XCMS_Online
XCMS Onlineは、元XCMSのクラウド版であるでSiuzdakラボで作成された技術（質量分析データの統計分析のために設計されたバイオインフォマティクスソフトウェア）、スクリップス研究所。XCMSは、LCMSおよびGCMSデータセット全体で検出されたピークの統計的評価を可能にする非線形リテンションタイムアラインメントの概念を導入しました。 XCMS Online は、クラウドポータルを介したXCMS分析を容易にし、ターゲット外のメタボロミクスデータを分析、視覚化、共有するためのより簡単な（コマンド駆動型ではない）方法として設計されました。これに加えて、XCMSとMETLINの組み合わせ METLINのタンデム質量分析データを使用して既知の分子を識別でき、タンデム質量分析データの類似性検索を介して未知の（特性化されていない分子）を識別できます。 XCMS Onlineは、さまざまなオミックデータセットを統合するためのシステム生物学ツールにもなりました。 2021年1月のように、 XCMSOnline / METLINのプラットフォームは、44，000以上の登録ユーザーがいます。
液体クロマトグラフィー質量分析データセットのXCMS非線形アラインメント
XCMSオンライン
初回リリース
2012年4月25日; 9年前 （2012-04-25）
安定リリース
3.7.1
プラットホーム
ウェブ
タイプ
バイオインフォマティクス/質量分析ソフトウェア
ライセンス
フリーミアム/商用ソフトウェア
Webサイト
xcmsonline .scripps .edu
XCMS Onlineは、生データまたは前処理されたメタボロミクスデータのグループを比較して、非線形保持時間の調整や特徴の検出とマッチングなどの方法を使用して代謝物を検出することで機能します。分析が完了すると、バブルプロット、ヒートマップ、クロマトグラム、箱ひげ図など、さまざまな方法でデータを表示できます。さらに、XCMS Onlineは、大規模な代謝物データベースであるMETLINと統合されています。 以下のファイル形式は、サイトへの直接アップロードでサポートされています。
ファイルの種類
ベンダー mzXML オープンフォーマット mzData オープンフォーマット .cdf NetCDF（AIA / ANDI）
.dフォルダー
アジレント、ブルカー.wiff SCIEX
.RAWフォルダ
ウォーターズ
.RAWファイル
サーモ
歴史
2005年、Siuzdak Labは、プログラミング言語RでXCMS という名前のオープンソースツールを作成しました。よりアクセスしやすいグラフィカルなデータ処理ツールの必要性に気づき、2012年にクラウドベースのXCMSOnlineを作成しました。 ユーザーが取得中に機器から直接データをストリーミングする機能が2014年に追加されました。また、その年にXCMS Plus（Mass Consortium Corporationが所有）という名前の商用バージョンがリリースされ、2015年にSCIEXが再販業者になりました。 2017年に、XCMSOnlineがシステム生物学のワークフローで使用できることが示されました。 1年後、公に利用可能な代替手段がないため、複数反応モニタリング（MRM）を実行する機能を備えたバージョンのXCMSOnlineがリリースされました。
参考文献
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外部リンク
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