。土井：10.1038/nature04209。PMID 16189514。S2CID 4427026。 · ポータル:
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このタンパク質”