Tc1 / mariner

Tc1/mariner
は、ドメイン、構造
眠れる森の美女トランスポゾンシステムには、いくつかの素晴らしい数字が
Tc1 / marinerは、散在するリピート DNA（クラスII）トランスポゾンのクラスおよびスーパーファミリーです。このクラスの要素は、人間を含むすべての動物に見られます。それらは原生生物やバクテリアにも見られます。
このクラスは、最もよく研​​究されている2つのメンバー、CaenorhabditiselegansのTc1トランスポゾンとDrosophilaのマリナートランスポゾンにちなんで名付けられました。

コンテンツ
1 構造
1.1 トランスポザーゼ
2 サブグループ
2.1 Tc1 2.2 マリナー 2.3 他の家族
3 トリビア
4 も参照してください
5 参考文献

構造
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  A。DNAトランスポゾンの構造（マリナー型）。
B。転置のメカニズム
トランスポゾンは、2つの末端逆方向反復配列（TIR）に隣接するトランスポザーゼ遺伝子で構成されています。2つの短いタンデムサイト重複（TSD）がインサートの両側に存在します。転位は、2つのトランスポザーゼがTIR配列を認識して結合し、結合してDNA二本鎖切断を促進するときに起こります。次に、DNA-トランスポザーゼ複合体は、そのDNAカーゴをゲノムの他の場所の特定のDNAモチーフに挿入し、統合時に短いTSDを作成します。 IS630 / Tc1 / marinerシステムでは、使用されるモチーフは「TA」ジヌクレオチドであり、挿入後に両端で複製されます。
トランスポザーゼ遺伝子がトランスポゾンによって運ばれないとき、それは今や遺伝子が動き回るために他の場所で発現されることを必要とするという点で非自律的になります。

トランスポザーゼ
トランスポザーゼ、タイプ1（部分的なDDEドメイン）
識別子
シンボル
トランスポザーゼ_1Pfam F01359
Pfam氏族L0219 InterPro PR001888 CATH u7b
利用可能なタンパク質構造：
Pfam  
構造/ ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsum 構造の概要
Mos1トランスポザーゼのHTHドメイン
識別子
シンボルTH_48 Pfam F17906
Pfam氏族L0123 InterPro PR041426 CATH u7b
利用可能なタンパク質構造：
Pfam  
構造/ ECOD   PDB RCSB PDB ; PDBe ; PDBj PDBsum 構造の概要
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SBトランスポザーゼの構造的特徴。
360アミノ酸のポリペプチドには、3つの主要なサブドメインがトランスポゾンのミラーリングされたIR / DR配列のDR配列、核局在化配列（NLS）、およびDDEへの結合に関与するアミノ末端DNA認識ドメインです。転位を構成する一連のカットアンドペースト反応を触媒するドメイン。DNA認識ドメインには、DNAに結合でき、いくつかの転写因子に見られるさまざまなモチーフに関連する2つのペアのボックス配列が2つのペアのボックスにはPAIとREDのラベルが付いており、どちらもDNA結合ドメインに共通のヘリックスターンヘリックスモチーフを持っています。触媒ドメインには、多くのトランスポザーゼおよびリコンビナーゼ酵素に見られる特徴的なDDE（場合によってはDDD）アミノ酸がさらに、グリシン（G）アミノ酸が非常に豊富な領域が
タンパク質のマルチドメインの性質を考慮して、転写酵素のスーパーファミリーのいくつかの署名がさまざまなドメインデータベースで提供されています。さらに、各ドメインは、ボックスの「PAI」の半分のPF17906 / PF01710 / PF11427など、複数のエントリで表されることがよくREDボックスも同様にダイビング（PF08279 / PF13412 / PF01498など）であり、DNA認識用の翼のあるHTH形式であることがよく

サブグループ
Tc1 / marinerスーパーファミリーは、一般に、そのトランスポザーゼの触媒ドメインによって細分されます。通常、DDE（Asp-Asp-Glu）またはDDD触媒トライアドを使用します。

Tc1
Tc1（DD34E）は、Caenorhabditiselegansで活性のあるトランスポゾンです。 ヒトにはTc1のようなトランスポゾンもあり、すべて不活性です。Tc1のような要素は、いくつかの魚種や両生類を含む他の下等脊椎動物に存在します。
でC.エレガンスは、1610塩基対長の配列です。実験によると、この要素はヒト細胞で「ジャンプ」し、必要なタンパク質はトランスポザーゼだけです。
このファミリーのもう1つの例は、C。elegansに見られるトランスポゾンであるTc3です。

マリナー
マリナー（DD34D）の要素は、人間を含む複数の種に見られます。 マリナートランスポゾンは、最初にヤコブソンとHARTLによって発見されたショウジョウバエ1986年 、グループの分類は、1993年に出版されたmauritianaに昆虫におけるような配列を分割した、セクロピア、ミツバチ、irritans、とcapitata亜科、それらが発見された昆虫の種類の後。分類は他の種にも及ぶ。
この転移因子は、多くの種で水平感染するというその驚くべき能力で知られています。 ヒトゲノムには、260万塩基対からなる推定14，000コピーのマリナーが存在します。動物以外の最初のマリナー要素トランスポゾンは、膣トリコモナスで発見されました。
ヒトマリナーのようなトランスポゾンは、Hsmar1（セクロピア）とHsmar2（イリタン）のサブファミリーに分けられます。どちらのタイプも不活性ですが、SETMAR遺伝子にあるHsmar1の1つのコピーは、ヒストン修飾タンパク質にDNA結合を提供するため、選択中です。 Hsmar2は、化石シーケンスから複数回再構築されています。
Mos1（モザイク要素用）はDrosophilamauritianaで発見されました。 Himar1エレメントは、ノサシバエHaematobia irritansから分離されており、大腸菌の遺伝的ツールとして使用できます。

他の家族
rosa（DD41D）ファミリーは、Ceratitisrosaに見られるファミリーです。 Pogo / Fot1（DDxD）は、このスーパーファミリーのさらに別のファミリーであり、xは可変長を示します。IS630、中に可動要素赤痢ソンネは、また、このスーパーファミリーに属します。
トライアド間で長さが異なるいくつかの新しいファミリが報告されています。
ヒトではティガーとしても知られているポゴは、ヒトと酵母によって同様にCENPB遺伝子に家畜化されています。ポゴの他の人間の家畜化には、TIGD1、TIGD2、TIGD3、TIGD4、TIGD5、TIGD6、TIGD7、JRK、JRKL、POGK、およびPOGZが含まれます。

トリビア
マリナートランスポゾンの特徴は、ボブマーによるSF小説マリナープロジェクトに影響を与えました。

も参照してください
眠れる森の美女トランスポゾンシステム
PiggyBacトランスポゾンシステム

参考文献
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