ZCCHC18
18を含むジンクフィンガーCCHCタイプ（ZCCHC18）は、ヒトではZCCHC18遺伝子によってコードされるタンパク質です。これは、Smadと相互作用するジンクフィンガータンパク質2（SIZN2）、腫瘍随伴Ma抗原ファミリーメンバー7b（PNMA7B）、およびLOC644353としても知られています。 ジンクフィンガー、12個の偽遺伝子1を含むCCHCドメイン、P0CG32、ZCC18_HUMANなどの他の名前がこのタンパク質の説明に使用されていました。 ZCCHC18 識別子
エイリアス
ZCCHC18、PNMA7B、SIZN2、18を含むジンクフィンガーCCHCタイプ
外部ID
MGI：1914245 HomoloGene：121722 GeneCards：ZCCHC18
遺伝子の位置（ヒト） Chr。 X染色体（ヒト）
バンド Xq22.2 始める
104，112，131 bp
終わり
104，115，842 bp
遺伝子の位置（マウス） Chr。 X染色体（マウス）
バンド
X | X F1
始める
136，993，155 bp
終わり
136，998，472 bp
遺伝子オントロジー
分子機能
• 核内受容体コアクチベーター活性• 金属イオン結合
細胞成分
• 核スペック
生物学的プロセス
• BMPシグナル伝達経路• 核酸テンプレート転写の正の調節
出典：Amigo / QuickGO
オーソログ
種族
人間
ねずみ Entrez644353 66995 Ensembl ENSG00000166707 ENSMUSG00000031428 UniProt P0CG32 Q8VD24
RefSeq（mRNA） NM_001143978 NM_001035509 NM_001035510 NM_025893 NM_001358437 NM_001358439 NM_001358440 NM_001358441 RefSeq（タンパク質） NP_001137450 NP_001030586 NP_001030587 NP_080169 NP_001345366 NP_001345368 NP_001345369 NP_001345370 場所（UCSC）
Chr X：104.11 – 104.12 Mb
Chr X：136.99 – 137 Mb
PubMed検索
ウィキデータ
人間の表示/
マウスの表示/
ZCCHC18は、ZCCHC12ファミリーまたは腫瘍随伴症候群（PNMA）に属しています。リガンド依存性の核内受容体転写コアクチベーターです。そのジンクフィンガードメインは、亜鉛イオンに結合するCCHCです（CCHCモチーフの詳細については、タンパク質のセクションを参照してください）。
哺乳類では、PNMAはTy3 / Gypsyロングターミナルリピート（LTR）レトロトランスポゾンに由来し、PNMAファミリーはGag様タンパク質をコードしていることに言及する価値が完全な機能は不明なままですが、ほとんどのPNMA遺伝子はマカクとマウスの脳で発現しています。 PNMA1、2、および3は、腫瘍随伴神経障害のある患者の血清中に認められた。このファミリーには、アポトーシス1のモジュレーターも含まれており、デスレセプター依存性アポトーシスに関与しています。
コンテンツ
1 遺伝子
1.1 位置 1.2 ジーンネイバーフッド 1.3 表現 1.4 プロモーター 1.5 相同性
1.5.1 オーソログ
1.5.2 パラログ
2 トランスクリプト
2.1 スプライスバリアント
3 タンパク質
3.1 二次構造 3.2 三次構造 3.3 翻訳後修飾 3.43.4 細胞内局在 3.5 関数 3.6 相互作用するタンパク質
4 臨床的な意義
4.1 疾病協会 4.2 遺伝子検査
5 参考文献
遺伝子編集
位置
ZCCHC18遺伝子は、X染色体の長腕、遺伝子座位置Xq22.2に位置しています。この遺伝子には、3つのエクソンと2つの異なるgt-agイントロンが含まれており、3つの選択的スプライシングされたmRNAに転写されます。ただし、1つのスプライシングされたmRNA（NM_001143978.2、2951 bp）のみが403アミノ酸のタンパク質をコードしていると推定されますが、他のmRNAはタンパク質をコードし
ジーンネイバーフッド
近くの遺伝子には、SLC25A53（負の鎖上）（約8，000ビット/秒の上流）とFAM199X（正の鎖上）（約50，800ビット/秒の下流）が含まれます。
表現
ZCCHC18は、卵巣、脳（小脳）、子宮内膜、リンパ節、脾臓、およびヒトおよびその他の種の22の他の組織で遍在的に発現します。 GTExからのRNA-Seq発現データ（570人のドナーからの53組織）に基づくと、発現の中央値が最も高いのは脳-小脳（4.74 RPKM）であるのに対し、発現の中央値の合計は67.54RPKMです。
