ZNF337 – 日本語百科事典辞書

ZNF337
ジンクフィンガータンパク質337としても知られるZNF337は、ヒトではZNF337遺伝子によってコードされるタンパク質です。ZNF337遺伝子は、ヒト20番染色体（20p11.21）にそのタンパク質は751アミノ酸を含み、4，237塩基対のmRNAを持ち、合計6つのエクソンを含みます。さらに、選択的スプライシングは複数の転写変異体をもたらします。 ZNF337遺伝子は、タンパク質を含むジンクフィンガードメインをコードしていますが、この遺伝子/タンパク質は、科学界ではまだ十分に理解されこの遺伝子の機能は、転写調節（DNA依存性）などのプロセスに関与することが提案されており、タンパク質はDNA結合などの分子機能を持つことが期待されています。、金属イオン結合、亜鉛イオン結合。これらはさらにさまざまな細胞内位置に局在します。一般的に関連する、または既知のエイリアスはありませんが、この遺伝子の重要なパラログはZNF875です。 ZNF337 識別子
エイリアス
ZNF337、ジンクフィンガータンパク質337
外部ID
HomoloGene：49427 GeneCards：ZNF337
遺伝子の位置（ヒト） Chr。 20番染色体（ヒト）
バンド 20p11.21 始める
25，673，195 bp
終わり
25，696，853 bp
遺伝子オントロジー
分子機能
• DNA結合• GO：0001948タンパク質結合• 金属イオン結合• 核酸結合• GO：0001200、GO：0001133、GO：0001201 DNA結合転写因子活性、RNAポリメラーゼII特異的
細胞成分
• 細胞内の解剖学的構造• 核
生物学的プロセス
• 転写の調節、DNAテンプレート• 転写、DNAテンプレート• RNAポリメラーゼIIによる転写の調節
出典：Amigo / QuickGO
オーソログ
種族
人間
ねずみEntrez 26152
該当なしEnsembl ENSG00000130684
該当なしUniProt Q9Y3M9
該当なし
RefSeq（mRNA） NM_001290261 NM_015655 該当なし
RefSeq（タンパク質） NP_001277190 NP_056470 該当なし
場所（UCSC）
Chr 20：25.67 – 25.7 Mb
該当なし
PubMed検索
該当なし
ウィキデータ

人間の表示/

コンテンツ
1 遺伝子
2 トランスクリプト
3 タンパク質
3.1 ドメインとモチーフ 3.2 二次および三次構造
4 遺伝子レベルの規制
4.1 プロモーター 4.2 転写因子結合部位 4.3 発現パターン
5 転写レベルの規制
6 タンパク質レベルの調節
6.1 ローカリゼーション 6.2 翻訳後修飾
6.2.1 予測される膜貫通ドメイン、新しいシグナルペプチド、N末端シグナルペプチド、および細胞質予測
7 相同性/進化
8 機能/生化学
9 相互作用するタンパク質
10 臨床的な意義
11 参考文献
12 推奨読書

遺伝子
Zinc Finger 337以外に一般的に関連付けられている、または既知のエイリアスはありませんが、LOC26152が含まれる可能性がその遺伝子座は、11.21（20p11.21）に位置する20番染色体上に基本座標は負（マイナス）ストランド上に全部で6つのエクソンがZNF337遺伝子のスパン（塩基対のpolyA部位への転写の開始）は4，237塩基対（mRNA）です。

トランスクリプト
ZNF337遺伝子には、2つの転写変異体が含まれています（どちらも同じタンパク質をコードしています）。バリアント1はより長い転写産物（751 aa）を表し、バリアント2は5’UTRが異なります。3つのアイソフォーム（X1、X2、およびX3）もこれらのアイソフォームは、遺伝子の多くのスプライスバリアントの1つを表しています（転写物は発現配列です）。

