SmY_RNA
SmYリボ核酸（SmY RNA）は、線虫のいくつかの種に見られる核内低分子RNAのファミリーです。それらはmRNAトランススプライシングに関与していると考えられています。
SmYスプライセオソームRNA
SmYRNAの コンセンサス
二次構造。Rfamシードアラインメントの68の構造的にアラインメントされた配列で観察された塩基対置換の数が各塩基対について示され、この予測された構造の広範なサポートを示しています。
識別子
シンボルmY Rfam F01844
その他のデータ
RNAタイプ
snRNA、スプライシング
ドメイン
クロマドレア
PDB構造 PDBe SMY RNAは70〜90個の程度であるヌクレオチドの長と共通共有する二次構造を2つと、ステム-ループがコンセンサス隣接する結合部位のためのSmタンパク質を。 Smタンパク質は、スプライセオソーム snRNPの共有成分です。
既知および予測されたSmYRNA遺伝子の系統発生的分布、および各種で見つかった遺伝子と偽遺伝子の数
。遺伝子番号は、ゲノムアセンブリの計算分析（プログラムInfernalを使用）に
基づいています。場合によっては、これらは不完全なドラフトゲノムです。
SmY RNAは、最も一般的に研究されている線虫（Caenorhabditis、Pristionchus、Ascarisなど）を含むChromadoreaクラスの線虫で発見されていますが、Dorylaimiaクラスのより遠縁の旋毛虫では発見され各種のSmY遺伝子の数はさまざまで、ほとんどのCaenorhabditisおよびPristionchus種には10〜26の関連するパラロガスコピーがあり、他の線虫には1〜5が
コンテンツ
1 発見
2 関数
3 参考文献
4 外部リンク
発見
最初SMY RNAを精製に1996年に発見された回虫 スプライソソーム別の呼ばれたように、準備をSMX RNA検出可能ではないことに相同SMYします。 12のSmYホモログがCaenorhabditiselegansで計算により同定され、10がCaenorhabditisbriggsaeで同定されました。いくつかの転写産物これらSMYのから遺伝子をしたクローン化及び配列決定小の系統的調査で非コードRNAの中に転写C.エレガンス。
抗TMG抗体を使用したC.elegansの2，2，7-トリメチルグアノシン（TMG） 5 ‘キャップ転写物の系統的調査により、2つのTMGキャップSmY転写物が同定されました。これらの転写産物の潜在的なSm結合部位の配列分析は、SmY、U5 snRNA、U3 snoRNA、およびスプライシングされたリーダーRNA転写産物（SL1およびSL2）がすべて非常に類似したコンセンサスSM結合配列（AAU 4 – 5 GGA）を含むことを示しました。 。U1、U2、およびU4 snRNA転写産物で同定された予測SM結合部位は、このコンセンサスとは異なります。
関数
C.エレガンス、SMY RNAの同時精製とスプライソソームとSmと、を有するSL75p、及びSL26pのタンパク質、一方良好に特徴付けられたC.エレガンス SL1のSm、SL75p、及びSL21p（との複合体におけるトランス-スプライシングのsnRNAのcopurifiesパラログSL26pの） 。 SL21pまたはSL26pのいずれかの機能の喪失は、個々に弱い寒冷感受性表現型のみを引き起こしますが、SL75pノックダウンと同様に、両方のノックダウンは致命的です。これらの結果に基づいて、SmYRNAはトランススプライシングに機能があると考えられています。
参考文献
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外部リンク
SMYプライセオソームRNAのためのページでRFAM