プロモーター
可能性のある転写結合部位は、以下の表にリストされているGenomatix によって分析されます。
Genomatixによって同定されたZCCHC18の
可能な転写因子と結合部位
マトリックスファミリー 詳細な家族情報 アンカー位置 ストランド マトリックスシミュレーション。 順序
V $ AP1R MAFおよびAP1関連の要因 1225 – 0.996 gcacggcgtcAGCAgctcggacgca
V $ MZF1 骨髄ジンクフィンガー1因子 1040 – 0.995 agGGGGaagcg
V $ ZF02 C2H2ジンクフィンガー転写因子2 1916年 – 0.993 caccccgCCCCcgacacccaaca
V $ CAAT CCAAT結合因子 1368 – 0.991 gcggCCAAtcagcgg
V $ SORY SOX / SRY-性別/精巣の決定および関連するHMGボックスの要因 307 + 0.989 gggtcaCAAAgggctgtcgaaat
V $ ZFHX 両手ジンクフィンガーホメオドメイン転写因子 1029 + 0.988 acgctGTTTcccc
V $ ZTRE 亜鉛転写調節エレメント 503 – 0.984 gagGGAGggggtgagga
V $ ZTRE 亜鉛転写調節エレメント 2165 + 0.984 gcgGGAGggcaggaggc
V $ NEUR NeuroD、Beta2、HLHドメイン 774 + 0.982 ctccCATCtggcttt
V $ MIZ1 Mycと相互作用するZnフィンガータンパク質1 480 + 0.981 tcagcCCTCtc
V $ IKRS イカロスジンクフィンガーファミリー 1483年 + 0.98 ccttGGGAaccgt
V $ CEBP Ccaat /エンハンサー結合タンパク質 713 + 0.979 tcatcTGTGaaatgg
V $ GATA GATA結合因子 724 + 0.974 tggaGATAatggt
O $ INRE コアプロモーターイニシエーターエレメント 1407 + 0.972 tcTCAGtcgcc
V $ AP2F アクチベータータンパク質2 1281 – 0.936 ctgGCCGgcgggccg
V $ MAZF Myc関連のジンクフィンガー 1126 + 0.904 cccgGAGGagagc
相同性
オーソログ
オルソログZCCHC18の中に見つけることができる最も脊索動物門（哺乳類、両生類、爬虫類、硬骨魚綱ではなく、中節足動物、鳥類、軟骨魚綱）、棘皮動物、及び刺胞動物ではなく、中に菌、植物、繊毛虫、古細菌、また細菌。
パラログ
ZCCHC18の8つの可能なパラログがホモサピエンスで同定されました。
遺伝子名
アクセッション
カバレッジ E値 配列同一性％
PNMA7A（ZCCHC12） NP_776159.1 99％ 0 84％
PNMA3 NP_001269464.1 91％ 4.00E-40 29％
PNMA1 NP_006020.4 45％ 3.00E-39 43％
PNMA5 NP_443158.1 47％ 4.00E-39 41％
PNMA2 NP_009188.1 48％ 5.00E-39 41％
PNMA6A（PNMA6C） NP_116271.3 52％ 6.00E-27 38％
PNMA6E NP_001338223.1 48％ 4.00E-21 36％
PNMA6F（PNMA6BL） NP_001341909.1 54％ 1.00E-18 33％
注：PNMA4（別名：アポトーシスのモジュレーター1、MOAP1）はZCCHC18と類似していないようです（ZCCHC18とMOAP1の同一性と類似性はそれぞれ15％と32.1％です）。
トランスクリプト
スプライスバリアント
ホモサピエンスにおけるZCCHC18mRNAの選択的スプライシング
5′-UTRと3′-UTRを含め、ZCCHC18はchrX：104，112，526-104，115，846にまたがり、合計3，321塩基対（bps）（5′-UTR：1206ビット/秒および3′-UTR：523ビット/秒） 。これには、3つのエクソンと2つの異なるgt-agイントロンが含まれており、3つの選択的スプライシングされたmRNAに転写されます。ただし、1つのスプライシングされたmRNA（NM_001143978.2、2951ビット/秒）のみが403アミノ酸（コード領域：hg38 chrX：104，114，112-104，115，323、合計1，212ビット/秒）のタンパク質をコードすると推定されますが、他のmRNAはタンパク質をコードしません。