タンパク質
ZNF337の予測分子量は約86.9kdal、予測等電点は9.74pIです。翻訳後修飾がこれらの値に影響を与える可能性があるため、これらは予測であることに注意することが重要です。タンパク質の名前が示すように、いくつかのジンクフィンガーが高スコアの疎水性または膜貫通セグメント/領域はなく、正または負の電荷クラスターはありません。
ZNF337に含まれるいくつかのアミノ酸は、以下に示すように異常な量で見られます。アミノ酸分布では、グルタミン（E）、メチオニン（M）、アラニン（A）が低く、システイン（C）とヒスチジン（H）が高くなっています。システインが特にアミノ酸配列で高度に発現することはまれです。ZNF337タンパク質は非常に塩基性のタンパク質です。その基本的な特性のために、それはDNAまたはRNAを愛しています（つまり、DNAまたはRNAにかなり簡単に結合することができます）。

ドメインとモチーフ
MyHitsプログラム（ExPasyにあります）で見つかったように、ZNF337には約6つの異なるモチーフ（またはpfams）が
モチーフタイプアミノ酸配列の位置 e値
KRAB（KRABボックス） 12-52 6.6e-26
PHD（PHDフィンガー） 349-412 0.0032
Rpr2（RNAse P Rpr2 / Rpr21 / SNM1ドメイン） 472-551 0.00088
Zf-C2H2（ジンクフィンガー、C2H2タイプ） 208-230 4.3e-06
236-258 3.8e-09
264-286 6e-07
292-314 2.4e-08
320-342 4.6e-07
348-370 1.9e-09
376-398 2.8e-07
404-426 5.9e-09
432-454 1.2e-07
460-482 1.8e-08
488-510 3.1e-07
516-538 3.8-07
544-566 2.1e-06
572-594 2.2e-06
600-622 5e-07
628-650 1.3e-08
656-679 0.00014
685-707 2.4e-07
713-735 1.2e-07
Zf-C3HC4（ジンクフィンガー、C3HC4タイプ（薬指）） 210-269 0.00083
Zf-FCS（FCS配列モチーフのMYM型ジンクフィンガー） 342-385 0.02
表 1.ZNF337タンパク質内の6つの異なるモチーフ。KRABボックス、PHDフィンガー、Rpr2、ジンクフィンガー（C2H2タイプ）、ジンクフィンガー（C3HC4タイプ-RINGフィンガー）、ジンクフィンガー（FCS配列モチーフのMYMタイプジンクフィンガー）は、すべて異なる機能と役割を果たします。

二次および三次構造
ZNF337の二次構造は、以下に示すように、多くのらせん、シート、ターン、およびコイル（特にランダムコイル）を持つと予測されています。
二次構造の構成
二次構造の種類アミノ酸の数パーセント組成
アルファヘリックス 169 22.50％
拡張ストランド 154 20.51％
ランダムコイル 428 56.99％
H.SapiensとP.troglodyteの二次構造はどちらも非常に似ています。ただし、シートとヘリックスの代わりに、200〜300 bpと400〜500bpの両方の位置の間にシートとコイルがより強く存在するS.dumeriliと比較するのは興味深いことです。さらに、すべての種/オルソログの二次構造（0-14 bp）の始まりを比較すると、コイルとターンが始まりの大部分を占めていますが、S。dumeriliなどの一部の種ではそれほど多くはありません（より多くのヘリックスとシート）代わりは）。

チンパンジー（ヒトタンパク質と95.6％同一）の二次構造

S. dumerili（ヒトタンパク質と30.9％同一）の二次構造

ツバキ（ヒトタンパク質と1.9％同一）の二次構造

H.サピエンスZNF337二次構造
いくつかの三次構造モデリングプログラムは、ZNF337のモデルを構築できませんでした。SWISSモデルプログラムを使用する場合、一部のモデルはZNF568に基づいて作成されました。ZNF568タンパク質配列はZNF337の配列と45.20％同一であり、配列類似性は0.44、カバレッジは0.37で、ZNF337タンパク質配列の345〜623bpアミノ酸の範囲です。予測される三次構造を図1に示します。この図には、いくつかの亜鉛イオン配位子が

図 1.ZNF568の予測される
三次構造。これはZNF337タンパク質配列と45.20％同一です。SWISS-MODELを使用して作成されました。
ZNF568はタンパク質をコードする遺伝子であり、一過性の新生児真性糖尿病などの疾患に関連しています。それは、部分的にコリプレッサーTRIM28の動員を介して転写抑制活性を有するが、この相互作用とは独立して抑制活性も有する。これは、胚発生時に特に重要であり、初期発生においてIGF2の胎盤特異的転写物の直接抑制因子として作用し、すべての胚葉における軸伸長および組織形態形成に必要な収束伸長運動を調節します。また、卵黄嚢、胚体外中胚葉、胎盤などの胚体外組織の正常な形態形成にも重要です。興味深いことに、それは神経幹細胞の増殖または維持を促進する可能性があります。
遺伝子レベルの規制編集

