SpAB_protein_domain
分子生物学では、ドメインBは、黄色ブドウ球菌の病原性因子プロテインA（SpA）に見られる免疫グロブリン結合ドメインを指します。したがって、それはスパに略記するB。
SpABタンパク質ドメイン
ブドウ球菌
プロテインA、bドメイン
識別子
シンボル PfamF02216 InterPro PR003132
頭いいBC PROSITE DOC00957 MEROPS 12 SCOP2
1ehx / SCOPe / SUPFAM TCDB 9.B.4CAZy H58
利用可能なタンパク質構造：
Pfam
構造/ ECOD PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsum 構造の概要
関数
SpA Bは、黄色ブドウ球菌がオプソニン作用と食作用の破壊を通じて宿主の免疫系を回避することを可能にします。SpAのけれどもそれは、これを行いBがIgGのFcフラグメントに結合します。
構造
SpAのBドメイン（SpAB）は、IgGのFcフラグメントとの相互作用時に保持される3つのαヘリックスで構成されています。プロテインAは、5つの相同性の 高い免疫グロブリン（Ig）結合ドメイン（ドメインE、D、A、B、Cと指定）をタンデムに含み、閉じた左ねじれの3つのヘリックスからなる共通の構造を共有しています。プロテインAは分泌型と膜結合型の両方で存在でき、2つの異なるIg結合活性を持っています。各ドメインはFc-γ（エフェクター機能に関与するIgGの定常領域）とFab（抗原認識に関与するIgフラグメント）に結合できます。）。
Bドメインの本来の状態は、らせん間の角度が変動するため、大きく逸脱します。Eドメインよりも比較的熱力学的に安定しているようです。Ｂドメインの安定性の増加は、天然状態での移動度の増加、したがってエントロピー、およびよりコンパクトな変性状態での移動度エントロピーの減少に起因する可能性がある。
参考文献
^ Graille M、Stura EA、Corper AL、Sutton BJ、Taussig MJ、Charbonnier JB、Silverman GJ。「ヒトIgM抗体のFabフラグメントと複合体を形成した黄色ブドウ球菌プロテインAドメインの結晶構造：B細胞受容体およびスーパー抗原活性の認識の構造的基礎」。手順 国立 Acad。科学 アメリカ。97（10）：5399–404。Bibcode：2000PNAS … 97.5399G。土井：10.1073 /pnas.97.10.5399。PMC 25840。PMID 10805799。
^ Alonso DO、Daggett V（2000）。「ブドウ球菌プロテインA：展開経路、展開状態、およびBドメインとEドメインの違い」。Proc Natl Acad SciUSA。97（1）：133–8。土井：10.1073 /pnas.97.1.133。PMC 26628。PMID 10618383。
には、パブリックドメインのPfamと
InterProからのテキストが組み込まれています ： IPR003132