3つのアイソフォームがあるヒトZCCHC18mRNAと比較すると、マウス（Mus musculus）には7つのアイソフォームがあり、猫（Felis catus）とヒョウ（Panthera pardus）にはアイソフォームがありません。
タンパク質
ZCCHC18は、長さが403アミノ酸のヒトタンパク質であり、予測分子量は45，160ダルトンです。その基本等電点は7.02（非リン酸化状態）であり、リン酸化される残基の数が増えると等電点は低下します。ZCCHC18の一般的なシーケンスには、KREDとLVIFMが含まれます。それは一般に電気的に中性であり（正または負の電荷クラスターまたはセグメントはありません）、疎水性の高いセグメントはありません。
二次構造
ZCCHC18の二次構造
十分に特徴付けられていないタンパク質の二次構造予測は、PRBIデータベース Phyre2、およびI-TASSERを使用して実行できます。 ZCCHC18の二次構造予測はPhyre2によって分析されました。
三次構造
三次構造は、Cスコア、TMスコア、およびクラスター密度を最適化するためにI-TASSER によって予測されました。予測されるZCCHC18の三次構造を図に示します。
翻訳後修飾
ZCCHC18の三次構造
ヒトZCCHC18の予測される翻訳後修飾
予測される翻訳後修飾（PTM）は、Prosite および他の多くのツールを使用して取得されます。 主要な翻訳後修飾をここに要約します。
細胞内局在
ZCCHC18は主に核内に位置します（免疫蛍光顕微鏡下では、核小体、個別の核小体外核内ドメインであるように見えます）。
関数
レトロウイルスヌクレオカスピドタンパク質におけるジンクフィンガーCCHC型のアミノ酸配列
ZCCHC18の正確な機能はまだ完全にはわかっていませんが、ジンクフィンガー（Znf）CCHCタイプのタンパク質の基本的なアミノ酸配列は、保存的に間隔を空けたシステインとヒスチジンとして十分に特徴付けることができます。 CysおよびHis残基は、位置1（Cys）、4（Cys）、9（His）、および14（Cys）で完全に保存されています[Cys（1）とラベル付けされた配列の最初のCysとして]。保存的に置換されたグリシンは5位と8位にあり、芳香族または疎水性アミノ酸は2位（または3位）と10位にこのモチーフはCys-X2-Cys-X4-His-X4-Cysとして表されることがよく
ジンクフィンガードメインの構造により、タンパク質は複数のフィンガー状の突起を介して標的分子とタンデム接触することができます。これらのドメインは、亜鉛または鉄などの他の金属に結合するか、金属を結合しない（塩橋を介して安定化する）ことができます。 ZCCHC18のZnfドメインがどのように機能するかについての正確なメカニズムはまだ不明です。
相互作用するタンパク質
ZCCHC18はおそらくEGFRの細胞内ドメインと相互作用する可能性がこのレポートは、ヒト受容体型チロシンキナーゼ（RTK）とホスファターゼの間のPPIをマッピングするために、2つのタンパク質間相互作用（PPI）アプローチ、膜酵母ツーハイブリッド（MYTH）と哺乳類膜ツーハイブリッド（MMTH）に基づいていました。 。
臨床的な意義編集
疾病協会
TCGAデータセットからのさまざまな癌タイプにおけるZCCHC18のRNA発現
The Cancer Genome Atlas（TCGA）のRNA-seqデータを調べることにより、神経膠腫はRNA発現を増強しました（中央値1.9 FPKM [100万回の読み取りあたりのエクソンのキロベースあたりのフラグメント]）が、他の種類の癌は最小限の発現しかありません（中央値発現レベル） 0.5 FPKM未満）。ZCCHC18タンパク質の発現に関しては、扁平上皮癌と基底細胞癌、および尿路上皮癌の症例は、中程度から強い細胞質免疫反応性を示した。残りの癌細胞は弱く染色されたか、陰性でした。TCGAの15種類のがんから4440の腫瘍サンプルを調査している間、分析により、さまざまながんの種類でタンパク質の突然変異頻度が異なることが示されました。ZCCHC18変異は、子宮内膜がん（〜2.4％）で頻繁に発生し、続いて膀胱がん（〜0.8％）、頭頸部がん（〜0.4％）、卵巣がん（〜0.4％）、および乳がん（
遺伝子検査
2021年5月の時点で、Fulgent Geneticsは、この特定の遺伝子の突然変異によって引き起こされる可能性のある疾患について、コーディング領域全体の配列分析（次世代シーケンス）を通じてZCCHC18の削除または重複の遺伝子検査を提供した唯一の営利企業でした。親のゲノムから。ただし、臨床的妥当性と有用性はまだ証明され
参考文献
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