プロモーター
プロモーター領域は、GenomatrixのElDoradoを使用して選択されました。ElDoradoは、ZNF337遺伝子座のプロモーター領域の可能性を評価しました。6つの可能なプロモーター領域とセットから、プロモーターセット6（GXP_8991829）が選択されました。これは、転写産物によって最もよくサポートされるものであるためです（6つの転写産物IDがあります）。その開始位置は25696627、その終了位置は25697904、その長さは1278塩基対です。GXP_8991829（-）内で、コーディングトランスクリプトGXT_26235925が選択されました。これは、5つのエクソンと37，403のCAGEタグがあり、NCBIのアクセッション番号XM_006723558に対応しているためです（図2を参照）。
プロモーター配列には、CpGカウントが138のCpGアイランドが含まれています。プロモーター配列内にはDNAseクラスター（スコア= 1000）も存在します。

転写因子結合部位
ZNF337プロモーター領域の可能な転写因子は、GenomatrixのElDoradoを使用して決定されました。これらを以下の表2に示します。
転写因子詳細なマトリックス情報アンカーベース/位置行列の類似性順序
TF2B 転写因子IIB（TFIIB）認識要素 984 1.0 ccgCGCC
VTBP 鳥類のC型LTRTATAボックス 21 0.814 ctatagtTAAGaacaat
鳥類のC型LTRTATAボックス 743 0.825 ttttattTAGGtagccc
レンチウイルスLTRTATAボックス 314 0.83 gtgTATAatatgctgat
細胞およびウイルスのTATAボックス要素 177 0.961 ccctaTAAAtatgtaca
細胞およびウイルスのTATAボックス要素 275 0.911 aaataTAAAgtctacgt
CAAT 細胞およびウイルスのCCAATボックス 553 0.909 taaaCCATtgagaga
CAAT 核因子Y（Yボックス結合因子） 114 0.939 taccCCAAtcaccct
CEBP CCAAT /エンハンサー結合タンパク質（C / EBP）、イプシロン 289 0.974 gtggtttgGCAAgcc
表 2.ZNF337プロモーター領域の可能な転写因子。
転写因子ChIP-seqクラスターの129細胞型から340因子があります（Encode3から）。そうは言っても、プロモーターまたはエンハンサー領域内にピークも含む強いもの（黒または濃い灰色で示される）のみを表3に示します。
位置転写因子– ChIP セルタイプ
プロモーター CTCF GM12878（ヒトリンパ芽球）、H1-hESC（ヒト胚性幹細胞）、K562（骨髄性白血病細胞）
プロモーター RFX5 GM12878（ヒトリンパ芽球）
プロモーター STAT1 GM12878（ヒトリンパ芽球）
プロモーター TAF1 GM12878（ヒトリンパ芽球）
プロモーター TRIM22 GM12878（ヒトリンパ芽球）
プロモーター休み H1-hESC（ヒト胚性幹細胞）
プロモーター GABPA HeLa-S3（子宮頸がん細胞株）
プロモーター MAFK HeLa-S3（子宮頸がん細胞株）
プロモーター TBP HeLa-S3（子宮頸がん細胞株）
プロモーター FOXA1 HepG2（ヒト肝がん細胞株）
プロモーター SIN3A HepG2（ヒト肝がん細胞株）
プロモーター SP1 HepG2（ヒト肝がん細胞株）
プロモーター GATA2 K562（骨髄性白血病細胞）
プロモーター私のC K562（骨髄性白血病細胞）
プロモーター POLR2A 膵臓の体
プロモーター FOS 臍帯静脈の内皮細胞
表3. 転写因子-特定の細胞型に関連するChIPクラスター。
ORegAnno（文献キュレートされたTFBS）によると、プロモーター/エンハンサー領域内にTF-ChIPシグナルの重複はありません。ORegAnnoの引用のほとんどは「NANP」遺伝子と相関していますが、転写因子CTCFとCEBPAはZNF337遺伝子のエンハンサー領域で確認されています。

