Ribotyping
「リボタイピング」 –
リボタイピングは、rRNA ベースの系統解析からの情報を使用する、細菌の同定と特性評価のための分子技術です。これは、臨床診断や食品、水、飲料中の微生物群集の分析に広く使用されている迅速かつ特異的な方法です。
すべての細菌はリボソーム遺伝子を持っていますが、正確な配列は種ごとに固有であり、遺伝的指紋として機能します。したがって、特定の 16S 遺伝子の配列を決定し、それをデータベースと比較すると、特定の種が同定されます。
技術
リボタイピングには、特定の制限酵素による細菌のゲノム DNA の消化が含まれます。各制限酵素は特定のヌクレオチド配列で DNA を切断し、異なる長さの断片を生成します。
これらのフラグメントはゲル電気泳動にかけられ、サイズに応じて分離されます。懸濁されているゲルに電場を加えると、DNA フラグメント (リン酸基の存在によりすべてマイナスに帯電したもの) が移動します。場の正に帯電した端に向かうマトリックス。小さな破片は、大きな破片よりも容易かつ迅速にマトリックス内を移動し、開始位置からより大きな距離に到達します。
ゲルマトリックス中での分離後、DNA フラグメントはナイロン膜上に移動され、標識された 16S または 23S rRNA プローブとハイブリダイズされます。このようにして、そのような rRNA をコードするフラグメントのみが視覚化され、分析できます。次にパターンはデジタル化され、コンピューター データベース内の参照生物との比較によって DNA の起源を特定するために使用されます。
概念的には、リボタイピングは、クローン化プローブ(ランダムにクローン化されたプローブ、または病原性因子などの特定のコード配列に由来するプローブ)を使用して染色体 DNA の制限断片をプローブすることに似ています。
こちらも参照
ジェノタイピング
参考文献
^ マディガン、マイケル T. （2012). 微生物の生物学。ピアソン。p. 491.ISBN _ 978-0-321-73551-5。
^ “微生物の多様性の調査: 当時と現在” . learn.genetics.utah.edu 。2016 年 3 月 15 日に取得。
^ “制限酵素 | ASU – 生物学者に聞く” . askabiologist.asu.edu 。2016 年 3 月 13 日に取得。
^ “リボタイプ” . course.cit.cornell.edu 。2016 年 3 月 13 日に取得。
^ Grimont、F.、および PA Grimont。1986. 潜在的な分類学的ツールとしてのリボソームリボ核酸遺伝子制限パターン。アン。研究所 パスツール微生物。137B:165–175
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