発現パターン
さまざまな組織のタンパク質を決定するために免疫組織化学的染色を使用したNCBIおよびHumanProtein Atlas の遺伝子データベースレコードからの両方のRNA配列データは、ZNF337タンパク質が多くの組織で発現していることを示しています。ZNF337 mRNA組織特異性は低い組織特異性レベルで発現しますが、mRNAは特に小脳（脳）で発現しますが、タンパク質発現と比較してすべての組織（すべての分布）でより高度に発現し、特に女性組織でより高く発現します。
アミノ酸に対応する組換えタンパク質に対する抗体が開発された：ESSQGQRENPTEIDKVLKGIENSRWGAFKCAERGQDFSRKMMVIIHKKAHSRQKLFTCRECHQGFRDESALLLHQN。ヒトZNF337抗体の特異性は、標的タンパク質と383の他の非特異的タンパク質を含むタンパク質アレイで検証されました。このアイソタイプはIgGであり、そのクローン性はポリクローナルであり、その宿主はウサギであり、その純度は免疫原アフィニティー精製されています。ヒト小脳のこの染色は、プルキンエ細胞（抑制機能と神経伝達物質を介して運動運動を調節および調整する）の細胞質陽性を示しています。
広範囲の組織で表現度はほとんどありませんが、これらの結果は、表現度が最も高く、脳、特に小脳に最も多く存在する傾向を示しています。いくつかの実験と結果は、女性（および一部の男性）の生殖組織における表現度も示しています。

転写レベルの規制
異なる種間の保存を観察するために、複数の配列アラインメントが作成されました。具体的には、霊長類と有袋類（オポッサム、チンパンジー、ヒト、アカゲザル）、または密接に関連する種のZNF337プロモーター領域のマルチプルシーケンスアラインメント（MSA）は、シーケンスの開始時にほとんどまたはまったく保存を示しません。
5’UTRと3’UTRの両方のマルチプルアラインメントの開始時に高度に保存された領域がこれらは、ステムループ形成、miRNA結合能力、またはRNA結合タンパク質結合能力に基づいて機能的に重要である可能性が
タンパク質レベルの調節編集

ローカリゼーション
ZNF337の局在の予測は、核（核）で95.7％と最も高く、次にミトコンドリア（ミトコンドリア）で4.3％です。

翻訳後修飾
ZNF337には、リン酸化（セリンおよびチロシンキナーゼ）、 PESTモチーフ、 O-GlcNAc部位、 SUMO化、、糖化などの多くの予測される翻訳後ドメインが含まれています。
変形アミノ酸番号（順番に）
リン酸化 46、109、127、155、287、446、474、483、672、695、708、743、745、751
PESTモチーフ 598-612
O-GlcNAcサイト
109、142、231、384、750、751
SUMO化 633
糖化 94、123、125、199、206、234、248、309、339、374、388、407、430、449、486、547、556、617、668、730
表4. さまざまな翻訳後修飾。修飾はタンパク質の構造を変化させ、全体的なタンパク質の機能と生存率に影響を与える可能性が
PESTモチーフは、プロリン（P）、グルタミン酸（E）、セリン（S）、およびスレオニン（T）が豊富です。PESTモチーフは、タンパク質の半減期の短縮に関連しており、タンパク質分解/切断部位の潜在的な標的です。
O-GlcNAc修飾は、タンパク質の活性化状態の制御をめぐってリン酸化と競合する可能性が
SUMO化は、ターゲットとそのパートナー間の相互作用を妨害したり、相互作用するパートナーに結合部位を提供したり、修飾されたターゲットのコンフォメーション変化をもたらしたり、ユビキチン化を促進または拮抗したりする可能性が
糖化部位は、タンパク質が還元糖分子と反応して機能を損ない、タンパク質の特性を変化させる非酵素的プロセスが発生する可能性を示しています。これらの糖化部位はかなりの数あるため、タンパク質の機能や特性を簡単に変更できる可能性がやや高くなる可能性が

予測される膜貫通ドメイン、新しいシグナルペプチド、N末端シグナルペプチド、および細胞質予測
SOSUIを介して実行されたテストから、予測される膜貫通ドメインは特定されませんでした。新しいシグナルペプチドの予測は非常に低く、-3.83で陰性です。GvHも-8.69で非常に負であり（アミノ酸56と57の間に切断部位がある可能性があります）、切断可能なシグナル配列を持っている可能性が低いことを示しています。したがって、ZNF337はN末端シグナルペプチドを持たないと予測されます。また、細胞質/核の識別のためのラインハルトの方法は、94.1の信頼性スコアでZNF337の細胞質予測を持っています。
核局在化シグナルは0.75とやや低いです。オルソログ（P. troglodytes、S。dumerili、およびC. asiatica）を使用して、これらの予測の重要性を確認しました。同様に、N末端ペプチドシグナルおよび膜貫通ドメインがないという予測はありませんでした。これらすべてのZNF337オーソロガスタンパク質は、95.7％で核の位置の予測を確認しました。

相同性/進化
ZNF337遺伝子の重要なパラログはZNF875です。
ZNF337には、霊長類、硬骨魚、齧歯類、さらには以下の表6に示すいくつかの植物など、さまざまな種（脊椎動物および無脊椎動物）で示される多くのオルソログが植物の外にはオルソログはありません。高度に保存されたアミノ酸と領域は、ZNF337タンパク質配列の中間端に示されています。これは、種間のZNF337配列の最初の保存が少ないため、機能が異なる可能性があることを示唆しています。
系統樹は、種の進化を強調しています（特にZNF337遺伝子の進化に関連して）。霊長類は人間に最も近い場所に集まっていますが、メガバットやマウスなどの他の種はキンモグラ岬から逸脱しているか、ジグザグのウナギとシクリッドはカンパチから逸脱しています。人間の系統からの分岐の日付（数百万年前の単位で測定）が大きい種は、配列の類似性と同一性が少なくなります。これは、系統樹を通して示される距離によっても示されます。
属と種一般名分類学グループ人間の血統からの分岐の日付（百万年前-MYA）受入番号シーケンス長（aa）ヒトタンパク質に対する配列同一性（％） e値
ホモサピエンス人間霊長類 0 NP_056470 751 aa 100％ 0
ゴリラゴリラゴリラニシゴリラ霊長類 8.6 XP_004061979.1 751 aa 99.5％ 0
ポンゴアベリイスマトラオランウータン霊長類 15.2 XP_009231663.1 753 aa 98.3％ 0
Colobusangolensisが緩和するアンゴラコロブス霊長類 15.2 XP_011807556.1 758 aa 96.7％ 0
ヨザルナンシーマのヨザル霊長類 42.9 XP_012324051.1 751 aa 94.4％ 0
チンパンジーチンパンジー霊長類 6.4 XP_009435254.1 751 aa 95.6％ 0
アカゲザルアカゲザル霊長類 28.81 XP_028683917.1 751 aa 81.4％ 0
カニクイザルカニクイザル霊長類 28.81 XP_015313198.1 751 aa 81.2％ 0
オマキザル模倣者パナマの白い顔のオマキザル霊長類 42.9 XP_017376089.1 751 aa 80.4％ 0
パンパニスカスボノボ霊長類 6.4 XP_014198483.1 827 aa 76.8％ 0
Tupaia chinensis 中国の登木目 Scandentia 85 XP_006163813.1 876 aa 50.7％ 0
フィリピンメガネザルフィリピンメガネザル霊長類 69 XP_021573536.1 807 aa 52.5％ 0
Chrysochloris asiatica ケープキンモグラアフリカトガリネズミ 102 XP_006877795.1 764 aa 45.0％ 0
Echinops telfairi ヒメハリテンレックアフリカトガリネズミ 102 XP_030742187.1 1487 aa 26.1％ 0
セリオラ・デュメリリカンパチアジ科（「硬骨魚類」） 433 XP_022604330.1 763 aa 30.9％ 0
Oreochromis niloticus ナイルティラピア Cichildae（「硬骨魚」） 433 XP_019222635.1 1033 aa 10.2％ 0
Archocentrus centrachus フライヤーシクリッド Cichildae（「硬骨魚」） 433 XP_030603298.1 794 aa 28.6％ 0
Mastacembelusarmatus ジグザグウナギ Synbrachiformes 433 XP_026164592.1 760 aa 28.7％ 0
Pteropodidae メガバットカイロプテラ 94
751 aa 35.4％ 0
ハツカネズミねずみ齧歯目 89
751 aa 26.5％ 3.00e-153
カタユウレイボヤホヤマメボヤ 603
1278 aa 15.6％ 3.00e-96
ヤツメウナギウミヤツメヤツメウナギ 599
751 aa 7.1％ 4.00e-35
ショウジョウバエsechellia ショウジョウバエ飛ぶ 736
751 aa 6.9％ 4.00e-35
Pristionchus pacificus 回虫カンセンチュウ 736
751 aa 2.9％ 6.00e-15
Caenorhabditis briggsae 線虫カンセンチュウ 736
751 aa 1.9％ 2.00e-08
ツバキツバキ植物 1275
751 aa 1.9％ 2.00e-08
表 5.ZNF337のオルソログ。
ZNF337は分子レベルで非常に急速に進化しています。フィブリノーゲンタンパク質の進化速度と比較すると、ZNF337は同じ時間内に同じ量のアミノ酸変化を蓄積しているように見えます。ゆっくりと進化することが知られているシトクロムCタンパク質やヘモグロビンよりも速く進化しています。

既知の高速発散遺伝子であるフィブリノーゲンおよびゆっくり発散する遺伝子であるCytCと比較したZNF337の発散率。このグラフは、ヒトからの配列の分岐の日付にわたるアミノ酸配列の変化率を示しています。

機能/生化学
ZNF337遺伝子は、タンパク質を含むジンクフィンガードメインをコードしていますが、この遺伝子/タンパク質は、科学界ではまだ十分に理解され
この遺伝子の機能は、転写調節（DNA依存性）などのプロセスに関与することが提案されており、タンパク質は、DNA結合、金属イオン結合、亜鉛イオン結合などの分子機能を持つことが期待されています。さまざまな細胞内の場所に局在しています。
ZNF337にはいくつかの翻訳後修飾部位があるため、ZNF337が異なる形態を持つことを可能にする代替のタンパク質状態が存在する可能性が
ZNF337はまた、上記のように他のタンパク質とさまざまな相互作用を持っており、幅広い作用がある可能性があることを示唆しています。さまざまな転写因子が転写調節における役割を示しています。シーケンスの最初にあるKRABボックスは、細胞の分化と発達、およびウイルスの複製と転写の調節に重要な役割を果たしている可能性が PHDフィンガーは、エピジェネティクスおよびクロマチンを介した転写調節に関与する核タンパク質に見られます。ジンクフィンガーC2H2転写因子は、転写を調節する配列特異的なDNA結合タンパク質です。彼らは繰り返しのCysから形成されているDNA結合ドメイン所持2彼の2ジンクフィンガーモチーフを。また、薬指を含む多くのタンパク質は、ユビキチン化経路において重要な役割を果たしています。

相互作用するタンパク質
最強のDNAseHSクラスター内のCEBPA転写因子のみがGenoMatixによっても検出されました。GenoMatixは、潜在的な転写因子には、TF2B、VTBP、CAAT、およびCEBPが含まれる可能性があると判断しました。これは、TF-ChIPENCODEデータとORegAnnoによってZNF337遺伝子に関連していることが確認されています。この重複する転写因子CEBPAのクラスタースコアは1000です。調節配列、特にエンハンサー領域に結合する可能性のある転写因子には、CEBPA（chr20：25670005-25670302）およびCTCF（chr20：25670168-25670507）が含まれます。

臨床的な意義
ZNF337遺伝子に関連する疾患には、成人の星状細胞腫の発症が含まれます。これは、脳および脊髄内で発生する最も一般的なグリア（脳細胞）腫瘍です。脳のさまざまな部分（特に小脳）でZNF337遺伝子が高発現しているため、この観察と関連は理にかなっている可能性が
いくつかの注目すべき存在するSNPの中にコード配列ZNF337のは。これらの変異には、主にミスセンス変異とナンセンス変異が含まれます。

参考文献
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